| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,562,528 | C→T | 30.8% | A175A (GCC→GCT) | PP_2243 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,562,528 | 0 | C | T | 30.8% | 13.2 / 5.8 | 13 | A175A (GCC→GCT) | PP_2243 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/5); new base T (2/2); total (6/7) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.96e-01 | |||||||||||
CGTTCGCTGCGCTATGCCAGCGCCAGGCCGCCTGGCTGGCGGCCTTCGACAGGCCGGGTGACTGGCTGGCGGTGACCCACCCGATGGTCATGCGCGCCATGCTGGTACAGGTGCTTGGGTGTCCGATGAGTGCCGGGCAGCGTATCGACGTGCTGCCGCTGTCACGTCTGCAATTGAGCTTTACCGGGCAGTGGCGGTTGCGCCTGGGCTAAGGCTCAGAACGCCAGCTTGTAACCGATCAGCAGCAGC > NC_002947/2562395‑2562643 | cGTTGGCTGCGCTATGCCAGCGCCAGGCCGCCTGGCTGGCGGCCTTCGACAGGCCGGGTGACTGGCTGGCGGTGACCCACCCGATGGTCATGCGCGCCATGCTGGTACAGGTGCTTGGGTGTCCGATGAGTGCCgg < 2:251840/136‑1 (MQ=255)cGTTCGCTGCGCTATGCCAGCGCCAGGCCGCCTGGCTGGCGGCCTTCGACAGGCCGGGTGACTGGCTGGCGGTGACCCACCCGATGGTCATGCGCGCCATGCTGGTACAGGTGCTTGGGTGTCCGATGAGTGCCgg > 1:212091/1‑136 (MQ=255) gCTGCGCTATGCCAGCGCCAGGCCGCCTGGCTGGCGGCCTTCGACAGGCCGGGTGACTGGCTGGCGGTGACCCACCCGATGGTCATGCGCGCCATGCTGGTACAGGTGCTTGGGTGTCCGATGAGTGCTGGGCAGc > 1:222891/1‑136 (MQ=255) gCTGCGCTATGCCAGCGCCAGGCCGCCTGGCTGGCGGCCTTCGACAGGCCGGGTGACTGGCTGGCGGTGACCCACCCGATGGTCATGCGCGCCATGCTGGTACAGGTGCTTGGGTGTCCGATGAGTGCTGGGCAGc > 1:224105/1‑136 (MQ=255) gCTGCGCTATGCCAGCGCCAGGCCGCCTGGCTGGCGGCCTTCGACAGGCCGGGTGACTGGCTGGCGGTGACCCACCCGATGGTCATGCGCGCCATGCTGGTACAGGTGCTTGGGTGTCCGATGAGTGCCGGGCAGc > 1:169794/1‑136 (MQ=255) gCTGCGCTATGCCAGCGCCAGGCCGCCTGGCTGGCGGCCTTCGACAGGCCGGGTGACTGGCTGGCGGTGACCCACCCGATGGTCATGCGCGCCATGCTGGTACAGGTGCTTGGGTGTCCGATGAGTGCCGGGCAGc > 1:183623/1‑136 (MQ=255) ggctggcGGTGACCCACCCGATGGTCATGCGCGCCATGCTGGTACAGGTGCTTGGGTGTCCGATGAGTGCCGGGCAGCGTATCGACGTGCTGCCGCTGTCACGTCTGCAATTGAGCTTTACCGGGCAGTGGCGGtt > 2:15472/1‑136 (MQ=255) cacccGATGGTCATGCGCGCCATGCTGGTACAGGTGCTTGGGTGTCCGATGAGTGCCGGGCAGCGTATCGACGTGCTGCCGCTGTCACGTCTGCAATTGAGCTTTACCGGGCAGTGGCGGTTGCGCCTGGGCTAAg < 2:212091/136‑1 (MQ=255) tGCTGGTACAGGTGCTTGGGTGTCCGATGAGTGCCGGGCAGCGTATCGACGTGCTGCCGCTGTCACGTCTGCAATTGAGCTTTACCGGGCAGTGGCGGTTGCGCCTGGGCTAAGGCTCAGAACGCCAGCTTGTAAc < 1:173851/136‑1 (MQ=255) cTTGGGTGTCCGATGAGTGCTGGGCAGCGTATCGACGTGCTGCCGCTGTCACGTCTGCAATTGAGCTTTACCGGGCAGTGGCGGTTGCGCCTGGGCTAAGGCTCAGAACGCCAGCTTGTAACCGATCagcagcagc < 2:222891/136‑1 (MQ=255) cTTGGGTGTCCGATGAGTGCTGGGCAGCGTATCGACGTGCTGCCGCTGTCACGTCTGCAATTGAGCTTTACCGGGCAGTGGCGGTTGCGCCTGGGCTAAGGCTCAGAACGCCAGCTTGTAACCGATCagcagcagc < 2:224105/136‑1 (MQ=255) cTTGGGTGTCCGATGAGTGCCGGGCAGCGTATCGACGTGCTGCCGCTGTCACGTCTGCAATTGAGCTTTACCGGGCAGTGGCGGTTGCGCCTGGGCTAAGGCTCAGAACGCCAGCTTGTAACCGATCagcagcagc < 2:169794/136‑1 (MQ=255) cTTGGGTGTCCGATGAGTGCCGGGCAGCGTATCGACGTGCTGCCGCTGTCACGTCTGCAATTGAGCTTTACCCGGCAGTGGCGGTTGCGCCTGGGCTAAGGCTCAGAACGCCAGCTTGTAACCGATCagcagcagc < 2:183623/136‑1 (MQ=255) | CGTTCGCTGCGCTATGCCAGCGCCAGGCCGCCTGGCTGGCGGCCTTCGACAGGCCGGGTGACTGGCTGGCGGTGACCCACCCGATGGTCATGCGCGCCATGCTGGTACAGGTGCTTGGGTGTCCGATGAGTGCCGGGCAGCGTATCGACGTGCTGCCGCTGTCACGTCTGCAATTGAGCTTTACCGGGCAGTGGCGGTTGCGCCTGGGCTAAGGCTCAGAACGCCAGCTTGTAACCGATCAGCAGCAGC > NC_002947/2562395‑2562643 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |