| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,830,531 | G→A | 14.8% | A248T (GCC→ACC) | PP_2480 → | xanthine dehydrogenase accessory factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,830,531 | 0 | G | A | 14.8% | 66.6 / 4.2 | 27 | A248T (GCC→ACC) | PP_2480 | xanthine dehydrogenase accessory factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/14); new base A (2/2); total (11/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 | |||||||||||
GCCGCCGGTGCGGCGTCTGGTGATCTTCGGCGCGGGCCATGATGCCCAGCCGCTGGTGCGCATGGCCAAGCTGTTGGGTTGGCATGTGACGGTGATCGACGGCCGGGCGCACTTTGCCCGGGCCGAGCGTTTTGCCGAGGCTGACCAGGTGCTGGTCGGCGATGTAGAGCAGCCTTTCGATTACCACGAGCTGGTGCGCGGGGCTGCGGTGGCGGTGATGACCCACAGCCTGGTGCAAGACGCGCATTGGCTAAAGGGTGTGTTGC > NC_002947/2830398‑2830663 | gccgccGGTGCGGCGTCTGGTGATCTTCGGCGCGGGCCATGATGCCCAGCCGCTGGTGCGCATGGCCAAGCTGTTGGGTTGGGTTGTGACGGTGCTCGACGGCCGGGCGCACGTTGCCCGGGCCGAGCGGTTTGcc > 2:382899/1‑136 (MQ=255) ccgccgGTGCGGCGTCTGGTGATCTTCGGCGCGGGCCATGATGCCCAGCCGCTGGTGCGCATGGCCAAGCTGTTGGGTTGGCATGTGACGGTGATCGACGGCCGGGCGCACTTTGCCCGGGCCGAGCGTTTTGCCg < 2:195411/136‑1 (MQ=255) tCTGGTGATCTTCGGCGCGGGCCATGATGCCCAGCCGCTGGTGCGCATGGCCAAGCTGTTGGGTTGGCATGTGACGGTGATCGACGGCCGGGCGCACTTTGCCCGGGCCGAGCGTTTTGCCGAGGCTGACCAGGTg < 2:97189/136‑1 (MQ=255) gcTGGTGATCTTCGGCGCGGGCCATGATGCCCAGCCGCTGGTGCGCATGGCCAAGCTGTTGGGTTGGCATGTGACGGTGATCGACGGCCGGGCGCACTTTGCCCGGGCCGAGCGTTTTGCCGAGGCTGACCAGGTg < 2:302071/135‑1 (MQ=255) tGATCTTCGGCGCGGGCCATGATGCCCAGCCGCTGGTGCGCATGGCCAAGCTGTTGGGTTGGCATGTGACGATGATCGACGGCCGGGCGCACTTTGCCCGGGCCGAGCGTTTTGCCGAGGCTGACCAGGTGCTGGt < 1:404394/136‑1 (MQ=255) ttCGGCGCGGTCCATGATGCCCAGCCGCTGGTGCGCATGGCCAAGCTGTTGGGTTGGCATGTGACGGTGATCGACGGCCGGGCGCACTTTGCCCGGGCCGAGCGTTTTGCCGAGGCTGACCAGGTGCTGGTCGGCg < 2:240897/136‑1 (MQ=255) gCCCAGCCGCTGGTGCGCATGGCCAAGCTGTTGGGTTGGCATGTGACGGTGATCGACGGCCGGGCGCACTTTGCCCGGGCCGAGCGTTTTGCCGAGGCTGACCAGGTGCTGGt < 2:397064/113‑1 (MQ=255) gCCCAGCCGCTGGTGCGCATGGCCAAGCTGTTGGGTTGGCATGTGACGGTGATCGACGGCCGGGCGCACTTTGCCCGGGCCGAGCGTTTTGCCGAGGCTGACCAGGTGCTGGt > 1:397064/1‑113 (MQ=255) gCCCAGCCGCTGGTGCGCATGGCCAAGCTGTTGGGTTGGCATGTGACGGTGATCGACGGCCGGGCGCACTTTGCCCGGGCCGAGCGTTTTGCCGAGGCTGACCAGGTGCTGGTCGGCGATGTAGAGCAGCCTTTCg > 2:486438/1‑136 (MQ=255) gCCCAGCCGCTGGTGCGCATGGCCAAGCTGTTGGGTTGGCATGTGACGGTGATCGACGGCCGGGCGCACTTTGCCCGGGCCGAGCGTTTTGCCGAGGCTGACCAGGTGCTGGTCGGCGATGTAGAGCAGCCTTTCg > 2:380862/1‑136 (MQ=255) gCCGCTGGTGCGCATGGCCAAGCTGTTGGGTTGGCATGTGACGGTGATCGACGGCCGGGCGCACTTTGCCCGGGCCGAGCGTTTTGCCGAGGCTGACCAGGTGCTGGTCGGCGATGTAGAGCAGCCTTTCGATTAc > 2:59343/1‑136 (MQ=255) cTGGTGCGCATGGCCAAGCTGTTGGGTTGGCATGTGACGGTGATCGACGGCCGGGCGCACTTTGCCCGGGCCGAGCGTTTTGCCGAGGCTGACCAGGTGCTGGTCGGCGATGTAGAGCAGCCTTTCGATTACCACg < 1:502440/136‑1 (MQ=255) ccAAGCTGTTGGGTTGGCATGTGACGGTGATCGACGGCCGGGCGCACTTTGCCCGGGCCGAGCGTTTTGCCGAGGCTGACCAGGTGCTGGTCGGCGATGTAGAGCAGCCTTTCGATTACCACGAGCTGGTGCGCgg > 1:471156/1‑136 (MQ=255) tGTTGGGTTGGCATGTGACGGTGATCGACGGCCGGGCGCACTTTGCCCGGGCCGAGCGTTTTGCCGAGGCTGACCAGGTGCTGGTCGGCGATGTAGAGCAGCCTTTCGATTACCACGAGCTGGTGCGCGGGGCTgc > 2:312913/1‑136 (MQ=255) ttgggttggCATGTGACGGTGATCGACGGCCGGGCGCACTTTGCCCGGGCCGAGCGTTTTGCCGAGGCTGACCAGGTGCTGGTCGGCGATGTAGAGCAGCCTTTCGATTACCACGAGCTGGTGCGCGGGGCTgcgg < 1:59343/136‑1 (MQ=255) ggttggCATGTGACGGTGATCGACGGCCGGGCGCACTTTGCCCGGGCCGAGCGTTTTACCGAGGCTGACCAGGTGCTGGTCGGCGATGTAGAGCAGCCTTTCGATTACCACGAGCTGGTGCGCGGGGCTgcggtgg > 1:335960/1‑136 (MQ=255) ggttggCATGTGACGGTGATCGACGGCCGGGCGCACTTTGCCCGGGCCGAGCGTTTTACCGAGGCTGACCAGGTGCTGGTCGGCGATGTAGAGCAGCCTTTCGATTACCACGAGCTGGTGCGCGGGGCTgcggtgg > 1:333266/1‑136 (MQ=255) ggttggCATGTGACGGTGATCGACGGCCGGGCGCACTTTGCCCGGGCCGAGCGTTTTACCGAGGCTGACCAGGTGCTGGTCGGCGATGTAGAGCAGCCTTTCGATTACCACGAGCTGGTGCGCGGGGCTgcggtgg < 2:333266/136‑1 (MQ=255) ggttggCATGTGACGGTGATCGACGGCCGGGCGCACTTTGCCCGGGCCGAGCGTTTTACCGAGGCTGACCAGGTGCTGGTCGGCGATGTAGAGCAGCCTTTCGATTACCACGAGCTGGTGCGCGGGGCTgcggtgg < 2:335960/136‑1 (MQ=255) gTGATCGACGGCCGGGAGCACTTTGACCGGGCCGAGCGTTTTGCCGAGGCTGACCAGGTGCTGGTCTGCGATGTAGAGCAGCCTTTCGATTACCACTATCTGGTGCTCGGGGCTGAGGTGTCGGTGATGACCcaca < 2:131948/136‑1 (MQ=255) gcACTTTGCCCGGGCCGAGCGTTTTGCCGAGGCTGACCAGGTGCTGGTCGGCGATGTAGAGCAGCCTTTCGAtt > 2:355731/1‑74 (MQ=255) gcACTTTGCCCGGGCCGAGCGTTTTGCCGAGGCTGACCAGGTGCTGGTCGGCGATGTAGAGCAGCCTTTCGAtt < 1:355731/74‑1 (MQ=255) ttGCCCGGGCCGAGCGTTTTGCCGAGGCTGACCAGGTGCTGGTCGGCGATGTAGAGCAGCCTTTCGATTACCACGAGCTGGTGCGCGGGGCTGCGGTGGCGGTGATGACCCACAGCCTGGTGCAAGACGCGCATTg < 1:380785/136‑1 (MQ=255) cGGGCCGAGCGTTTTGCCGAGGCTGACCAGGTGCTGGTCGGCGATGTAGAGCAGCCTTTCGATTACCACGAGCTGGTGCGCGGGGCTGCGGTGGCGGTGATGACCCACAGCCTGGTGCAAGACGCGCATTGGCTaa < 1:312913/136‑1 (MQ=255) cGAGCGTTTTGCCGAGGCTGACCAGGTGCTGGTCGGCGATGTAGAGCAGCCTTTCGATTACCACGAGCTGGTGCGCGGGGCTGCGGTGGCGGTGATGACCCACAGCCTGGTGCAAGACGCGCATTGGCTAAAGGgt > 2:113299/1‑136 (MQ=255) gCGTTTTGCCGAGGCTGACCAGGTGCTGGTCGGCGATGTAGAGCAGCCTTTCGATTACCACGAGCTGGTGCGCGGGGCTGCGGTGGCGGTGATGACCCACAGCCTGGTGCAAGACGCGCATTGGCTAAAGGgtgtg < 1:382899/136‑1 (MQ=255) tttGCCGAGGCTGACCAGGTGCTGGTCGGCGATGTAGAGCAGCCTTTCGATTACCACGAGCTGGTGCGCGGGGCTGCGGTGGCGGTGATGACCCACAGCCTGGTGCAAGACGCGCATTGGCTAAAGGGTGTGTTGc < 1:150944/136‑1 (MQ=255) | GCCGCCGGTGCGGCGTCTGGTGATCTTCGGCGCGGGCCATGATGCCCAGCCGCTGGTGCGCATGGCCAAGCTGTTGGGTTGGCATGTGACGGTGATCGACGGCCGGGCGCACTTTGCCCGGGCCGAGCGTTTTGCCGAGGCTGACCAGGTGCTGGTCGGCGATGTAGAGCAGCCTTTCGATTACCACGAGCTGGTGCGCGGGGCTGCGGTGGCGGTGATGACCCACAGCCTGGTGCAAGACGCGCATTGGCTAAAGGGTGTGTTGC > NC_002947/2830398‑2830663 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |