| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 93,229 | A→T | 7.1% | M122K (ATG→AAG) ‡ | trpB ← | tryptophan synthase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 93,229 | 0 | A | T | 7.1% | 591.5 / 23.6 | 183 | M122K (ATG→AAG) ‡ | trpB | tryptophan synthase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (94/76); new base T (6/7); total (100/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
CGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCTTGGCCAGCAGCACTTGGCCGATGCAGTTGTTCACCTTGTGCGCGCCGGTATGGTTGAGCTCTTCACGCTTGAAGAAAATCTTCGCTCCGCCGCAATGCTCGGTC > NC_002947/93080‑93378 | cGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCa > 1:805464/1‑150 (MQ=255) ggTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCAt < 1:5318542/150‑1 (MQ=255) ggcggTAACTGGCACGATCTCGGCGCCAACCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCAGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGAAGATCACGCAAGGCAGGACGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCTGGCATGCCGgc > 2:1778483/1‑150 (MQ=255) ggTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGcc < 2:4082154/150‑1 (MQ=255) aCTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCCGGtt > 2:1747238/1‑150 (MQ=255) gCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCgg > 1:113248/1‑150 (MQ=255) tttacttcGGCACCCAGCAGCTTCATGCGGAAGACGTTTGGCTTCTGACGTTCAACGTCAGTGGCACCCATATAGACCACGCAAGGCAGGCCGAAACGGGCTGCAACGGTTGCTGATGCAACGCCATGCTGACCAGCGCCGGTTTCcgcg > 2:946012/7‑150 (MQ=255) aCGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGTGCCGGTTTCGGCg < 2:1834480/150‑1 (MQ=255) aCGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCg > 2:4012083/1‑150 (MQ=255) aCGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCg > 1:1399276/1‑150 (MQ=255) gATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCACGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCCAGTTTCGGCGAt > 2:2558994/1‑150 (MQ=255) gATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCAAGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGAt > 1:960318/1‑150 (MQ=255) aTCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGGCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCCGGCCGACGCGCGCGGCGACCGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATc > 2:298255/1‑150 (MQ=255) tctcGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCa < 2:5380206/150‑1 (MQ=255) ttcGGCACCCAGCAGCTTCATGCGGAAGACGTTTGGCTTCTGACGTTCAACGTCAGTGGCACCCATATAGACCACGCAAGGCAGGCCGAAACGGGCTGCAACGGTTGCTGATGCAACGCCATGCTGACCAGCGCCGGTTTCCGCGAtgat > 1:4534651/2‑147 (MQ=255) ctcGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAg > 2:2614657/1‑150 (MQ=255) gcCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGcc > 1:2252265/1‑129 (MQ=255) gcCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGcc < 2:2252265/129‑1 (MQ=255) cccAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCttt < 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tGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCa < 1:688068/129‑1 (MQ=255) tGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCt > 2:5396128/1‑150 (MQ=255) gCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCtt < 2:3538905/150‑1 (MQ=255) gCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCtt < 2:624357/150‑1 (MQ=255) cacGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCTTGGCcag > 2:2337066/1‑150 (MQ=255) 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gctgGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCTTGGCCAGCAGCACTTGGc < 1:3986700/150‑1 (MQ=255) ctgGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCTTGGCCAGCAGCACTTGGcc < 1:3383445/150‑1 (MQ=255) gcgcTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCTTGGCCAGCAGCACTTGGCCGAt > 2:1079777/1‑150 (MQ=255) gcgcTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCTTGGCCAGCAGCACTTGGCCGAt > 2:4247756/1‑150 (MQ=255) cTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCTTGGCCAGCAGCACTTGGCCGATGCa > 2:760183/1‑150 (MQ=255) 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gcCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCTTGGCCAGCAGCACTTGGCCGATGCAGTTGTTCACCTTGTGCGCGCCgg < 2:1262762/134‑1 (MQ=255) gcCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCTTGGCCAGCAGCACTTGGCCGATGCAGTTGTTCACCTTGTGCGCGCCGGTATGGTTGAGCTCTTc > 1:111192/1‑150 (MQ=255) ccGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCTTg > 2:880294/1‑87 (MQ=255) aaGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCTTGGCCAGCAGCACTTGGCCGATGCAGTTGTTCACCTTGTGCGCGCCGGTATGGTTGAGCTCTTCACGc < 1:2707144/150‑1 (MQ=255) gcgcgcGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCTTGGCCAGCAGCACTTGGCCGATGCAGTTGTTCACCTTGTGCGCGCCGGTATGGTTGAGCTCTTCACGCtt < 2:5226135/150‑1 (MQ=255) gcgcgcGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCTTGGCCAGCAGCACTTGGCCGATGCAGTTGTTCACCTTGTGCGCGCCGGTATGGTTGAGCTCTTCACGCtt > 2:1655942/1‑150 (MQ=255) 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aGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCTTGGCCAGCAGCACTTGGCCGATGCAGTTGTTCACCTTGTGCGCGCCGGTATGGTTGAGCTCTTCACGCTTGAAGAAAATCtt > 1:4525732/1‑150 (MQ=255) aGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCTTGGCCAGCAGCACTTGGCCGATGCAGTTGTTCACCTTGTGCGCGCCGGTATGGTTGAGCTCTTCACGCTTGAAGAAAATCtt > 1:4525777/1‑150 (MQ=255) gtggcggtggcgACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCTTGGCCAGCAGCACTTGGCCGATGCAGTTGTTCACCTTGTGCGCGCCGGTATGGTTGAGCTCTTCACGCTTGAAGAAAATCTTc < 1:3957457/150‑1 (MQ=255) tggcggtggcgACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCTTg > 2:2161446/1‑68 (MQ=255) tggcggtggcgACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCTTGGCCAGCAGCACTTGGCCGATGCAGTTGTTCACCTTGTGCGCGCCGGTATGGTTGAGCTCTTCACGCTTGAAGAAAATCTTCg > 2:5346256/1‑150 (MQ=255) gcggtggcgACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCTTGGCCAGCAGCACTTGGCCGATGCAGTTGTTCACCTTGTGCGCGCCGGTATGGTTGAGCTCTTCACGCTTGAAGAAAATCTTCGCt > 1:594735/1‑150 (MQ=255) gcggtggcgACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCTTGGCCAGCAGCACTTGGCCGATGCAGTTGTTCACCTTGTGCGCGCCGGTATGGTTGAGCTCTTCACGCTTGAAGAAAATCTTCGCt > 2:4221908/1‑150 (MQ=255) ggtggcgACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCTTGGCCAGCAGCACTTGGCCGATGCAGTTGTTCACCTTGTGCGCGCCGGTATGGTTGAGCTCTTCACGCTTGAAGAAAATCTTCGCTcc > 2:198458/1‑150 (MQ=255) ggcgACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCTTGGCCAGCAGCACTTGGCCGATGCAGTTGTTCACCTTGTGCGCGCCGGTATGGTTGAGCTCTTCACGCTTGAAGAAAATCTTCGCTccgcc > 2:3855112/1‑150 (MQ=255) acacCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCTTGGCCAGCAGCACTTGGCCGATGCAGTTGTTCACCTTGTGCGCGCCGGTATGGTTGAGCTCTTCACGCTTGAAGAAAATCTTCGCTCCGCCGCaa < 2:113248/150‑1 (MQ=255) acacCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCTTGGCCAGCAGCACTTGGCCGATGCAGTTGTTCACCTTGTGCGCGCCGGTATGGTTGAGCTCTTCACGCTTGAAGAAAATCTTCGCTCCGCCGCaa > 2:2615311/1‑150 (MQ=255) cGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCTTGGCCAGCAGCACTTGGCCGATGCAGTTGTTCACCTTGTGCGCGCCGGTATGGTTGAGCTCTTCACGCTTGAAGAAAATCTTCGCTCCGCCGCAATGCt > 1:4220504/1‑150 (MQ=255) tGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCTTGGCCAGCAGCACTTGGCCGATGCAGTTGTTCACCTTGTGCGCGCCGGTATGGTTGAGCTCTTCACGCTTGAAGAAAATCTTCGCTCCGCCGCAATGCTCg < 1:489149/150‑1 (MQ=255) aTGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCTTGGCCAGCAGCACTTGGCCGATGCAGTTGTTCACCTTGTGCGCGCCGGTATGGTTGAGCTCTTCACGCTTGAAGAAAATCTTCGCTCCGCCGCAATGCTCGGTc > 1:2607933/1‑150 (MQ=255) | CGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATGCCGGCGCCGGTTTCGGCGATCAGGCGCTTTTTGCCCATGCGCTTGGCCAGCAGCACTTGGCCGATGCAGTTGTTCACCTTGTGCGCGCCGGTATGGTTGAGCTCTTCACGCTTGAAGAAAATCTTCGCTCCGCCGCAATGCTCGGTC > NC_002947/93080‑93378 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |