| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,645,931 | T→A | 7.7% | S490C (AGC→TGC) ‡ | gcd ← | quinoprotein glucose dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,645,931 | 0 | T | A | 7.7% | 413.2 / 15.1 | 128 | S490C (AGC→TGC) ‡ | gcd | quinoprotein glucose dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (62/56); new base A (5/5); total (67/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
TGCGCCTTGTGGGGTGGGGATCTCGCGGATCGGCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGTCGGCGCCCCACTGGTCCGGGGTCTGGTTGC > NC_002947/1645782‑1646080 | tGCGCCTTGTGGGGTGGGGATCTCGCGGATCGGCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCggctggct > 1:701528/1‑150 (MQ=255)tGCGCCTTGTGGGGTGGGGATCTCGCGGATCGGCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCggctggct < 1:2397125/150‑1 (MQ=255)tGCGCCTTGTGGGGTGGGGATCTCGCGGATCGGCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTGTTCAGGTGTACCAGGGTCggctggct > 2:2551932/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) gatCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGGACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTa < 2:1397495/150‑1 (MQ=255) ccGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTtct > 2:4824608/1‑150 (MQ=255) ccGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTtct > 2:49736/1‑150 (MQ=255) ccGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTtct > 2:49746/1‑150 (MQ=255) ttCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGgcg > 2:2962425/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |