Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 1,058,260 | Δ1 bp | 7.7% | intergenic (‑186/+34) | PP_0914 ← / ← sodB | GGDEF domain‑containing protein/superoxide dismutase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 1,058,260 | 0 | A | . | 7.7% | 686.9 / 49.2 | 208 | intergenic (‑186/+34) | PP_0914/sodB | GGDEF domain‑containing protein/superoxide dismutase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (92/98); new base . (9/7); total (101/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.09e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 |
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
GACCATTAGCAGTGTATCGGTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCG > NC_002947/1058111‑1058408 | gACCATTAGCAGTGTATCGGTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGca > 1:2908030/1‑150 (MQ=255) aCCATTAGCAGTGTATCGGTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGcac > 2:397995/1‑150 (MQ=255) gCAGTGTATCGGTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCg > 1:221502/1‑150 (MQ=255) 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acaGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTc > 2:4518413/1‑137 (MQ=255) acaGGCAC‑AAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCg > 1:15911/1‑150 (MQ=255) aGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCgg > 2:835743/1‑150 (MQ=255) caAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTc > 2:430961/1‑150 (MQ=255) aaaaaaaCCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCg > 2:4467586/1‑150 (MQ=255) aaaaaaaCCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCg > 1:272371/1‑150 (MQ=255) aaaaaaaCCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCg > 1:4808487/1‑150 (MQ=255) nagaaaCCCGGC‑CATGTGCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGa > 1:1672712/4‑150 (MQ=255) gagaaaCCCGGC‑CATGTGCCGGGTTTTTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACGTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGa > 2:3168061/4‑150 (MQ=255) gagaaaCCCGGC‑CATGTGCCGGGTTTTTCGTTCAAGAACGAATGACTCAGGCCTTGAATGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTGCGGACGCAGGTTGCGGTAGACGa > 1:5289013/4‑150 (MQ=255) 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GACCATTAGCAGTGTATCGGTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCG > NC_002947/1058111‑1058408 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |