| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,074,744:1 | +T | 5.1% | coding (685/1308 nt) | mdtA ← | multidrug transporter membrane fusion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,074,744 | 1 | . | T | 5.1% | 678.0 / 28.2 | 156 | coding (685/1308 nt) | mdtA | multidrug transporter membrane fusion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (79/69); new base T (6/2); total (85/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
GGTGGATTGCAGCTTGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCTTGACCAGCCCCTGGAACT > NC_002947/4074595‑4074893 | ggTGGATTGCAGCTTGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAgcgc > 1:205487/1‑150 (MQ=255) gTGGATTGCAGCTTGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGcgc‑g > 2:4217024/1‑150 (MQ=255) gTGGATTGCAGCTTGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGcgc‑g < 1:2713599/150‑1 (MQ=255) tGGATTGCAGCTTGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑gg > 1:4553413/1‑150 (MQ=255) ggATTGCAGCTTGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑ggt < 1:1425442/150‑1 (MQ=255) gATTGCAGCTTGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑ggtg < 2:4660007/150‑1 (MQ=255) tGCAGCTTGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑Ggtggtg > 1:4606808/1‑150 (MQ=255) gCAGCTTGCTGTCAACGCGGTCCCAGGCCTCGACCGTCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATAGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGgtgt < 1:1021447/150‑1 (MQ=255) cAGCTTGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTc < 2:3711806/150‑1 (MQ=255) aGCTTGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCg > 2:3465081/1‑150 (MQ=255) tGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTgg < 2:945365/150‑1 (MQ=255) cTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTggcg < 1:3148382/150‑1 (MQ=255) cTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTggcg < 1:5212219/150‑1 (MQ=255) tGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTggcgg > 2:180189/1‑150 (MQ=255) aCCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGccac > 2:4329762/1‑150 (MQ=255) aCCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGccac > 2:796392/1‑150 (MQ=255) ccGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGccacc > 2:4763393/1‑150 (MQ=255) ccGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGccacc > 2:2210387/1‑150 (MQ=255) 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cAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGgcg < 1:1098947/150‑1 (MQ=255) gCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTgg < 2:4089976/145‑1 (MQ=255) gCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTgg > 1:4089976/1‑145 (MQ=255) gCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAg < 1:4320832/150‑1 (MQ=255) cTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAgg > 2:2560992/1‑150 (MQ=255) 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ttGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGAcc > 1:2804106/1‑150 (MQ=255) tGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCt < 1:4627997/150‑1 (MQ=255) cTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTg > 1:2353899/1‑150 (MQ=255) tCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGa > 2:3359903/1‑150 (MQ=255) cGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGAt > 1:2276482/1‑150 (MQ=255) gTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTg < 2:4295327/150‑1 (MQ=255) tGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTc > 1:4205048/1‑150 (MQ=255) ggTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCtt > 1:1236886/1‑150 (MQ=255) ggTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCtt > 1:5276115/1‑150 (MQ=255) ggTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCtt > 1:5275941/1‑150 (MQ=255) caacgacaccacC‑GCGCTGGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCtt > 1:1794628/7‑150 (MQ=255) tGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCTTGa < 2:4013606/150‑1 (MQ=255) tGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCTTGa < 2:2353899/150‑1 (MQ=255) tGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGGTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCTTGa < 2:3959347/150‑1 (MQ=255) gacaccacC‑GCGCTGGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCTTGAcc > 2:174595/3‑150 (MQ=255) caccacCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCTTGACCAg > 1:5042223/1‑150 (MQ=255) caccacC‑GCGCTGGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCTTGACCAg > 2:1479729/1‑150 (MQ=255) accaccAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCTTGACCAGc > 1:177050/1‑150 (MQ=255) ccaccaGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCTTGACCAGcc > 1:3213145/1‑150 (MQ=255) caccaGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCTTGACCAGccc > 2:2216034/1‑150 (MQ=255) caccaGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCTTGACCAGccc > 1:35183/1‑150 (MQ=255) caccgc‑gCTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCTTGACCAGCCCCTg > 1:1261759/4‑150 (MQ=255) caGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCTTGACCAGCCCCTg > 1:2859542/1‑150 (MQ=255) cgc‑gGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCTTGACCAGCCCCTGGaa < 1:963585/150‑1 (MQ=255) cgc‑gGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCTTGACCAGCCCCTGGaa < 1:3705699/150‑1 (MQ=255) c‑gGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCTTGACCAGCCCCTGGAACt > 1:3334370/1‑150 (MQ=255) | GGTGGATTGCAGCTTGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCTTGACCAGCCCCTGGAACT > NC_002947/4074595‑4074893 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |