| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,572,932 | C→G | 6.7% | L338V (CTG→GTG) ‡ | pcaB → | 3‑carboxy‑cis,cis‑muconate cycloisomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,572,932 | 0 | C | G | 6.7% | 747.6 / 31.8 | 225 | L338V (CTG→GTG) ‡ | pcaB | 3‑carboxy‑cis,cis‑muconate cycloisomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (96/114); new base G (5/10); total (101/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
CGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTCGCGACCGTGCCCACCACCTG > NC_002947/1572784‑1573081 | cgccgTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCt > 2:2413642/1‑150 (MQ=255) gccgTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTg > 1:1995790/1‑150 (MQ=255) tgtTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTAAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGcc < 1:2072203/150‑1 (MQ=255) 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ggATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCg > 2:2986853/1‑150 (MQ=255) gATATCTGCTGCCTGTTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGt > 2:582116/1‑150 (MQ=255) tCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTgg > 2:2561522/1‑150 (MQ=255) tCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTgg < 2:1721807/150‑1 (MQ=255) gctgcCTTTTCACTGGCGCCCTGCGCCAGTCTCAAGTGATTGACGAGGGCATGGAGCTGGATGACGAGCGAATGCGCCGTAACCTCGACATGACCCAAGGCCTGGTGCAGGCAGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTc > 2:2164642/1‑150 (MQ=255) gctgcCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTc > 1:5331295/1‑150 (MQ=255) ctgcCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTcg > 2:589761/1‑150 (MQ=255) tgcCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTcgc < 2:1421876/150‑1 (MQ=255) tctcTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTCGCGACCGTg < 2:4665590/150‑1 (MQ=255) tctcTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTCGCGACCGTg < 1:2075246/150‑1 (MQ=255) tctGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTCGCGACCGTGcc > 2:1028790/1‑150 (MQ=255) tctGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTCGCGACCGTGcc < 2:2108019/150‑1 (MQ=255) cctGGCGCAGGGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCAGCGTCCTCGCCCCGCGTCTGGGTCGCGACCGTGcc > 2:4456446/2‑150 (MQ=255) ggCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTCGCGACCGTGCccac < 1:493658/150‑1 (MQ=255) | CGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTCGCGACCGTGCCCACCACCTG > NC_002947/1572784‑1573081 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |