| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,671,211 | C→G | 5.0% | V574L (GTC→CTC) | PP_1467 ← | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,671,211 | 0 | C | G | 5.0% | 603.1 / 15.4 | 179 | V574L (GTC→CTC) | PP_1467 | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (87/83); new base G (4/5); total (91/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 184 total aligned reads displayed.
TTCAGCTTCGTCGCCATCGACGAGGACAAGCGCCCGGTGCCCGTGCTGCCAGGCGCCTGAGTATCACGGCTCCGGTGCAGGCTCGATCAAGGCCACCAGGGTCCAGCCCGGCTGCGGCTGCAACGGGTTATCAGGGCTGGCTACATGGACCCAGCCCTGGCCATCGCGGGCGAACAGCAAGTGTGCCCGCTCGCCATGCAGTGCCTGGTAGGCATCCCAGCCAAAGCCTTCGGTCAGGTTGGTGCTATACAGCTCGGCGCCTTGATGCAGACGGTTGGCCAGTTGCAGATAGGTCATC > NC_002947/1671062‑1671359 | ttCAGCTTCGTCGCCATCGACGAGGACAAGCGCCCGGTGCCCGTGCTGCCAGGCGCCTGAGTATCACGGCTCCGGTGCAGGCTCGATCAAGGCCACCAGGGTCCAGCCCGGCTGCGGCTGCAACGGGTTATCAGGGCTGTCTACATGGAc > 2:4456874/1‑150 (MQ=255)ttCAGCTTCGTCGCCATCGACGAGGACAAGCGCCCGGTGCCCGTGCTGCCAGGCGCCTGAGTATCACGGCTCCGGTGCAGGCTCGATCAAGGCCACCAGGGTCCAGCCCGGCTGCGGCTGCAACGGGTTATCAGGGCTGGCTACATGGAc > 2:453651/1‑150 (MQ=255)ttCAGCTTCGTCGCCATCGACGAGGACAAGCGCCCGGTGCCCGTGCTGCCAGGCGCCTGAGTATCACGGCTCCGGTGCAGGCTCGATCAAGGCCACCAGGGTCCAGCCCGGCTGCGGCTGCAACGGGTTATCAGGGCTGGCTACATGGAc > 2:4814873/1‑150 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TTCAGCTTCGTCGCCATCGACGAGGACAAGCGCCCGGTGCCCGTGCTGCCAGGCGCCTGAGTATCACGGCTCCGGTGCAGGCTCGATCAAGGCCACCAGGGTCCAGCCCGGCTGCGGCTGCAACGGGTTATCAGGGCTGGCTACATGGACCCAGCCCTGGCCATCGCGGGCGAACAGCAAGTGTGCCCGCTCGCCATGCAGTGCCTGGTAGGCATCCCAGCCAAAGCCTTCGGTCAGGTTGGTGCTATACAGCTCGGCGCCTTGATGCAGACGGTTGGCCAGTTGCAGATAGGTCATC > NC_002947/1671062‑1671359 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |