Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,999,167:1 | +G | 17.8% | intergenic (‑158/+42) | PP_5252 ← / ← PP_5253 | hypothetical protein/arylesterase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,999,167 | 1 | . | G | 17.8% | 407.7 / 109.6 | 135 | intergenic (‑158/+42) | PP_5252/PP_5253 | hypothetical protein/arylesterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (52/59); new base G (16/8); total (68/67) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.14e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.39e-01 |
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
GACTAGGGGCCGGCAGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTCGGCGCCACGAATCAG > NC_002947/5999020‑5999316 | aGGGGCCGGCAGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCt < 2:3804950/150‑1 (MQ=255) ggggCCGGCAGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTg > 2:5125331/1‑150 (MQ=255) ggggCCGGCAGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTg < 1:3038331/150‑1 (MQ=255) ggggCCGGCAGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCACCTA‑CA‑ACGTCTg > 2:2396192/1‑150 (MQ=255) gCCGGCAGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCCCGCCTA‑CA‑ACGTCGGttg > 1:1156467/1‑148 (MQ=255) cGGCAGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGa < 2:1171462/150‑1 (MQ=255) cGGCAGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGa < 1:2187068/150‑1 (MQ=255) cGGCAGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTAGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCGGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGa < 2:1171450/150‑1 (MQ=255) ggCAGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAg < 2:2701716/150‑1 (MQ=255) gCAGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CAGACGT‑TGTAGGAGc < 2:3663716/150‑1 (MQ=255) aGGGGGTCTGCGATGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑gg < 1:1189235/150‑1 (MQ=255) aGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CAGACGT‑TGTAGGAGC‑gg < 2:722301/150‑1 (MQ=255) aGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CAGACGT‑TGTAGGAGC‑gg < 2:1372356/150‑1 (MQ=255) aGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CAGACGT‑TGTAGGAGC‑gg < 1:4837173/150‑1 (MQ=255) aGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CAGACGT‑TGTAGGAGC‑gg < 2:4720572/150‑1 (MQ=255) aGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑gg < 1:2871933/150‑1 (MQ=255) gggggACTGCGAAGCATGCCGTTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGATTGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑ggt < 1:1933299/150‑2 (MQ=255) gggggACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGCTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑ggg < 2:200593/150‑1 (MQ=255) aCTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTAc < 1:556963/150‑1 (MQ=255) aCTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCACCTA‑CC‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGGTTaa > 1:2576455/1‑149 (MQ=255) cTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTAcc < 1:4967413/150‑1 (MQ=255) tGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCCCACCAA‑CA‑ACCTCTGTAGGAGC‑GGGTTTAacc > 1:3765004/1‑150 (MQ=255) tGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAACCGCGCCGA‑AA‑ACGTCTGTATGAGC‑GGGTTTAacc > 1:1439437/1‑150 (MQ=255) tGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAACCCCACCAA‑CA‑AACTCTGTAGGAGC‑GGGTTTAgcc > 1:3764991/1‑150 (MQ=255) cGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAATCCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCcgc > 2:2855901/1‑150 (MQ=255) gAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGGTTACCcgcg > 2:500615/1‑150 (MQ=255) gAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAACCCCACCTC‑CA‑AACAGAGTAGGGGCGGGGTTTAccccg > 1:1814595/1‑148 (MQ=255) aGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGaa < 1:3681675/150‑1 (MQ=255) ccGGTTGTTGCACGGCCGGGGCTTGATTGGTTGTGCGGTGGGTTGAAGATGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTTTTGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTc < 1:2858766/150‑1 (MQ=37) ccGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTc < 2:3319305/150‑1 (MQ=255) cGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCG‑ACGT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGaagaggccg < 2:4039025/150‑8 (MQ=37) cGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTcc < 2:3885393/150‑1 (MQ=255) cGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTcc < 2:5448910/150‑1 (MQ=255) gTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGGTTACCCGCGAATGTTTCCca > 2:3393641/1‑150 (MQ=255) aaGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTAcc > 2:3544168/1‑150 (MQ=255) aaGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTACCACAATTaac > 2:4695220/1‑148 (MQ=255) ggCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGc < 2:4983062/150‑1 (MQ=255) tGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAACCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCGGaa > 2:1636164/1‑150 (MQ=255) tGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGACAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑CCGTCTGTCGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGac < 1:1269501/150‑2 (MQ=255) gtgCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGt < 2:4869436/91‑1 (MQ=255) tgCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGGGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTCGGAGC‑GGTTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTc < 1:1081430/150‑1 (MQ=255) gCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CAGACGT‑TGTAGGAg < 1:3250613/94‑1 (MQ=37) gCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CAGACGT‑TGTAGGAg > 2:3250613/1‑94 (MQ=37) ggTGGGTTTAAGATGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGTTAAACCCGCTCCTA‑AA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTc < 1:171783/150‑1 (MQ=255) ggTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCCCTCCTA‑CA‑ACGACTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCAATc > 2:2596476/1‑150 (MQ=255) gTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCa < 2:4889278/150‑1 (MQ=255) tGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGaa > 2:5118589/1‑101 (MQ=255) tGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGaa < 1:5118589/101‑1 (MQ=255) agaagGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAACCCCGCCGA‑CA‑ACGTCAGTAGGAGC‑GGGGTTAACCGCGAATGTTTACCACAATTACCGCAGAAGGAAAGCCCGCAAGTCCTCATTAagcagc > 1:1241197/1‑150 (MQ=255) gaagGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAAACCCCTCCAA‑CA‑AACTGTGTTGGAGC‑GGGTTTAACCCCGCATTTTTGCCAAAAATAACGCTGTAGGAACGCCACCCAGTCCGCAATGAgctggg > 1:2506205/1‑148 (MQ=255) gaagGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAgctgct > 2:4670503/1‑150 (MQ=255) tAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCAt < 1:1686401/150‑1 (MQ=255) gCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGa < 1:1056065/150‑1 (MQ=255) ccccTGGACAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTACACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGa < 1:4123020/149‑1 (MQ=255) aaGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAACCGCGCCTA‑CA‑ACGTCTGGAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCGCAATCAGCGGCTGCGCCTGAGTCACTGCa > 2:2416511/1‑150 (MQ=38) tttttGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTACAAAAc < 2:844208/150‑1 (MQ=255) ttGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGt < 2:2545029/150‑1 (MQ=255) tgctgcCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTg < 1:770670/150‑1 (MQ=255) ggtaccTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCGA‑CA‑ACCTCTGTAGGATC‑GGGTTTAACCGCGAAAGTTTCCCACAAATACCGCTGGAGGAAACCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCAAGAGTCACTGCAAAACCGTgc > 2:241875/5‑150 (MQ=37) gctgcCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTgc < 1:2660829/150‑1 (MQ=255) gctgcCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTgc < 2:638723/150‑1 (MQ=255) ctgcCTGGGCCGGCCTCTTCGCGTGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTgcg < 2:59947/150‑1 (MQ=255) tgcCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCAA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTAACCGCGAATGTTTCCCACAAATACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCAATCAGCTGCTGCGCATGAGTCACAGCAAAACCGTgcgg > 2:1781168/1‑150 (MQ=38) tGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTGCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTAACGCTGTAGGAACGCCAGCAAGTCCTGATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGcc > 2:3583613/1‑150 (MQ=255) gccggccTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCg < 1:480287/150‑1 (MQ=255) aaacattCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CAGACGT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCAt > 2:4022842/6‑150 (MQ=37) ttCGCGGGTAAACCGGCTCCTA‑CA‑ACGTGTGTCGGAGG‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACAcc < 1:1991186/150‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACAcc < 1:1991278/150‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCATA‑CAGACCT‑TGTAGGAGC‑GGGTTAACACGCGAATGTATCCCACAATTACCGCTGAATCAACCCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACAGCAAAACAGTGCGGCGCCCCGGCATACAcc > 2:3005049/1‑150 (MQ=25) cgcgGGTAAACCCCCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAAATACCGCTGAAGGAAAGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCCTGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCtg > 2:202509/1‑149 (MQ=255) gggTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTgcg < 1:4497792/128‑1 (MQ=255) gggTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAg < 2:2576455/150‑1 (MQ=255) ggTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTTGGAGC‑GGTTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGc < 1:2645039/150‑1 (MQ=255) ggTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGc > 2:698419/1‑150 (MQ=255) aaCCCGCTCCTA‑CAGACGT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTc < 2:1421066/148‑1 (MQ=255) aaCCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTTTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTCgg < 1:244339/150‑1 (MQ=255) aaCCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTCgg < 1:4884408/150‑1 (MQ=255) aCCCGCTCCTA‑CAGACGT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTCGgc > 1:3671760/1‑150 (MQ=255) aCCCGCTCCTA‑CAGACGT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGATGAAGGAACGCCAGCACGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTCGgc > 2:4011829/1‑150 (MQ=38) cccGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTCGgcg > 2:1188352/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTA‑CAGACGT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTCGgcgc > 1:2978170/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTA‑CAGACGT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACAGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTCGgcgc > 2:3704580/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTCGgcgc > 1:3474021/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTCGgcgc > 2:3127575/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTCGgcgc > 1:1485696/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTCGgcgc > 2:2653083/1‑150 (MQ=255) cGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTCGGCGcc < 1:1041663/150‑1 (MQ=255) gCTCCTA‑CAGACGT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTCGGCGCCa > 1:2303620/1‑150 (MQ=255) gCTCCTA‑CAGACGT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTCGGCGCCa > 1:4561595/1‑150 (MQ=255) gCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTCGGCGCCa > 1:2455178/1‑150 (MQ=255) gCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTCGGCGCCa > 1:5266161/1‑150 (MQ=255) cTCCTA‑CAGACGT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTCGGCGCCAc > 2:5106502/1‑150 (MQ=255) cTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGACCGCCAGCACGTCCTCAGTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCGTCAGCTCGGCGcccc > 1:4491699/1‑148 (MQ=255) cTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTCGGCGCCAc < 1:1188352/150‑1 (MQ=255) cTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTCGGCGCCACGaa > 1:4414539/1‑150 (MQ=255) tA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTCGGCGCCACGAAt > 2:179164/1‑150 (MQ=255) a‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTCGGCGCCACGAATc < 2:3765004/150‑1 (MQ=255) a‑aCGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTCGGCGCCACGAATCAg > 1:4114173/1‑150 (MQ=255) a‑aCGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCACGGCATACACCTTCAGCTCGGCGCCACGAATCAg > 1:5204687/1‑150 (MQ=255) a‑aCGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTACCCACAATTACCCCTGAAGGACCGCCAGCAAGACCACATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACAGCAAAACCGAGCGGCGCCCCGGCATACACCATCAGCTCGCCGCCACCAATCac > 2:803257/1‑149 (MQ=255) | GACTAGGGGCCGGCAGGGGGACTGCGAAGCATGCCGGTTGATGCAAGGCCTGGGCTTGAATGGATGTGCGGTGGGTTGAAGAAGGTTAGCCCTGGTCAAGCTTTTTGCTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA‑CA‑ACGTCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGTTTCCCACAATTACCGCTGAAGGAACGCCAGCAAGTCCTCATTCAGCTGCTGCGCATGAGTCACTGCAAAACCGTGCGGCGCCCCGGCATACACCTTCAGCTCGGCGCCACGAATCAG > NC_002947/5999020‑5999316 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |