| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,544,534 | G→C | 23.8% | intergenic (+51/+63) | mdfA → / ← ampG | multidrug MFS transporter/muropeptide permease AmpG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,544,534 | 0 | G | C | 23.8% | 267.3 / 90.6 | 134 | intergenic (+51/+63) | mdfA/ampG | multidrug MFS transporter/muropeptide permease AmpG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (36/66); new base C (21/11); total (57/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.77e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.64e-01 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
TTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAG > NC_002947/1544387‑1544683 | tttgGCCGTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTTGGCGCGGGGGCCGGTGTGGTTTGGGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGgc < 1:2973227/150‑1 (MQ=38) ccgtGGGGGGGGGGGTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGgccgcgc < 1:3519633/147‑1 (MQ=255) gggggggggggggggCGGGGGCGTGGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGgccgcgccgc < 1:4189987/143‑1 (MQ=255) ggggggggggggggggggCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCttt < 1:4694296/146‑1 (MQ=255) ggggggggggggggggggTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCACCGCTTTGt < 1:4233120/148‑1 (MQ=255) ggggggggggggggggggTGGGCGGTGGGGCCGGTGTGGTTTGTGGTGGGGGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGt < 1:5008193/148‑1 (MQ=38) ggggggggggggggggCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGt < 1:4876553/148‑1 (MQ=255) gggggggTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGt < 1:243421/148‑1 (MQ=255) gggggggggCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTa < 2:606158/149‑1 (MQ=21) gggggggggCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTa < 1:4742758/149‑1 (MQ=21) gggggggggCGGGGGCGTGGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTa < 1:1746850/149‑1 (MQ=255) ggggggTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTa < 1:3465165/149‑1 (MQ=255) ggggggTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTa < 1:2054935/149‑1 (MQ=255) ggggggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTa < 2:2852568/149‑1 (MQ=255) ggggggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGGGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTa < 2:2068339/149‑1 (MQ=255) ggggggTGGCGGGGGCGTGGGCGCGGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTa < 1:1358574/149‑1 (MQ=255) cggGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTa < 1:3857109/150‑1 (MQ=37) cggGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTa < 2:3499199/150‑1 (MQ=37) gggTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGa < 1:754123/150‑1 (MQ=255) ggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTCAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTGTGTAGGAg > 2:3046572/1‑150 (MQ=255) ggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAg > 2:3045870/1‑150 (MQ=255) ggggggggggCGTGGGCGCGGGGGCCGCTGTGTTTTGGGGGGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGTCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGc < 1:3339026/145‑1 (MQ=38) gTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGc < 1:3339044/150‑1 (MQ=255) gTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGc < 2:1068705/150‑1 (MQ=37) gTGGCGGGGGCGTGGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGc < 1:3322753/150‑1 (MQ=255) gggggggggGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGGGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑gg < 1:1835738/147‑1 (MQ=255) ggggggggCGTGGGGGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGGGGTGGGGGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑gg < 1:4618011/147‑1 (MQ=38) ggCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGGGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑gg < 2:1433258/150‑1 (MQ=255) ggCGGGGGCGTGGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGGGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑gg < 1:4618103/150‑1 (MQ=255) gggggggCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑ggg < 2:560919/148‑1 (MQ=255) gCGGGGGCGTGGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑ggg < 2:328723/150‑1 (MQ=255) ggggCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGc < 1:965506/144‑1 (MQ=255) ggggCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGc > 2:965506/1‑144 (MQ=255) ttGGCGCTGTGGCCGCGGTGGTTGGTGGGGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCcgc < 1:2638728/150‑1 (MQ=21) gggCGCTGGGGCCGGGGTGGTTGGGGGGGGGGGGGCGCCGTGGGGACGGGGCGGTAGCTCGATACTCGGTATGGCCGGGGCCGGCCTCTTCGG‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCcgcg < 2:5157925/149‑1 (MQ=9) gcgcTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAAACC‑CCCACAACAAACGGCCCCCCCCCGGTGTAGGGGC‑GGGGTTA‑ccccccca > 1:5412449/1‑145 (MQ=255) ggtgtgGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAaga < 2:2177054/148‑1 (MQ=21) gcTGTGGCCGCTGGGGTTGGTGGTGGGGGGGCGGCCGGGGGACGGGGCTGTCGCTCGATAATCGTTATGGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACTGGGCCGCGCCGCTTTGTCGTAGG‑GGTTTTA‑CCCGCGAaga < 2:1134062/150‑1 (MQ=37) gCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCACTTCGCGGGGTAAAAAC‑‑CACCAAAAAAAGGCCCCCCCCCGGTGTAGGAGCGGGGTTTA‑CCCCCG‑AGAGGcccccac > 2:597282/1‑145 (MQ=255) tggtggggGGGGGGCGGCCGGGGGACGGGGCTGTAGCTCGATACGCGTTATGGCGGGGGCCGGCCCCTGCGC‑GGGAAACCCC‑GCCCCTACACCGGGCCGCGCCGCTTTGTCGGAGG‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATa < 2:1052520/148‑1 (MQ=25) ggggggggggCGGCGGGGGGACGGGGCTGTTGCGCGATATGGGGTTTTGCGGGGGCCGGCCTCTACGC‑GGGTAAACCG‑GCTCCTCCACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACaaa < 2:3939726/147‑1 (MQ=21) gcggcCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑CCACCTACACAGGGCCGCGCCGCGTTGTAGGGGC‑CGGGTTA‑CCCCCGGAGAGGCCACCACAGCCAATACAAAGCGTCAggg > 2:3498855/1‑150 (MQ=37) cTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAAACC‑CCTCCTAAACACGGCCCCGCCGCGGTGTAGGGGC‑GGGTTTA‑ACCCCCAAGAGGCCCGCACCGCCAAAAAAAAACGTAAGGGgcgcg > 2:3912123/1‑149 (MQ=255) tGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGa > 2:1603671/1‑95 (MQ=255) tGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGa < 1:1603671/95‑1 (MQ=255) ggggCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCAcc < 2:2266046/150‑1 (MQ=255) cTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAAACC‑CCACCGACACAGGGCCCCGCCGCGTTGTAGGATC‑GGGTTTA‑CCCGCGCAGAGGCCCGCACAGGCAAAAAAAAGCATCAGGGCCGCGACGCCACCGACTGggcgt > 2:1736280/1‑150 (MQ=25) cTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGGAAAACC‑CCTCCAAAAAACGGCCCCGCCCCGTTGTTGGAGC‑GGGTTTT‑ACCGCGAAGAGGCCACCACACGCAATACAAAGCAAAAGGGCCGCGCAGCCACCCAGTGgtcgt > 2:1736201/1‑150 (MQ=255) tctaTAATCGTTTTTGCGGGGGCGGGCCTCTTCGC‑GGGAAACCCC‑GCCCCTACACCGGGCGGCGCGGCTTTGTCGGTGC‑GGGTTAC‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGgtcgtc < 1:784245/147‑1 (MQ=255) tCGATAATCGGTAGGGCCGGGGCCGGCCTCTGCGC‑GGGTAACCCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGgtcgtc < 1:4057313/150‑1 (MQ=255) aTCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGGAAAACC‑CCACCCACACAGGGCCGCCCCCCGTTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑ACCCCGCAGAGGCCAGCACAGGCAAAACAAAGCTTCAGGGCCGCGCACCCCCCCACTGGTCGTCCGcccc > 2:3595357/1‑148 (MQ=255) gcGGTATTGCCGCGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTACACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGATTTGTCGTCCGCCAcc < 2:200268/149‑1 (MQ=255) ttgggcgggggCCGGCCTCTGCGC‑GGCAACCCCC‑GCCCCCCCCCCGGCCCGCCCCGCTTTGGCGGCGC‑GTTTTAA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCg < 1:4631120/143‑1 (MQ=255) aTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑ggg > 1:4997244/1‑70 (MQ=14) tggCCGGGGCCGGCCGCTGCGG‑GGGTAACCCC‑GCGCCTCCACCGGGCCGCGCCGGTTTGTCGGCGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTc < 2:2748267/148‑1 (MQ=38) gcgggggCGGGCCTCTGGGG‑GGCAAACCCC‑GCCCATACCCTGGGCCGCGCGGGTTTGGAGGGGG‑GGGTTCA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTccc < 1:597282/147‑1 (MQ=255) gggCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTGGTAGGAGC‑GGTTTTC‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCcccgc < 2:194111/150‑1 (MQ=255) ggccTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGc > 2:422591/1‑150 (MQ=255) ggccTCCTGGC‑‑GGTAAACCCGGCACATACACTGGCCCGCGCGGTTTTGTAGGCGG‑GGTTTAA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGc < 1:3728544/150‑1 (MQ=255) gccTCTGCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACCGGGCCGCGCCGCTTTGTCGGAGG‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCt < 2:3352672/150‑1 (MQ=255) cactTCGC‑GGGAAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGG‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTc < 1:2195603/148‑1 (MQ=255) tCGG‑GGGTAAACCC‑GCACCTACACAGGCCCGCCCCGCTTTGTAGGCGG‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGa < 1:3498855/150‑1 (MQ=39) gc‑gGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATg > 1:1084470/1‑150 (MQ=255) gggTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCa < 2:3503430/66‑1 (MQ=255) gTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGGTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGcccc > 2:1778156/1‑148 (MQ=255) ctAAACCC‑GCCCCTCCACCGGGCCGCGCCGCTTTGTTGGCGC‑GGGTTTC‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCAc < 1:3718299/149‑1 (MQ=255) aaaCCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTg > 2:4176649/1‑150 (MQ=255) cc‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAgg > 1:185729/1‑150 (MQ=255) cc‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAg > 1:3674118/1‑149 (MQ=255) cc‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAg < 2:3674118/149‑1 (MQ=255) cc‑GCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAgg > 2:4145934/1‑150 (MQ=37) cc‑GCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAgg > 1:318445/1‑150 (MQ=37) c‑GCTCCACCACCGGGCCGCGCCGGTTTGATGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAggg < 1:1095522/150‑1 (MQ=39) tCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCga > 2:4043353/1‑150 (MQ=255) tCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCga > 2:2427226/1‑150 (MQ=37) tCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCga > 1:3886408/1‑150 (MQ=37) tCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCga > 1:1756532/1‑150 (MQ=37) ccTCCACCGGGCCGCGCCGCTTTGTTGGCGG‑GGGTTCA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgat < 1:2122665/150‑1 (MQ=255) ccTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgat > 1:3643757/1‑150 (MQ=255) cTACACTGGGCCGCGCCGCTTTGTCGGCGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatc < 1:3476210/150‑1 (MQ=255) cTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGgtcgtc > 1:5241839/1‑101 (MQ=18) cTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatc > 2:1150126/1‑150 (MQ=37) tACACCGGGCCGCGCCGCTTTGTCGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca < 2:1583675/150‑1 (MQ=255) tACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGGAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:2592156/1‑150 (MQ=255) tACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCCCCGGCAATAccga < 2:4661626/67‑4 (MQ=17) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:5011703/1‑150 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:724211/1‑150 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:3250578/1‑150 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:5439978/1‑150 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:1316952/1‑150 (MQ=37) cccccgggCCGCCCCGCTTTGTCGGCG‑‑GGGTTTACCCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcag < 1:536782/145‑1 (MQ=255) acacTGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcag < 2:2871145/150‑1 (MQ=255) cacaGGGCCGCGCCGCTTGGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcagg > 2:4948028/1‑150 (MQ=255) cacaGGGCCGCGCCGCTTGGGAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcagg < 2:4502517/150‑1 (MQ=255) acaGGGCCGCGCCGCTTTGTCGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcagga < 2:990193/150‑1 (MQ=255) acaGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGcc < 2:1996294/47‑1 (MQ=255) acaGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGcc > 1:1996294/1‑47 (MQ=255) aGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTc > 1:2001845/1‑108 (MQ=255) aGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcaggatc > 1:1293650/1‑150 (MQ=255) gggCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcaggatca > 1:1120915/1‑150 (MQ=255) | TTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCC‑GCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAG > NC_002947/1544387‑1544683 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |