| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 1,649,004 | 0 | T | A | 5.9% | 411.9 / 11.8 | 136 | intergenic (‑241/+55) | oprB‑II/PP_1446 | carbohydrate‑selective porin/TonB‑dependent receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (58/68); new base A (4/4); total (64/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
AAGCGTTTCAGCTTGCGGCGGGGAGGATATAGGGGAAGTTATAAGAAAAAAGACAAATTGTCGCAGAGGATTGTTGTTGAACGGGCAACAGTCGTCATTAATCGAGGCAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTGGTCGG > NC_002947/1648855‑1649153 | aaGCGTTTCAGCTTGCGGCGGGGAGGATATAGGGGAAGTTATAAGAAAAAAGACAAATTGTCGCAGAGGATTGTTGTTGAACGGGCAACAGTCGTCATTAATCGAGGCAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCt > 1:2576431/1‑150 (MQ=255) gTTTCAGCTTGCGGCGGGGAGGATATAGGGGAAGTTATAAGAAAAAAGACAAATTGTCGCAGAGGATTGTTGTTGAACGGGCAACAGTCGTCATTAATCGAGGCAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCa < 2:5227406/150‑1 (MQ=255) tttCAGCTTGCGGCGGGGAGGATATAGGGGAAGTTATAAGAAAAAAGACAAATTGTCGCAGAGGATTGTTGTTGAACGGGCAACAGTCGTCATTAATCGAGGCAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCAt > 1:3615835/1‑150 (MQ=255) 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ccGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTgg > 2:2143458/1‑150 (MQ=255) ccGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTgg < 1:712832/150‑1 (MQ=255) ccGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTgg > 1:1787322/1‑150 (MQ=255) ccGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTgg > 1:1194303/1‑150 (MQ=255) gAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATa < 1:1078209/150‑1 (MQ=255) 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AAGCGTTTCAGCTTGCGGCGGGGAGGATATAGGGGAAGTTATAAGAAAAAAGACAAATTGTCGCAGAGGATTGTTGTTGAACGGGCAACAGTCGTCATTAATCGAGGCAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTGGTCGG > NC_002947/1648855‑1649153 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |