| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,009,219 | A→G | M614T (ATG→ACG) | PP_2628 ← | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,009,219 | 0 | A | G | 96.4% | 92.8 / ‑4.1 | 28 | M614T (ATG→ACG) | PP_2628 | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (18/9); total (19/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.07e-01 | |||||||||||
AGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCAACAGTTCGGCATGGGTGCCTTGCTCGATGATGCGCCCTTCATCCATCACGATCAGCCGGTCCATGGCGGCGATCGTCGACAACCGGTGGGCGATGGCAATAACGGTCTTGCCTTGCATCATTTCATCCAGGCTCTCCTGAATGGCCACCTCCACCTCCGAGTCCAGCGCGC > NC_002947/3009092‑3009345 | aGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCAACAGTTCGGCATGGGTGCCTTGCTCGATGATGCGCCCTTCATCCGTCACGATc < 1:567691/136‑1 (MQ=255) ccTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCAACAGTTCGGCATGGGTGCCTTGCTCGATGATGCGCCCTTCATCCGTCACGATCAg > 1:1288484/1‑136 (MQ=255) ccTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCAACAGTTCGGCATGGGTGCCTTGCTCGATGATGCGCCCTTCATCCGTCACGATCAg > 1:396954/1‑136 (MQ=255) ccACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCAACAGTTCGGCATGGGTGCCTTGCTCGATGATGCGCCCTTCATCCGTCACGATCAGCCGGTc > 1:367531/1‑136 (MQ=255) aCGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCAACAGTTCGGCATGGGTGCCTTGCTCGATGATGCGCCCTTCATCCGTCACGATCAGCCGGTCCa > 1:894854/1‑136 (MQ=255) cTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCAACAGTTCGGCATGGGTGCCTTGCTCGATGATGCGCCCTTCATCCGTCACGATCAGCCGGTCCATggcg > 2:867789/1‑136 (MQ=255) ggATCCTCACCCAGCAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCAACAGTTCGGCATGGGTGCCTTGCTCGATGATGCGCCCTTCATCCGTCACGATCAGCCGGTCCATggcgg < 1:1057904/135‑1 (MQ=255) ccAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCAACAGTTCGGCATGGGTGCCTTGCTCGATGATGCGCCCTTCATCCGTCACGATCAGCCGGTCCATGGCGGCGATCGTCGa > 1:229743/1‑136 (MQ=255) cAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCAACAGTTCGGCATGGGTGCCTTGCTCGATGATGCGCCCTTCATCCGTCACGATCAGCCGGTCCATGGCGGCGATCGTCGAc > 1:861331/1‑136 (MQ=255) ggAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTAGCCAACAGTTCGGCATGGGTGCCTTGCTCGATGATGCGCCCTTCATCCGTCACGATCATCCGGTCCATGGCGGCGATCGTCGACaa > 2:897823/1‑136 (MQ=255) ctgcCACAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCAACAGTTCGGCATGGGTGCCTTGCTCGATGATGCGCCCTTCATCCGTCACGATCAGCCGGTCCATGGCGGCGATCGTCGACAACCGGTGGGCGATGGCAATa > 1:694278/1‑136 (MQ=255) acaACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCAACAGTTCGGCATGGGTGCCTTGCTCGATGATGCGCCCTTCATCCGTCACGATCAGCCGGTCCATGGCGGCGATCGTCGACAACCGGTGGGCGATGGCAATAACGGt > 1:628214/1‑136 (MQ=255) aCCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCAACAGTTCGGCATGGGTGCCTTGCTCGATGATGCGCCCTTCATCCGTCACGATCAGCCGGTCCATGGCGGCGATCGTCGACAACCGGTGGGCGATGGCAATAACGGTctt < 1:296290/136‑1 (MQ=255) cGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCAACAGTTCGGCATGGGTGCCTTGCTCGATGATGCGCCCTTCATCCGTCACGATCAGCCGGTCCATGGCGGCGATCGTCGACAACCGGTGGGCGATGGCAATAACGGTcttgc > 2:460063/1‑136 (MQ=255) cATAGGTACCCTTTTTCGCCAACAGTTCGGCATGGGTGCCTTGCTCGATGATGCGCCCTTCATCCGTCACGATCAGCCGGTCCATGGCGGCGATCGTCGACAACCGGTGGGc < 1:517807/112‑1 (MQ=255) cATAGGTACCCTTTTTCGCCAACAGTTCGGCATGGGTGCCTTGCTCGATGATGCGCCCTTCATCCGTCACGATCAGCCGGTCCATGGCGGCGATCGTCGACAACCGGTGGGc > 2:517807/1‑112 (MQ=255) tAGGTACCCTTTTTCGCCAACAGTTCGGCATGGGTGCCTTGCTCGATGATGCGCCCTTCATCCGTCACGATCAGCCGGTCCATGGCGGCGATCGTCGACAACCGGTGGGCGATGGCAATAACGGTCTTGCCTTGca > 2:864057/1‑136 (MQ=255) cccTTTTTCGCCAACAGTTCGGCATGGGTGCCTTGCTCGATGATGCGCCCTTcatccgtc < 1:1347695/60‑1 (MQ=255) cccTTTTTCGCCAACAGTTCGGCATGGGTGCCTTGCTCGATGATGCGCCCTTcatccgtc > 2:1347695/1‑60 (MQ=255) tttttCGCCAACAGTTCGGCATGGGTGCCTTGCTCGATGATGCGCCCTTCATCCGTCACGATCAGCCGGTCCATGGCGGCGATCGTCGACAACCGGTGGGCGATGGCAATAACGGTCTTGCCTTGCATCATTTCAt > 2:519705/1‑136 (MQ=255) cAGTTCGGCATGGGTGCCTTGCTCGATGATGCGCCCTTCATCCGTCACGATCAGCCGGTCCATGGCGGCGATCGTCGACAACCGGTGGGCGATGGCAATAACGGTCTTGCCTTGCATCATTTCATCCAGGCTCTcc < 2:16741/136‑1 (MQ=255) ggCATGGGTGCCTTGCTCGATGATGCGCCCTTCATCCGTCACGATCAGCCGGTCCATGGCGGCGATCGTCGACAACCGGTGGGCGATGGCAATAACGGTCTTGCCTTGCATCATTTCATCCAGGCTCTCCTGAATg < 1:487810/136‑1 (MQ=255) ggCATGGGTGCCTTGCTCGATGATGCGCCCTTCATCCGTCACGATCAGCCGGTCCATGGCGGCGATCGTCGACAACCGGTGGGCGATGGCAATAACGGTCTTGCCTTGCATCATTTCATCCAGGCTCTCCTGAATg < 1:78246/136‑1 (MQ=255) ccTTGCTCGATGATGCGCCCTTCATCCGTCACGATCAGCCGGTCCATGGCGGCGATCGTCGACAACCGGTGGGCGATGGCAATAACGGTCTTGCCTTGCATCATTTCATCCAg > 1:1034845/1‑113 (MQ=255) ccTTGCTCGATGATGCGCCCTTCATCCGTCACGATCAGCCGGTCCATGGCGGCGATCGTCGACAACCGGTGGGCGATGGCAATAACGGTCTTGCCTTGCATCATTTCATCCAg < 2:1034845/113‑1 (MQ=255) ccTTGCTCGATGATGCGCCCTTCATCCGTCACGATCAGCCGGTCCATGGCGGCGATCGTCGACAACCGGTGGGCGATGGCAATAACGGTCTTGCCTTGCATCATTTCATCCAGGCTCTCCTGAATGGccacctcca > 1:794048/1‑136 (MQ=255) ttGCTCGATGATGCGCCCTTCATCCGTCACGATCAGCCGGTCCATGGCGGCGATCGTCGACAACCGGTGGGCGATGGCAATAACGGTCTTGCCTTGCATCATTTCATCCAGGCTCTCCTGAATGGccacctccacc < 1:297163/136‑1 (MQ=255) cTCGATGATGCGCCCTTCATCCGTCACGATCAGCCGGTCCATGGCGGCGATCGTCGACAACCGGTGGGCGATGGCAATAACGGTCTTGCCTTGCATCATTTCATCCAGGCTCTCCTGAATGGCCacctccacctcc > 2:1017595/1‑136 (MQ=255) tgCGCCCTTCATCCATCACGATCAGCCGGTCCATGGCGGCGATCGTCGACAACCGGTGGGCGATGGCAATAACGGTCTTGCCTTGCATCATTTCATCCAGGCTCTCCTGAATGGCCACCTCCACCTCCGAGTCCAg > 2:1143292/1‑136 (MQ=255) ccTTCATCCGTCACGATCAGCCGGTCCATGGCGGCGATCGTCGACAACCGGTGGGCGATGGCAATAACGGTCTTGCCTTGCATCATTTCATCCAGGCTCTCCTGAATGGCCACCTCCACCTCCGAGTCCAgcgcgc > 2:212214/1‑136 (MQ=255) | AGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCAACAGTTCGGCATGGGTGCCTTGCTCGATGATGCGCCCTTCATCCATCACGATCAGCCGGTCCATGGCGGCGATCGTCGACAACCGGTGGGCGATGGCAATAACGGTCTTGCCTTGCATCATTTCATCCAGGCTCTCCTGAATGGCCACCTCCACCTCCGAGTCCAGCGCGC > NC_002947/3009092‑3009345 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |