| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 5,167,337 | Δ1 bp | 7.4% | coding (2513/3906 nt) | hrpA ← | ATP‑dependent helicase HrpA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 5,167,337 | 0 | T | . | 7.4% | 590.0 / 38.5 | 176 | coding (2513/3906 nt) | hrpA | ATP‑dependent helicase HrpA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (80/83); new base . (6/7); total (86/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
CCGGCAGGCTCGGCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTTTCTTCGTCAGCC > NC_002947/5167191‑5167486 | cGGCAGGCTCGGCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTcgcg < 1:1057399/150‑1 (MQ=255) ggCAGGCTCGGCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCg‑g < 2:1032595/150‑1 (MQ=255) ggCTCGGCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCa < 1:1509760/150‑1 (MQ=255) ggCTCGGCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCa < 2:3037281/150‑1 (MQ=255) gCTCGGCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAg > 2:2795524/1‑150 (MQ=255) ggCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCC‑CGCGAGGCCAGcgaa < 1:36304/150‑4 (MQ=255) ggCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCC‑CGCGAGGCCAGcgaa < 2:4242139/150‑4 (MQ=255) ggCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGGAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTTGCTGGCC‑CGCGAGGCCAGcgaa < 1:1942064/150‑4 (MQ=255) 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aGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGtcctcc < 1:3286058/150‑1 (MQ=255) cGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCctcctc < 1:3965944/150‑1 (MQ=255) gTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTcgc > 2:571407/1‑150 (MQ=255) cGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCAt > 1:612167/1‑150 (MQ=255) ggCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATg > 1:4382877/1‑150 (MQ=255) 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cACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCtttt < 2:2735457/150‑1 (MQ=255) gCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCCCGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCAt > 2:636273/1‑150 (MQ=255) gCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCAt < 2:2877562/150‑1 (MQ=255) gCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCAt > 1:2623464/1‑150 (MQ=255) cGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGc > 2:5439119/1‑150 (MQ=255) 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gggTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCa < 1:1524660/150‑1 (MQ=255) gggTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCa < 2:758452/150‑1 (MQ=255) gTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATa < 2:4628128/150‑1 (MQ=255) gTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATa < 2:428818/150‑1 (MQ=255) tgtgCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGaaa > 2:1199488/1‑150 (MQ=255) tgtgCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGaaa < 2:3796779/150‑1 (MQ=255) tgtgCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGaaa < 1:4741313/150‑1 (MQ=255) tgtgCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGaaa > 1:3280941/1‑150 (MQ=255) tgtgCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGGGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGaaa > 1:3620751/1‑150 (MQ=255) cACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGt > 2:131130/1‑150 (MQ=255) gacgtgCTGGCC‑CGCGAGGCCAGCACGTCCTCCACGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCAAGCGGTACCAACAAACAAATGTCGCCGTCTGGTGGATTTACGCCGGCAGGCGCGCGTCATAGAAAGCGTAAAGCCtt > 1:3104711/6‑150 (MQ=255) aCTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTc > 1:4181957/1‑96 (MQ=255) aCTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTc < 2:4181957/96‑1 (MQ=255) aCTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGtt < 2:2253305/150‑1 (MQ=255) cTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGttt < 2:4047749/150‑1 (MQ=255) acgtgCTGGCC‑CGCGAGGCCAGCGCGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGttt > 2:1743012/5‑150 (MQ=255) gtgCTGGCC‑CGCGAGGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTttct > 1:1297187/3‑150 (MQ=255) gCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTttcttc > 2:348985/1‑150 (MQ=255) gCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTttcttc < 2:2636655/150‑1 (MQ=255) gCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTttcttc < 1:2188963/150‑1 (MQ=255) gCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTttcttc > 2:4850561/1‑150 (MQ=255) gCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTttcttc < 2:1987562/150‑1 (MQ=255) gCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTttcttc < 1:214348/150‑1 (MQ=255) tGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTTTCTTCGt > 2:1424732/1‑150 (MQ=255) tCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTTTCTTCGTCAGcc > 2:379129/1‑150 (MQ=255) tCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTTTCTTCGTCAGcc > 2:379408/1‑150 (MQ=255) | CCGGCAGGCTCGGCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTTTCTTCGTCAGCC > NC_002947/5167191‑5167486 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |