| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 1,544,546 | 0 | T | G | 28.2% | 205.6 / 105.0 | 141 | intergenic (+63/+51) | mdfA/ampG | multidrug MFS transporter/muropeptide permease AmpG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/63); new base G (30/10); total (68/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.33e-05 | |||||||||||
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Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
GCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGT‑TTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGCGTAGGCACCC > NC_002947/1544400‑1544694 | ggggggggggggggggggTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCACCGCTTTGt < 1:4233120/148‑1 (MQ=255)ggggggggggggggggggTGGGCGGTGGGGCCGGTGTGGTTTGTGGTGGGGGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGt < 1:5008193/148‑1 (MQ=38)ggggggggggggggggCGTGGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTgtgt < 1:5105081/148‑1 (MQ=25) 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agcggcgcggcccTGTGTAGGAGCGGGT‑TTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcaggatc > 2:2835220/6‑150 (MQ=255) agcggcgcggcccTGTGTAGGAGCGGGT‑TTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcaggatc > 1:763508/6‑150 (MQ=255) aGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGT‑TTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTc < 2:2001845/108‑1 (MQ=255) aGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGT‑TTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcaggatc > 1:1293650/1‑150 (MQ=255) gggCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGT‑TTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcaggatca > 1:1120915/1‑150 (MQ=255) ggCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGT‑TTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcaggatcag > 2:3526107/1‑150 (MQ=255) gccgcgccgcTTTGTAGGAGCGGGT‑TTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGc > 2:607881/1‑150 (MQ=255) cgcgccgcTTTGTAGGAGCGGGT‑TTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGCGt > 1:3554588/1‑150 (MQ=255) gccgcTTTGTAGGAGCGGGT‑TTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGCGTAgg > 1:3373538/1‑150 (MQ=255) gccgcTTTGTAGGAGCGGGT‑TTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGCGTAgg > 1:5406533/1‑150 (MQ=255) gccgcTTTGTAGGAGCGGGT‑TTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGCGTAgg > 1:646419/1‑150 (MQ=255) tttGTAGGAGCGGGT‑TTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGCGTAGGCAccc > 1:4543902/1‑150 (MQ=255) | GCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGT‑TTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGCGTAGGCACCC > NC_002947/1544400‑1544694 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |