| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,827,925 | G→A | S29F (TCC→TTC) | ptxS ← | 2‑ketogluconate utilization repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,827,925 | 0 | G | A | 97.6% | 115.7 / NA | 42 | S29F (TCC→TTC) | ptxS | 2‑ketogluconate utilization repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (13/28); minor base C (0/1); total (13/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATCAGTCGCGTCTGGCCGCGCTTTAGGCCGCGAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAA‑CACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCC‑GTTCGCGGGTATGGGCAGGCGCGTCGGTCATGGGTTTTCCTTATGATTGTTTTAATAGTGATGAAACCGGTTTCA > NC_002947/3827792‑3828054 | gATCAGTCGCGTCTGGCCGCGCTTTAGGCCGCGAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGaag > 1:572012/1‑136 (MQ=255) aTCAGTCGCGTCTGGCCGCGCTTTAGGCCGCGAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGaaga < 1:464130/136‑1 (MQ=255) tttAGGCCGCGAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGAAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAg > 1:379413/1‑136 (MQ=255) ggCCGCGAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGAAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAa‑c < 2:459781/136‑1 (MQ=255) ccGCGAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGAAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAa‑cac < 1:91316/136‑1 (MQ=255) ccGCGAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGAAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAa‑cac < 1:266688/136‑1 (MQ=255) ccGCGAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGAAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAa‑cac < 1:233277/136‑1 (MQ=255) ccGCGAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGAAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAa‑cac < 1:1144696/136‑1 (MQ=255) gAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGAAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAA‑CACgcgc < 2:525588/136‑1 (MQ=255) gAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGAAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAA‑CACgcgc < 1:1085034/136‑1 (MQ=255) aGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGAAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAA‑CACGCGcc > 2:742642/1‑136 (MQ=255) gCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGAAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAA‑CACGCGCCa > 1:480141/1‑136 (MQ=255) gCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGAAGACGGTGGCTTT‑GAATCGCCAGCAA‑CACGCGCCAc > 2:1128168/1‑136 (MQ=255) gCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTAGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGACACAGATGTAACGGAAGACGGAGGCTTTCGAAACGCAAGCAA‑CACGCGCCa > 1:208530/1‑136 (MQ=255) ttGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGAAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAA‑CACGCGCCACTTCa < 1:110917/135‑1 (MQ=255) ggCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGAAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAA‑CACGCGCCACTTCACTGATGGt < 1:402325/136‑1 (MQ=255) 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ttGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGAAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAA‑CACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCC‑GTTCGCGGGTATGGGCAGGCGCGTCGGTCATgg < 2:1043150/136‑1 (MQ=255) ttCGGCCTGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGAAGACGGTGGCTTTGGAAACGCAAGCAA‑CACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCC‑GTTCGCGGGTATGGTCAGGCGCGTCGGTCATGGGTTTTCCTTAt < 1:861555/136‑1 (MQ=255) ttCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGAAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAA‑CACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCC‑GTTCGCGGGTATGGGCAGGCGCGTCGGTCATGGGTTTTCCTTAt < 1:795993/136‑1 (MQ=255) ttCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGAAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAA‑CACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCC‑GTTCGCGGGTATGGGCAGGCGCGTCGGTCATGGGTTTTCCTTAt < 1:449698/136‑1 (MQ=255) ttCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGAAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAA‑CACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCC‑GTTCGCGGGTATGGGCAGGCGCGTCGGTCATGGGTTTTCCTTAt < 1:154258/136‑1 (MQ=255) ctCGGGCATCAATTGGGGGTCGGCACCGTTGTAAAGGCACTAGGTGGCGTTTGAAACGCCATCAACCAGGCG‑CAATTGAATTTAGGTGTCCCGGTTGGCGGGT‑TTGGCAGGCGCGTCGGTCATGGGTTTTCCTTAt < 2:825783/135‑1 (MQ=255) tCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGAAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAA‑CACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCC‑GTTCGCGGGTATGGGCAGGCGCGTCGGTCATGGGTTTTCCTTATg > 2:907914/1‑136 (MQ=255) ccAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGAAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAA‑CACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCC‑GTTCGCGGGTATGGGCAGGCGCGTCGGTCATGGGTTTTCCTTATGATTg > 2:547225/1‑136 (MQ=255) ccAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGAAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAA‑CACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCC‑GTTCGCGGGTATGGGCAGGCGCGTCGGTCATGGGTTTTCCTTATGATTg < 2:895060/136‑1 (MQ=255) gCCACCTATGTAACGGAAGAGGGTGGCTTTGTAAACGCCAGCAA‑CACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCC‑GTTCGCGGGTATGGGCAGGCGCGTCGGTCATGGGTTTTCCTTATGATTGTTTTAATAGTGATGaa < 1:163041/136‑1 (MQ=255) gCCACCGATGTAACGGAAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAA‑CACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCC‑GTTCGCGGGTATGGGCAGGCGCGTCGGTCATGGGTTTTCCTTATGATTGTTTTAATAGTGATGaa < 2:540992/136‑1 (MQ=255) ccACCGATGTAACGGAAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAA‑CACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCC‑GTTCGCGGGTATGGGCAGGCGCGTCGGTCATGGGTTTTCCTTAt < 1:434579/114‑1 (MQ=255) ccACCGATGTAACGGAAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAA‑CACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCC‑GTTCGCGGGTATGGGCAGGCGCGTCGGTCATGGGTTTTCCTTAt > 2:434579/1‑114 (MQ=255) ccACCGATGTAACGGAAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAA‑CACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCC‑GTTCGCGGGTATGGGCAGGCGCGTCGGTCATGGGTTTTCCTTATGATTGTTTTAATAGTGATGaaa > 1:446971/1‑136 (MQ=255) ccACCGATGTAACGGAAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAA‑CACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCC‑GTTCGCGGGTATGGGCAGGCGCGTCGGTCATGGGTTTTCCTTATGATTGTTTTAATAGTGATGaaa > 2:1109909/1‑136 (MQ=255) tAACGGAAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAA‑CACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCC‑GTTCGCGGGTATGGGCAGGCGCGTCGGTCATGGGTTTTCCTTATGATTGTTTTAATAGTGATGAAACCGGTTTCa < 1:851152/136‑1 (MQ=255) | GATCAGTCGCGTCTGGCCGCGCTTTAGGCCGCGAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAA‑CACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCC‑GTTCGCGGGTATGGGCAGGCGCGTCGGTCATGGGTTTTCCTTATGATTGTTTTAATAGTGATGAAACCGGTTTCA > NC_002947/3827792‑3828054 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |