Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 5,373,966 | Δ1 bp | 5.6% | intergenic (‑60/+37) | carB ← / ← carA | carbamoyl‑phosphate synthase large subunit/carbamoyl‑phosphate synthase small subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,373,966 | 0 | G | . | 5.6% | 638.9 / 32.2 | 195 | intergenic (‑60/+37) | carB/carA | carbamoyl‑phosphate synthase large subunit/carbamoyl‑phosphate synthase small subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (102/80); new base . (5/6); total (108/87) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.44e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.14e-01 |
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
TCGAATTCGCAGGCCTGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTGTCGGTA > NC_002947/5373818‑5374114 | tCGAATTCGCAGGCCTGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGgcgc > 2:1108399/1‑150 (MQ=255) tCGAATTCGCAGGCCTGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGgcgc > 2:31961/1‑150 (MQ=255) gAATTCGCAGGCCTGGCCGATCATGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCgg > 2:2084556/1‑150 (MQ=255) gAATTCGCAGGCCTGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCgg > 1:550819/1‑150 (MQ=255) tCGCAGGCCTGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAgg < 2:3512980/150‑1 (MQ=255) gCAGGCCTGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTg > 1:1483351/1‑150 (MQ=255) cAGGCCTGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGc < 2:3058634/150‑1 (MQ=255) aGGCCTGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGcc > 1:575982/1‑150 (MQ=255) gCCTGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCgg < 2:289287/140‑1 (MQ=255) gCCTGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCgg > 1:289287/1‑140 (MQ=255) tggcccGATCGTGATC‑GGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑Gccc > 2:1668589/5‑150 (MQ=255) tGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGC‑CGGCACCTGCCgcgccc < 2:2815083/150‑6 (MQ=255) gCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCgg < 1:2328760/150‑1 (MQ=255) ccGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCggg < 2:1940979/150‑1 (MQ=255) aTCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGcc < 2:2510826/150‑1 (MQ=255) gaCGATCGGGGCAGCGCCGAGTATGTGGTTGGTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCTCTCAATTCCGGGGTCAGTCGGCAAGCGGCTTTGAACATTCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTgccg‑ggccggcagcgg < 2:442296/149‑7 (MQ=255) cACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCtt < 2:1225485/150‑1 (MQ=255) aCGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTg > 2:501056/1‑150 (MQ=255) gtgatcggCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGc < 2:4363898/128‑1 (MQ=255) gtgatcggCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGc > 1:4363862/7‑134 (MQ=255) gtgatcggCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGa > 1:4259811/7‑150 (MQ=255) gATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGaa > 2:3434816/1‑150 (MQ=255) tCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGC‑CGGCACCTGCCgcgcc < 1:3371603/136‑5 (MQ=255) tCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGC‑CGGCACCTGCCgcgcc > 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ttGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGc > 2:3487128/1‑150 (MQ=255) ttGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGc < 1:4782742/150‑1 (MQ=255) aaCAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCt < 2:1636986/150‑1 (MQ=255) cAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTgg < 2:4259811/150‑1 (MQ=255) aTCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGaa < 2:2284694/150‑1 (MQ=255) tCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAg < 2:4656176/150‑1 (MQ=255) tGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCt < 1:2759455/150‑1 (MQ=255) tGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCt < 1:31961/150‑1 (MQ=255) gggTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTg < 2:3865852/150‑1 (MQ=255) gTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGGGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGaa < 2:5418173/150‑1 (MQ=255) tCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAAc > 1:2308877/1‑150 (MQ=255) tCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAAc < 1:2230981/150‑1 (MQ=255) tCAGGCGCTGCCGGGCGCGACAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTc < 1:3736475/128‑1 (MQ=255) tCAGGCGCTGCCGGGCGCGACAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTc > 2:3736475/1‑128 (MQ=255) gcgcTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACgcgc > 2:3681477/1‑150 (MQ=255) cgcTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGct < 2:3973475/150‑1 (MQ=255) cgcTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGct > 2:2973657/1‑150 (MQ=255) gcTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGctc < 1:4817192/150‑1 (MQ=255) cccGGGC‑CGGCACCTGCCGCGCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTg > 1:1921161/2‑150 (MQ=255) ccGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTGt < 2:566579/150‑1 (MQ=255) cGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGACACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTGTc < 2:4745996/150‑1 (MQ=255) cgcgGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTGTCGGTa < 1:3434816/150‑1 (MQ=255) | TCGAATTCGCAGGCCTGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTGTCGGTA > NC_002947/5373818‑5374114 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |