| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,642,319 | G→C | 5.5% | intergenic (‑105/+47) | PP_1442 ← / ← lon‑I | hypothetical protein/DNA‑binding ATP‑dependent protease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,642,319 | 0 | G | C | 5.5% | 601.6 / 18.5 | 180 | intergenic (‑105/+47) | PP_1442/lon‑I | hypothetical protein/DNA‑binding ATP‑dependent protease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (86/84); new base C (5/5); total (91/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
AAGCAGGGCGAAGCTCAGGGGAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCTGCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCGGCAGTTCTTCGAAGTCGCCGCGGTTGGGC > NC_002947/1642170‑1642468 | caGCAGGGCGAAGCTCAGGGGAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCTGCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAg < 2:3818041/149‑1 (MQ=255)aaGCAGGGCGAAGCTCAGGGGAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCTGCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAg < 1:2121871/150‑1 (MQ=255) gCAGGGCGAAGCTCAGGGGAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCTGCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCg > 2:115452/1‑150 (MQ=255) 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ggTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCGGCAGTTCTTCGAAGTCGCCGCGGtt < 1:1810115/150‑1 (MQ=255) | AAGCAGGGCGAAGCTCAGGGGAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCTGCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCGCGCCTGCAGGGGTAGCGTACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCGGCAGTTCTTCGAAGTCGCCGCGGTTGGGC > NC_002947/1642170‑1642468 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |