| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,956,660:1 | +G | 7.1% | intergenic (‑198/‑83) | PP_2586 ← / → PP_2587 | putative amino acid transporter/LuxR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,956,660 | 1 | . | G | 7.1% | 467.3 / 29.1 | 112 | intergenic (‑198/‑83) | PP_2586/PP_2587 | putative amino acid transporter/LuxR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (58/46); new base G (4/4); total (62/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
GCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAGGCCAAGGTCACCGAGGCGATCGG > NC_002947/2956513‑2956807 | gcgACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCCGGGCAAGGGCTGTGTCC‑GC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑gg < 2:1011150/150‑1 (MQ=21) cgACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑TCACCCCCAAGGGTGATTCC‑GGt > 2:1535412/1‑150 (MQ=255) aCCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGc < 1:4435495/150‑1 (MQ=255) 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gttgtGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGcc < 2:295022/150‑1 (MQ=255) ttgtGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCg > 1:651411/1‑150 (MQ=255) aaGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAg > 1:4480301/1‑150 (MQ=255) gcgggcGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTAt < 2:4871525/145‑1 (MQ=255) gaggTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTggtaaaaa > 2:3640230/1‑144 (MQ=255) gaggTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTAt > 1:1296323/1‑150 (MQ=255) tgcGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTg > 2:4937775/3‑150 (MQ=255) tCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGc > 2:2904125/1‑150 (MQ=255) cGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCCGGGTGCCTGCAgg < 2:1662795/133‑2 (MQ=255) cGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCCGGGTGCCTGCAgg > 1:1662795/1‑132 (MQ=255) 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ttGCCCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCAc > 1:3041054/1‑150 (MQ=255) cccGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAg < 1:1406735/150‑1 (MQ=255) cccGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAg > 1:376432/1‑150 (MQ=255) cccGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAg > 2:1602584/1‑150 (MQ=255) cccGGC‑TCACCCAAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAg < 2:548198/150‑1 (MQ=255) cggaatCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGGGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGaa > 1:3469845/6‑131 (MQ=255) cggaatCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGaa < 2:3469845/126‑1 (MQ=255) cccACCCCATCGGGTGTTGCC‑GGTGCCGGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAGGCCaa < 1:912057/148‑1 (MQ=255) tCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAGGCCAAg > 1:1121896/1‑150 (MQ=255) acACCCCAAAGGGTGTTTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAGGCCAAg < 1:1789018/149‑1 (MQ=255) aCCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAGGCCAAGGt > 1:919832/1‑150 (MQ=255) cccAAATGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAGGCCAAGGTCa > 2:292565/1‑150 (MQ=255) cccAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAGGCCAAGGTCa > 2:3911365/1‑150 (MQ=255) cccAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAGGCCAAGGTCa > 1:2250621/1‑150 (MQ=255) cccAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAG‑GGTGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTc > 2:4443267/1‑117 (MQ=255) cccAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAG‑GGTGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTc < 1:4443267/117‑1 (MQ=255) ccAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAGGCCAAGGTCAc > 2:4638275/1‑150 (MQ=255) ccAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAGGCCAAGGTCAc > 2:4503927/1‑150 (MQ=255) ccAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAGGCCAAGGTCAc > 1:4182274/1‑150 (MQ=255) cAAAGGGTGATTCCGGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAGGCCaa > 2:4766071/1‑144 (MQ=255) cAAAGGGTGATTCCGGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAGGCCaa < 1:4766071/144‑1 (MQ=255) cAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAGGCCAAGGTCAcc > 2:5152247/1‑150 (MQ=255) gggTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAGGCCAAGGTCACCGAgg < 2:919832/150‑1 (MQ=255) aTTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAGGCCAAGGTCACCGAGGCGATc > 2:2486775/1‑150 (MQ=255) tCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAATCGGCAGGCTTACAGTGACGAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAGGCCAAGGTCACCGAGGCGATcgg > 2:3850297/1‑150 (MQ=255) | GCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCACCAGGCCAAGGTCACCGAGGCGATCGG > NC_002947/2956513‑2956807 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |