| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,572,933 | T→G | 6.5% | L338R (CTG→CGG) ‡ | pcaB → | 3‑carboxy‑cis,cis‑muconate cycloisomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,572,933 | 0 | T | G | 6.5% | 700.4 / 28.9 | 224 | L338R (CTG→CGG) ‡ | pcaB | 3‑carboxy‑cis,cis‑muconate cycloisomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (93/114); new base G (5/10); total (100/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.46e-01 | |||||||||||
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
CGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTCGCGACCGTGCCCACCACCTGC > NC_002947/1572784‑1573082 | cgccgTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCt > 2:2413642/1‑150 (MQ=255) gccgTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTg > 1:1995790/1‑150 (MQ=255) tgtTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTAAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGcc < 1:2072203/150‑1 (MQ=255) ttGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAg < 2:5226940/150‑1 (MQ=255) ttGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCAGGGCGCCAg < 2:1748112/150‑1 (MQ=255) tGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAgg < 1:894248/150‑1 (MQ=255) tGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCAGGGCGCCAga < 2:697245/150‑2 (MQ=255) aTCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCAGGGCGCCAgaga < 1:772776/150‑4 (MQ=255) 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cgcgACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGAt < 2:2059604/150‑1 (MQ=255) cgcgACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCGGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGAt < 2:5022729/150‑1 (MQ=255) gcgACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGAtt < 1:3515082/150‑1 (MQ=255) gACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGc > 1:3012262/1‑150 (MQ=255) ccGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGa < 2:3747182/150‑1 (MQ=255) 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gctgcCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTc > 1:5331295/1‑150 (MQ=255) ctgcCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTcg > 2:589761/1‑150 (MQ=255) tgcCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTcgc < 2:1421876/150‑1 (MQ=255) cTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTCGCGAc > 1:4962936/1‑150 (MQ=255) tGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTCGCGAcc > 1:635718/1‑150 (MQ=255) tctcTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTCGCGACCGTg < 2:4665590/150‑1 (MQ=255) cctGGCGCAGGGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCAGCGTCCTCGCCCCGCGTCTGGGTCGCGACCGTGcc > 2:4456446/2‑150 (MQ=255) tGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTCGCGACCGTGCcca > 2:439788/1‑150 (MQ=255) gcgcCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTCGCGACCGTGCccacc < 2:3566932/150‑1 (MQ=255) tGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTCGCGACCGTGCCCACCACctgc > 2:1902937/1‑150 (MQ=255) | CGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCCAGGCTCAAGTGATTGCCGAGGGCATGGAGGTGGATGCCGCGCGCATGCGCCGTAACCTCGACCTGACCCAAGGCCTGGTGCTGGCCGAAGCGGTGAGCATCGTCCTCGCCCAGCGTCTGGGTCGCGACCGTGCCCACCACCTGC > NC_002947/1572784‑1573082 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |