| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,167,341:1 | +A | 7.3% | coding (2509/3906 nt) | hrpA ← | ATP‑dependent helicase HrpA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,167,341 | 1 | . | A | 7.3% | 729.9 / 50.0 | 177 | coding (2509/3906 nt) | hrpA | ATP‑dependent helicase HrpA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (85/79); new base A (6/7); total (91/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
CGGCAGGCTCGGCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTTTCTTCGTCAGCCAGGA > NC_002947/5167192‑5167490 | cGGCAGGCTCGGCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTcgcg < 1:1057399/150‑1 (MQ=255) ggCAGGCTCGGCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCg‑g < 2:2955139/150‑1 (MQ=255) ggCTCGGCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCa < 1:1509760/150‑1 (MQ=255) gCTCGGCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAg > 2:2795524/1‑150 (MQ=255) cGGCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCAc < 1:2206675/150‑1 (MQ=255) ggCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTTGCTGGCC‑CGCGAGGCCAGcgaa < 1:1942110/150‑4 (MQ=255) ggCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCC‑CGCGAGGCCAGcgaa < 2:4242139/150‑4 (MQ=255) ggCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCC‑CGCGAGGCCAGcgaa < 1:36304/150‑4 (MQ=255) gCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCC‑CGCGAGGCCAg < 2:3713901/145‑1 (MQ=255) gCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCC‑CGCGAGGCCAg > 1:3713901/1‑145 (MQ=255) cAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGtcctc > 2:2220726/1‑150 (MQ=255) cAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGtcctc < 1:2345457/150‑1 (MQ=255) aGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGtcctcc < 2:3368728/150‑1 (MQ=255) aGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGtcctcc < 1:3286058/150‑1 (MQ=255) cGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCctcctc < 1:3965944/150‑1 (MQ=255) gTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTcgc > 2:571407/1‑150 (MQ=255) cGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCAt > 1:612167/1‑150 (MQ=255) ggCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATg > 1:4382877/1‑150 (MQ=255) 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tCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCttt < 1:4232843/150‑1 (MQ=255) cACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCtttt < 2:1973489/150‑1 (MQ=255) cACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCtttt < 2:2735457/150‑1 (MQ=255) cACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCtttt < 2:3012886/150‑1 (MQ=255) gggggTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGGGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTc < 2:3056971/142‑1 (MQ=255) 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gggTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCa > 2:318761/1‑150 (MQ=255) gggTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCa < 2:758452/150‑1 (MQ=255) gTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATa < 2:4628128/150‑1 (MQ=255) tgtgCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGaaa < 2:3796779/150‑1 (MQ=255) tgtgCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGaaa > 1:3280941/1‑150 (MQ=255) tgtgCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGaaa > 2:3547570/1‑150 (MQ=255) tgtgCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGaaa > 2:1199488/1‑150 (MQ=255) tgtgCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGGGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGaaa > 1:3620751/1‑150 (MQ=255) tgCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGc < 1:4820348/150‑1 (MQ=255) ggcggTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTa < 2:2467405/150‑1 (MQ=255) cACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGt > 2:131130/1‑150 (MQ=255) gacgtgCTGGCC‑CGCGAGGCCAGCACGTCCTCCACGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCAAGCGGTACCAACAAACAAATGTCGCCGTCTGGTGGATTTACGCCGGCAGGCGCGCGTCATAGAAAGCGTAAAGCCtt > 1:3104711/6‑150 (MQ=255) aCTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTc < 2:4181957/96‑1 (MQ=255) aCTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGtt < 2:2253305/150‑1 (MQ=255) cTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGttt < 2:4047749/150‑1 (MQ=255) acgtgCTGGCC‑CGCGAGGCCAGCGCGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGttt > 2:1743012/5‑150 (MQ=255) ttCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTttc < 1:55156/150‑1 (MQ=255) ttCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTttc > 1:1548120/1‑150 (MQ=255) gtgCTGGCC‑CGCGAGGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTttct > 1:1297187/3‑150 (MQ=255) gtgCTGGCC‑CGCGAGGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTttct > 1:2363288/3‑150 (MQ=255) gCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTttcttc > 2:4850561/1‑150 (MQ=255) gCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTttcttc < 1:2188963/150‑1 (MQ=255) gCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTttcttc < 2:2636655/150‑1 (MQ=255) tCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTTTCTTCGTCAGcc > 2:379408/1‑150 (MQ=255) cg‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTTTCTTCGTCAGCCAgg < 1:269816/150‑1 (MQ=255) g‑ggCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTTTCTTCGTCAGCCAGGa < 1:1514244/150‑1 (MQ=255) | CGGCAGGCTCGGCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGCGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTTTCTTCGTCAGCCAGGA > NC_002947/5167192‑5167490 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |