| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,074,740 | Δ1 bp | 5.0% | coding (689/1308 nt) | mdtA ← | multidrug transporter membrane fusion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,074,740 | 0 | A | . | 5.0% | 533.2 / 20.3 | 159 | coding (689/1308 nt) | mdtA | multidrug transporter membrane fusion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (78/73); new base . (6/2); total (84/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.27e-01 | |||||||||||
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
CCGGTGGATTGCAGCTTGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCTTGACCAGCCCCTG > NC_002947/4074593‑4074888 | ggTGGATTGCAGCTTGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAgcgc > 1:205487/1‑150 (MQ=255) gTGGATTGCAGCTTGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGcgc‑g < 1:2713599/150‑1 (MQ=255) tGGATTGCAGCTTGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑gg > 1:4553413/1‑150 (MQ=255) ggATTGCAGCTTGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑ggt < 1:1425442/150‑1 (MQ=255) gATTGCAGCTTGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑ggtg < 2:4660007/150‑1 (MQ=255) ttGCAGCTTGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑ggtggt < 2:4621281/150‑1 (MQ=255) tGCAGCTTGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑Ggtggtg > 1:4606808/1‑150 (MQ=255) gCAGCTTGCTGTCAACGCGGTCCCAGGCCTCGACCGTCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATAGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGgtgt < 1:1021447/150‑1 (MQ=255) cAGCTTGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTc > 1:1719736/1‑150 (MQ=255) tGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTgg < 2:945365/150‑1 (MQ=255) cTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTggcg < 1:5212219/150‑1 (MQ=255) cTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTggcg < 1:3148382/150‑1 (MQ=255) tGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTggcgg > 2:180189/1‑150 (MQ=255) aCCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGccac > 2:3948850/1‑150 (MQ=255) ccGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGccacc > 2:2210387/1‑150 (MQ=255) ccGCGGTCCCAGCCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCTGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGTTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGccacc < 2:3608484/150‑1 (MQ=255) cgcgGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGccacca < 1:3624011/150‑1 (MQ=255) cgcgGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGccacca > 1:4087484/1‑150 (MQ=255) 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cAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGgcg < 1:1098947/150‑1 (MQ=255) gCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTgg < 2:4089467/145‑1 (MQ=255) gCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTgg > 1:4089976/1‑145 (MQ=255) gCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAg < 1:4320832/150‑1 (MQ=255) tGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGc < 2:1089326/150‑1 (MQ=255) 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accaccAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCTTGACCAGc < 1:2210387/150‑1 (MQ=255) ccaccaGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCTTGACCAGcc > 1:3213145/1‑150 (MQ=255) caccaGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCTTGACCAGccc > 2:2216034/1‑150 (MQ=255) accaGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAg > 2:482422/1‑56 (MQ=255) accaGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAg < 1:482422/56‑1 (MQ=255) caGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCTTGACCAGCCCCTg > 1:2859542/1‑150 (MQ=255) | CCGGTGGATTGCAGCTTGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCTTGACCAGCCCCTG > NC_002947/4074593‑4074888 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |