Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,489,180 | G→A | G180D (GGC→GAC) | PP_4824 → | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,489,180 | 0 | G | A | 98.2% | 189.8 / NA | 55 | G180D (GGC→GAC) | PP_4824 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (18/36); minor base C (1/0); total (19/36) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.45e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCAGGCAACCGCTGGACATCTACCTGCGCCTGGTCTCAGAGCACCAGCTGCGTCCGGCCATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGGCCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCTCCAGCACCACCCTGATCCTGGCGCTGTACCACGGCCTGATGCTGCTCAGCGGCCTGATCCTGCTGAACCTCAGC > NC_002947/5489048‑5489304 | gcagGCAACCGCTGGACATCTACCTGCGCCTGGTCTCAGAGCACCAGCTGCGTCCGGCCATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACct > 2:811137/1‑136 (MQ=255) cagGCAACCGCTGGACATCTACCTGCGCCTGGTCTCAGAGCACCAGCTGCGTCCGGCCATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACctg > 1:791519/1‑136 (MQ=255) cAACCGCTGGACATCTACCTGCGCCTGGTCTCAGAGCACCAGCTGCGTCCGGCCATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACctgatca < 1:1154015/136‑1 (MQ=255) cAACCGCTGGACATCTACCTGCGCCTGGTCTCAGAGCACCAGCTGCGTCCGGCCATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACctgatca < 1:146672/136‑1 (MQ=255) cAACCGCTGGACATCTACCTGCGCCTGGTCTCAGAGCACCAGCTGCGTCCGGCCATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACctgatca < 1:525802/136‑1 (MQ=255) cGCTGGACATCTACCTGCGCCTGGTCTCAGAGCACCAGCTGCGTCCGGCCATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACctgatcatgct < 2:138145/136‑1 (MQ=255) cGCTGGACATCTACCTGCGCCTGGTCTCAGAGCACCAGCTGCGTCCGGCCATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACctgatcatgct < 2:297340/136‑1 (MQ=255) cGCTGGACATCTACCTGCGCCTGGTCTCAGAGCACCAGCTGCGTCCGGCCATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACctgatcatgct < 1:1291165/136‑1 (MQ=255) cGCTGGACATCTACCTGCGCCTGGTCTCAGAGCACCAGCTGCGTCCGGCCATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACctgatcatgct < 1:304339/136‑1 (MQ=255) gACATCTACCTGCGCCTGGTCTCAGAGCACCAGCTGCGTCCGGCCATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGAcct‑atcatgctgatcat < 1:1355432/136‑1 (MQ=255) gACATCTACCTGCGCCTGGTCTCAGAGCACCAGCTGCGTCCGGCCATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACctgatcatgctgatca < 1:57891/136‑1 (MQ=255) ccTGCGCCTGGTCTCAGAGCACCAGCTGCGTCCGGCCATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAAc > 1:985257/1‑136 (MQ=255) ccTGGTCTCAGAGCACCAGCTGCGTCCGGCCATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATc < 2:302389/136‑1 (MQ=255) cTGGTCTCAGAGCACCAGCTGCGTCCGGCCATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATcc < 1:1071386/136‑1 (MQ=255) cTGGTCTCAGAGCACCAGCTGCGTCCGGCCATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATcc > 2:1345340/1‑136 (MQ=255) cTGGTCTCAGAGCACCAGCTGCGTCCGGCCATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATcc < 1:475431/136‑1 (MQ=255) cTGGTCTCAGAGCACCAGCTGCGTCCGGCCATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATcc > 1:395209/1‑136 (MQ=255) ctcAGAGCACCAGCTGCGTCCGGCCATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCTGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCtta > 2:616935/1‑135 (MQ=255) gagCACCAGCTGCGTCCGGCCATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCctct < 1:906114/136‑1 (MQ=255) gCACCAGCTGCGTCCGGCCATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTac > 2:754545/1‑136 (MQ=255) gCACCAGCTGCGTCCGGCCATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTac < 2:625324/136‑1 (MQ=255) gCACCAGCTGCGTCCGGCCATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTac < 1:783965/136‑1 (MQ=255) gCTGCGTCCGGCCATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACACCCTGATCCGCTTCCTCTACACgcgc > 2:1169029/1‑136 (MQ=255) gCTGCGTCCGGCCATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGc > 1:168499/1‑136 (MQ=255) cTGCGTCCGGCCATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCt > 1:1213942/1‑136 (MQ=255) cGTCCGGCCATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCTCCa < 1:405615/136‑1 (MQ=255) cGTCCGGCCATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCTCCa < 1:811137/136‑1 (MQ=255) cGTCCGGCCATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCTCCa < 1:351302/136‑1 (MQ=255) ccATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCTCCAGcaccac < 2:882102/136‑1 (MQ=255) ccATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCTCCAGcaccac < 1:218817/136‑1 (MQ=255) tgCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGGCAGCGGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCTCAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCTCCAGCACCACGCTGa < 2:533733/135‑1 (MQ=255) tGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCTCCAGCACCACCCTGATCCTg < 1:1232862/136‑1 (MQ=255) tGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCTCCAGCACCACCCTGATCCTg < 2:27610/136‑1 (MQ=255) aGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCTCCAGCACCACCCTGATCCTGgc < 2:1035114/136‑1 (MQ=255) cTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCTCCAGCACCCCCCTGATCCTGgcgcg > 2:659729/1‑135 (MQ=255) cGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCTCCAGCACCACCCTGATCCTGGCGCTGTa < 2:718068/136‑1 (MQ=255) cGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCTCCAGCACCACCCTGATCCTGGCGCTGTa < 1:1042246/136‑1 (MQ=255) cGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCTCCAGCACCACCCTGATCCTGGCGCTGTa < 2:293519/136‑1 (MQ=255) cGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCTCCAGCACCACCCTGATCCTGGCGCTGTa < 2:997382/136‑1 (MQ=255) cGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCTCCAGCACCACCCTGATCCTGGCGCTGTa < 2:1213942/136‑1 (MQ=255) cGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCTCCAGCACCACCCTGATCCTGGCGCTGTa < 1:718505/136‑1 (MQ=255) cGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTACTCTACACCCGCTCCAGCACCACCCTGATCCTGGCGCTGTa < 1:923595/136‑1 (MQ=255) gCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGCCCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCTCCAGCACCACCCTGATCCTGGCGCTGTAcc > 2:1357425/1‑136 (MQ=255) gCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCTCCAGCACCACCCTGATCCTGGCGCTGTAcc > 2:209890/1‑136 (MQ=255) gCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCTCCAGCACCACCCTGATCCTGGCGCTGTAcc > 2:1306223/1‑136 (MQ=255) gCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCTCCAGCACCACCCTGATCCTGGCGCTGTAcc > 2:37306/1‑136 (MQ=255) gCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCTCCAGCACCACCCTGATCCTGGCGCTGTAcc > 2:1148946/1‑136 (MQ=255) gCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCTCCAGCACCACCCTGATCCTGGCGCTGTAcc > 1:525967/1‑136 (MQ=255) aTCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCTCCAGCACCACCCTGATCCTGGCGCTGTACCACGGCCTGATgctgct < 1:405091/136‑1 (MQ=255) cGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCGTCTACACCCGCTCCAGCACCACCCTGATCCTGGCGCTGTACCACGGCCTGATGCTGCTCAGCg < 2:1237470/136‑1 (MQ=255) ccAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCAGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCTCCAGCACCACCCTGATCCTGGCGCTGTACCACGGCCTGATGCTGCTCAGCGGc > 1:180595/1‑136 (MQ=255) cAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCTCCAGCACCACCCTGATCCTGGCGCTGTACCACGGCCTGATGCTGCTCAGCGGcc < 1:1363249/136‑1 (MQ=255) gctgctGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCTCCAGCACCACCCTGATCCTGgc < 2:143434/99‑1 (MQ=255) gctgctGTTCGGCATGCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCTCCAGCACCACCCTGATCCTGgc > 1:143434/1‑99 (MQ=255) gCTGTTCGGCGACCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCTCCAGCACCACCCTGATCCTGGCGCTGTACCACGGCCTGATGCTGCTCAGCGGCCTGATCCTGCTGAACCTCAGc < 2:49239/136‑1 (MQ=255) | GCAGGCAACCGCTGGACATCTACCTGCGCCTGGTCTCAGAGCACCAGCTGCGTCCGGCCATCAGCCTTGAGCCTGCGGCCGAGGCAGCCTCGGATCAACGCCAGCCGCTGCTGTTCGGCATGCTGTTCGGCGGCCTGATCATGCTGATCATGCACAACCTGATCCGCTTCCTCTACACCCGCTCCAGCACCACCCTGATCCTGGCGCTGTACCACGGCCTGATGCTGCTCAGCGGCCTGATCCTGCTGAACCTCAGC > NC_002947/5489048‑5489304 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |