| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 3,874,778 | 0 | T | G | 25.7% | 500.3 / 20.2 | 229 | Q443P (CAG→CCG) | PP_3421 | sensor histidine kinase |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.95e-30 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
AATCCTGATGTCATTTAACGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCCTGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTT‑CA‑TGCCC‑TTGCCATTGTCGGACAGGCGCAAAGTCAGGCTGCGCCGGTTGTGACGTACCACCTCGATACGCAACCGCCCGCCCTGCTCCATCGACTCCAA > NC_002947/3874631‑3874926 | ccTGATGTCATTTAACGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCACCCCACCCTGttt > 1:2278329/1‑149 (MQ=255) cTGATGTCATTTAACGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCCTGTTtg < 2:1824681/149‑1 (MQ=255) tGATGTCATTTAACGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCCAGTTtgg > 2:4081513/1‑149 (MQ=255) tGTCATTTAACGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCCGGGTtggtgg > 2:3690045/1‑149 (MQ=255) aTTTAACGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCCCCCCCAGCCCCCCCGGGTTGGTGGTaaa > 2:1865270/1‑149 (MQ=255) tttAACGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCCCCCCCCGCCCACCCCGGTtggtggggaag > 1:2295524/1‑144 (MQ=39) tttAACGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCCCCCCCCCCGGGGTGGGGGGAAAg > 1:7038279/1‑149 (MQ=255) tttAACGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCCTGTTTGGTGGTaaat > 1:3719742/1‑148 (MQ=255) tttAACGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCCGGTTTGGTGGTAAAg > 2:2431438/1‑149 (MQ=255) ttAACGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCCTGTTTGGTGGTAAAGa < 2:7539798/149‑1 (MQ=255) cGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCCTGTTTGGTGGTAAAGAACgg < 1:6400904/149‑1 (MQ=255) cGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCCTGTTTGGTGGTAAAGAACgg < 1:125711/149‑1 (MQ=255) gAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCCCCCCCAGCCCACCCAGTTTGGTGGTAAAGAAAGGt > 2:7321800/1‑149 (MQ=255) 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aaaCTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCACCCCCCCCAGGGTGGTGGTAAAAAAAGGTCGAAAAACCAAACcctg > 2:2105860/1‑149 (MQ=255) aaCTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCCTGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACgctgc < 2:3042005/149‑1 (MQ=255) tAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCCTGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACgctgctgct < 1:5501675/149‑1 (MQ=255) aCGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCCTGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGctct < 1:368852/149‑1 (MQ=255) cGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCCTGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCtt < 1:7290878/149‑1 (MQ=255) 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gCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCCTGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTT‑CA‑TGCCC‑t < 1:2878746/149‑1 (MQ=255) ccATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCCCCCCCACCCCCCCCCGGGTGGGGGGAAAGAACCGTCGAAAAGCCCAACGCAGCAGCTCGTCGGT‑GA‑TGcccct > 2:6973329/1‑147 (MQ=255) ccATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCCCCCCACCCCGTGTGGGGGGGAAGAACCGGCGGAAAGCCCAACGCGGCGGCGCGTGGTT‑CA‑TGcccgt > 1:5753400/1‑147 (MQ=255) ccATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCCGGTGTGGTGGTAAAGTAAGGTCGAAAAGCCATACGCTGGTGCTCTTCGGT‑CA‑TTCCC‑tt > 1:5619464/1‑149 (MQ=38) cATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCCGGTTTGGTGGTAAAGAAAGGTCGAAAAGCCAAACCCAGCTGCTCTTCGTT‑CA‑TTCCC‑ATg > 2:5591662/1‑149 (MQ=255) 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ttCACCAGCACCAGCCCCACCCCCATCCCACCCTGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATAAGCTGCTGCTCTTCGTT‑CA‑TGCCC‑TTGCCATTTTAGGACAGGCGCAAAGTCAGGCTGCGCCGGTTGTGAAGTACCACCTCGAt > 2:1828495/1‑149 (MQ=255) accagcaccagcCCCACCCCCAGCCCACCCTGTTTGGTGGTAAAGAAACGTCGAAAAGCCAAAACCAGCTTCTCTTCGTT‑AA‑AGCCC‑GTTCCAATTTCGGACAGGCGCAAAGTCAGGCTGCGCCCGTTGTGTAGTACCACCACGATaac > 2:1117563/1‑147 (MQ=255) agcaccagcCCCACCCCCAGCCCACCCGGTTTTGTGGTAAATAACGGTCGAAAAGCCAAACGCTGCTGCTCTTCGTT‑CA‑AGCCC‑TTGCCAATGTCGGACACGCCCCAAGTAACGCAGCGCCGGGTGTGACGTACCACCTCGAAACGCaa > 2:5815807/1‑149 (MQ=255) gcaccagcCCCAACCCCAGCCCACCCGGTTTGGTGGTAAAGAAAGGTCGAAAAGCCAAAAGCTGCTTCTCTTCGTT‑CA‑AGCCC‑TTGCCAATGTCGGACAGGCGCAAAGTCAGGCTGCGCCCGTTGTGACGTAACACCAAGATAAGCAAc > 2:4723455/1‑149 (MQ=255) cgcCCCACCCCCAGCCCACCCTGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTT‑CA‑TGCCC‑TTGCCATTGTCGGACAGGCGCAAAGTCAGGCTGCGCCGGTTGTGACGTACCACCTCGATACGCAAccgccc < 1:107653/148‑1 (MQ=255) 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cccccAGCCCACCCTGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTT‑CA‑TGCCC‑TTGCCATTGTCGGACAGGCGCAAAGTCAGGCTGCGCCGGTTGTGACGTACCACCTCGATACGCAACCGCCCGCCCTGc > 2:2491424/1‑149 (MQ=255) cAGCCCACCCTGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTT‑CA‑TGCCC‑TTGCCATTGTCGGACAGGCGCAAAGTCAGGCTGCGCCGGTTGTGACGTACCACCTCGATACGCAACCGCCCGCCCTGCTCCa < 2:7185331/149‑1 (MQ=255) cAGCCCACCCTGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTT‑CA‑TGCCC‑TTGCCATTGTCGGACAGGCGCAAAGTCAGGCTGCGCCGGTTGTGACGTACCACCTCGATACGCAACCGCCCGCCCTGCTCCa > 2:3909082/1‑149 (MQ=255) gCCCACCCTGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTT‑CA‑TGCCC‑TTGCCATTGTCGGACAGGCGCAAAGTCAGGCTGCGCCGGTTGTGACGTACCACCTCGATACGCAACCGCCCGCCCTGCTCCATc > 1:3459187/1‑149 (MQ=255) cccACCCTGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTT‑CA‑TGCCC‑TTGCCATTGTCGGACAGGCGCAAAGTCAGGCTGCGCCGGTTGTGACGTACCACCTCGATACGCAACCGCCCGCCCTGCTCCATCg < 1:39025/149‑1 (MQ=255) cccACCCTGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTT‑CA‑TGCCC‑TTGCCATTGTCGGACAGGCGCAAAGTCAGGCTGCGCCGGTTGTGACGTACCACCTCGATACGCAACCGCCCGCCCTGCTCCATCg < 2:7038279/149‑1 (MQ=255) cACCCTGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTT‑CA‑TGCCC‑TTGCCATTGTCGGACAGGCGCAAAGTCAGGCTGCGCCGGTTGTGACGTACCACCTCGATACGCAACCGCCCGCCCTGCTCCATCGAc > 1:7463733/1‑149 (MQ=255) ccccTGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTT‑CA‑TGCCC‑TTGCCATTGTCGGACAGGCGCAAAGTCAGGCTGCGCCGGTTGTGACGTACCACCTCGATACGCAACCGCCCGCCCTGCTCCATCGACt < 1:3820248/148‑1 (MQ=255) aCCCTGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTT‑CA‑TGCCC‑TTGCCATTGTCGGACAGGCGCAAAGTCAGGCTGCGCCGGTTGTGACGTACCACCTCGATACGCAACCGCCCGCCCTGCTCCATCGACt > 1:559607/1‑149 (MQ=255) ccTGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTT‑CA‑TGCCC‑TTGCCATTGTCGGACAGGCGCAAAGTCAGGCTGCGCCGGTTGTGACGTACCACCTCGATACGCAACCGCCCGCCCTGCTCCATCGACTcc > 1:193210/1‑149 (MQ=255) cTGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTT‑CA‑TGCCC‑TTGCCATTGTCGGACAGGCGCAAAGTCAGGCTGCGCCGGTTGTGACGTACCACCTCGATACGCAACCGCCCGCCCTGCTCCATCGACTCCa > 1:534777/1‑149 (MQ=255) tGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTT‑CA‑TGCCC‑TTGCCATTGTCGGACAGGCGCAAAGTCAGGCTGCGCCGGTTGTGACGTACCACCTCGATACGCAACCGCCCGCCCTGCTCCATCGACTCCaa < 1:2575686/149‑1 (MQ=255) | AATCCTGATGTCATTTAACGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGACCGTACCGCCGAAACGTTCCATGATGCGTTTCACCAGCACCAGCCCCACCCCCAGCCCACCCTGTTTGGTGGTAAAGAACGGTCGAAAAGCCATACGCTGCTGCTCTTCGTT‑CA‑TGCCC‑TTGCCATTGTCGGACAGGCGCAAAGTCAGGCTGCGCCGGTTGTGACGTACCACCTCGATACGCAACCGCCCGCCCTGCTCCATCGACTCCAA > NC_002947/3874631‑3874926 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |