| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,680,742 | A→G | 21.0% | D373G (GAC→GGC) | PP_2348 → | sensor histidine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,680,742 | 0 | A | G | 21.0% | 30.1 / 5.0 | 19 | D373G (GAC→GGC) | PP_2348 | sensor histidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (9/6); new base G (2/2); total (11/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.43e-01 | |||||||||||
TGGGACCGCGAGGACGTTCTGGAACTGTTGGGTAATCTGCTGGACAACGCCTGCAAGTGGGCTGACAGCGAGGTGCGCGTGGGTATCGCGTCGAACGCCGAGGGCTACCGGCTGTGGGTCGATGACGATGGCCCGGGTATTGCGCAAGACCAGCGGCAGCAGGTGCTGGAGCGAGGTTCACGGCTGGACGAGCAGGTGGCTGGGCATGGGCTGGGGTTGGGCATCGTGCGCGATATCGTCGACGCATGGGGC > NC_002947/2680618‑2680869 | tGGGACCGCGAGGACGTTCTGGAACTGTTGGGTAATCTGCTGGACAACGCCTGCAAGTGGGCTGACAGCGAGGTGCGCGTGGGTATCGCGTCGAACGCCGAGGGCTACCGGCTGTGGGTCGATGACGATGGCCCgg < 1:458513/136‑1 (MQ=255) caaCTGTTGGGTAATCTGCAGGACAACGCCTGCAAGTGGGCTGACAGCGAGGTGCGCGTGGGTATCGCGTCGAACGCCGAGGGCTACCGGCTGTGGGTCGATGACGATGGCCCGGGTATTGCGCAAGACCAGCGgc < 2:361464/135‑1 (MQ=255) ggTAATCTGCTGGACAACGCCTGCAAGTGGGCTGACAGCGAGGTGCGCGTGGGTATCGCGTCGAACGCCGAGGGCTACCGGCTGTGGGTCGATGACGATGGCCCGGGTATTGCGCAAGACCAGCGGCAGCAGGTGc > 2:29633/1‑136 (MQ=255) ggTAATCTGCTGGACAACGCCTGCAAGTGGGCTGACAGCGAGGTGCGCGTGGGTATCGCGTCGAACGCCGAGGGCTACCGGCTGTGGGTCGATGACGATGGCCCGGGTATTGCGCAAGACCAGCGGCAGCAGGTGc > 2:259868/1‑136 (MQ=255) aTCTGCTGGACAACGCCTGCAAGTGGGCTTACAGCGAGGTGCGCGTGGTTATCGCGTCGAACGCCGAGGGCTACCGGCTGTGGGTCGATGACGATGGCCCGGGTATTGCGCAAGACCAGCGGCAGCAGGTGCTGGa < 2:445822/136‑1 (MQ=255) aTCTGCTGGACAACGCCTGCAAGTGGGCTGACAGCGAGGTGCGCGTGGGTATCGCGTCGAACGCCGAGGGCTACCGGCTGTGGGTCGATGACGATGGCCCGGGTATTGCGCAAGACCAGCGGCAGCAGGTGCTGGa < 2:369889/136‑1 (MQ=255) gctgGACAACGCCTGCAAGTGGGCTGACAGCGAGGTGCGCGTGGGTATCGCGTCGAACGCCGAGGGCTACCGGCTGTGGGTCGATGACGATGGCCCGGGTATTGCGCAAGACCAGCGGCAGCAGGTGCTGGAGCGa > 1:488670/1‑136 (MQ=255) tGACAGCGAGGTGCGCGTGGGTATCGCGTCGAACGCCGAGGGCTACCGGCTGTGGGTCGATGACGATGGCCCGGGTATTGCGCAAGACCAGCGGCAGCAGGTGCTGGAGCGAGGTTCACGGCTGGACGAGCAGGTg > 2:446544/1‑136 (MQ=255) aGCGAGGTGCGCGTGGGTATCGCGTCGAACGCCGAGGGCTACCGGCTGTGGGTCGATGACGATGGCCCGGGTATTGCGCAAGACCAGCGGCAGCAGGTGCTGGAGCGAGGTTCACGGCTGGACGAGCAGGTGGCTg < 1:29633/136‑1 (MQ=255) aGCGAGGTGCGCGTGGGTATCGCGTCGAACGCCGAGGGCTACCGGCTGTGGGTCGATGACGATGGCCCGGGTATTGCGCAAGACCAGCGGCAGCAGGTGCTGGAGCGAGGTTCACGGCTGGACGAGCAGGTGGCTg < 1:259868/136‑1 (MQ=255) gTGGGTATCGCGTCGAACGCCGAGGGCTACCGGCTGTGGGTCGATGACGATGGCCCGGGTATTGCGCAAGACCAGCGGCAGCAGGTGCTGGAGCGAGGTTCACGGCTGGACGAGCAGGTGGCTGGGCATGGGCTgg > 2:383127/1‑136 (MQ=255) gTCGAACGCCGAGGGCTACCGGCTGTGGGTCGATGGCGATGGCCCGGGTATTGCGCAAGACCAGCGGCAGCAGGTGCTGGAGCGAGGTTCACGGCTGGACGAGCAGGTGGCTgg < 1:504760/114‑1 (MQ=255) gTCGAACGCCGAGGGCTACCGGCTGTGGGTCGATGGCGATGGCCCGGGTATTGCGCAAGACCAGCGGCAGCAGGTGCTGGAGCGAGGTTCACGGCTGGACGAGCAGGTGGCTgg < 1:502492/114‑1 (MQ=255) gTCGAACGCCGAGGGCTACCGGCTGTGGGTCGATGGCGATGGCCCGGGTATTGCGCAAGACCAGCGGCAGCAGGTGCTGGAGCGAGGTTCACGGCTGGACGAGCAGGTGGCTgg > 2:502492/1‑114 (MQ=255) gTCGAACGCCGAGGGCTACCGGCTGTGGGTCGATGGCGATGGCCCGGGTATTGCGCAAGACCAGCGGCAGCAGGTGCTGGAGCGAGGTTCACGGCTGGACGAGCAGGTGGCTgg > 2:504760/1‑114 (MQ=255) aaCGCCGAGGGCTACCGGCTGTGGGTCGATGACGATGGCCCGGGTATTGCGCAAGACCAGCGGCAGCAGGTGCTGGAGCGAGGTTCACGGCTGGACGAGCAGGTGGCTGGGCATGGGCTGGGGTTGGGCATCGTgc > 2:114875/1‑136 (MQ=255) aCGCCGAGGGCTACCGGCTGTGGGTCGATGACGATGGCCCGGGTATTGCGCAAGACCAGCGGCAGCAGGTGCTGGAGCGAGGTTCACGGCTGGACGAGCAGGTGGCTGGGCATGGGCTGGGGTTGGGCATCGTgcg > 2:357304/1‑136 (MQ=255) aCGCCGAGGGCTACCGGCTGTGGGTCGATGACGATGGCCCGGGTATTGCGCAAGACCAGCGGCAGCAGGTGCTGGAGCGAGGTTCACGGCTGGACGAGCAGGTGGCTGGGCATGGGCTGGGGTTGGGCATCGTgcg > 2:359892/1‑136 (MQ=255) ggTCGATGACGATGGCCCGGGTATTGCGCAAGACCAGCGGCAGCAGGTGCTGGAGCGAGGTTCACGGCTGGACGAGCAGGTGGCTGGGCATGGGCTGGGGTTGGGCATCGTGCGCGATATCGTCGACGCATGgggc > 2:177161/1‑136 (MQ=255) | TGGGACCGCGAGGACGTTCTGGAACTGTTGGGTAATCTGCTGGACAACGCCTGCAAGTGGGCTGACAGCGAGGTGCGCGTGGGTATCGCGTCGAACGCCGAGGGCTACCGGCTGTGGGTCGATGACGATGGCCCGGGTATTGCGCAAGACCAGCGGCAGCAGGTGCTGGAGCGAGGTTCACGGCTGGACGAGCAGGTGGCTGGGCATGGGCTGGGGTTGGGCATCGTGCGCGATATCGTCGACGCATGGGGC > NC_002947/2680618‑2680869 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |