Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,572,931 | C→A | 6.6% | A337A (GCC→GCA) | pcaB → | 3‑carboxy‑cis,cis‑muconate cycloisomerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,572,931 | 0 | C | A | 6.6% | 747.2 / 27.7 | 225 | A337A (GCC→GCA) | pcaB | 3‑carboxy‑cis,cis‑muconate cycloisomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (96/114); new base A (5/10); total (101/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
GCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTCGCGACCGTGCCCACCA > NC_002947/1572782‑1573077 | ttGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAg < 2:5226940/150‑1 (MQ=255) ttGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCAGGGCGCCAg < 2:1748112/150‑1 (MQ=255) tGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAgg < 1:894248/150‑1 (MQ=255) tGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCAGGGCGCCAga < 2:697245/150‑2 (MQ=255) aTCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCAGGGCGCCAgaga < 1:3507427/150‑4 (MQ=255) aTCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCAGGGCGCCAgaga < 1:772776/150‑4 (MQ=255) aTCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCAGGGCGCCAgaga < 1:2232815/150‑4 (MQ=255) ggTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCCCTGGCGCAGGGCGCCAgagacca < 2:1172908/150‑7 (MQ=255) gTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAg > 2:3020821/1‑150 (MQ=255) ccGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGtca > 2:5191206/1‑148 (MQ=255) cgcgACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCGGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGAt < 2:5022729/150‑1 (MQ=255) gcgACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGAtt > 1:3770342/1‑150 (MQ=255) gACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGc > 1:3012381/1‑150 (MQ=255) ccGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGa < 2:3747182/150‑1 (MQ=255) cgcgTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAg > 2:2075246/1‑150 (MQ=255) cgcgTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAg < 1:4174616/150‑1 (MQ=255) cgTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAggg < 2:5381289/150‑1 (MQ=255) gTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCATCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGTAACCCTGCCGGATTTCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGc < 2:4501681/150‑1 (MQ=255) 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tgTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCAGGGCGCCAgagac > 2:1409140/1‑116 (MQ=255) gTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGc < 2:1714108/150‑1 (MQ=255) tCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGcc > 1:4099037/1‑150 (MQ=255) gACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCcgc > 1:3270189/1‑150 (MQ=255) aCGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCAGGGCGCCAgaga > 2:3846582/1‑111 (MQ=255) aCGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCAGGGCGCCAgaga < 1:3846582/114‑4 (MQ=255) 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gctgcCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTc > 1:5331295/1‑150 (MQ=255) ctgcCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTcg > 2:589761/1‑150 (MQ=255) tgcCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTcgc < 2:1421876/150‑1 (MQ=255) ccTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTCGCGa > 1:1998928/1‑150 (MQ=255) cTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTCGCGAc > 1:4962936/1‑150 (MQ=255) tGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTCGCGAcc > 1:635718/1‑150 (MQ=255) ggTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGCTGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTCGCGACCg > 2:2390416/1‑150 (MQ=255) tctcTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTCGCGACCGTg < 2:4665590/150‑1 (MQ=255) tctcTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTCGCGACCGTg < 1:2075246/150‑1 (MQ=255) tctGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTCGCGACCGTGcc < 2:2108019/150‑1 (MQ=255) cctGGCGCAGGGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCAGCGTCCTCGCCCCGCGTCTGGGTCGCGACCGTGcc > 2:4456446/2‑150 (MQ=255) tGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTCGCGACCGTGCcca > 2:439788/1‑150 (MQ=255) ggCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTCGCGACCGTGCccac < 1:3020821/150‑1 (MQ=255) gcgcCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTCGCGACCGTGCccacc < 2:3566932/150‑1 (MQ=255) | GCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTCGCGACCGTGCCCACCA > NC_002947/1572782‑1573077 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |