Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,788,673 | T→A | 5.4% | V35E (GTG→GAG) ‡ | uppS → | (2E,6E)‑farnesyl‑diphosphate specific ditrans,polycis‑undecaprenyl‑diphosphate synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,788,673 | 0 | T | A | 5.4% | 560.9 / 14.6 | 167 | V35E (GTG→GAG) ‡ | uppS | (2E,6E)‑farnesyl‑diphosphate specific ditrans,polycis‑undecaprenyl‑diphosphate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (82/76); new base A (2/7); total (84/83) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.89e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 |
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
CCAAGGAAAAGGACCTGATGGCCGTCTAAGGCCGGGGTTTTTTAATGGAAAAGACCAAGCCAGCGGCGCCGTCCTCGGTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCTGTGCCAAGTCCGGGGTCGAGGTACTGACCCTGTTCGCCTTCTCCAGCGAGAACTGGCAGCGCCCTGCCGAAGAGGTCGGTGCGCTGATGGAGCT > NC_002947/1788526‑1788817 | ccAAGGAAAAGGACCTGATGGCCGTCTAAGGCCGGGGTTTTTTAATGGAAAAGACCAAGCCAGCGGCGCCGTCCTCGGTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTgg > 2:2972418/1‑150 (MQ=255) cAAGGAAAAGGACCTGATGGCCGTCTAAGGCCGGGGTTTTTTAATGGAAAAGACCAAGCCAGCGGCGCCGTCCTCGGTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGc > 2:1048020/1‑150 (MQ=255) aaGGAAAAGGACCTGATGGCCGTCTAAGGCCGGGGTTTTTTAATGGAAAAGACCAAGCCAGCGGCGCCGTCCTCGGTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAATCGCCTGCTGCCCGGCGTGGcc > 1:505786/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaCGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCTGTGCCAAGTCCGGGGTCGAGGTACTGACCCTGTTCGCCTTCTCCAGCGAGAACTGGCAGCGCCCTGCCGAAGAGGTCGGt < 1:3806536/150‑1 (MQ=255) aCGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCTGTGCCAAGTCCGGGGTCGAGGTACTGACCCTGTTCGCCTTCTCCAGCGAGAACTGGCAGCGCCCTGCCGAAGAGGTCGGTgc > 2:853694/1‑150 (MQ=255) aCGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCTGTGCCAAGTCCGGGGTCGAGGTACTGACCCTGTTCGCCTTCTCCAGCGAGAACTGGCAGCGCCCTGCCGAAGAGGTCGGTgc > 1:886953/1‑150 (MQ=255) gCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCTGTGCCAAGTCCGGGGTCGAGGTACTGACCCTGTTCGCCTTCTCCAGCGAGAACTGGCAGCGCCCTGCCGAAGAGGTCGGTgcgc < 2:1050736/150‑1 (MQ=255) tgctgcCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCTGTGCCAAGTCCGGGGTCGAGGTACTGACCCTGTTCGCCTTCTCCAGCGAGAACTGGCAGCGCCCTGCCGAAGAGGTCGGTGCGCTGa < 1:4582322/150‑1 (MQ=255) 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CCAAGGAAAAGGACCTGATGGCCGTCTAAGGCCGGGGTTTTTTAATGGAAAAGACCAAGCCAGCGGCGCCGTCCTCGGTGCCGCGTCATGTCGCGATCATCATGGATGGCAACAACCGCTGGGCGAAAAAACGCCTGCTGCCCGGCGTGGCCGGGCACAAGGCGGGTGTGGATGCCGTTCGCGCGGTCATCGAAGTCTGTGCCAAGTCCGGGGTCGAGGTACTGACCCTGTTCGCCTTCTCCAGCGAGAACTGGCAGCGCCCTGCCGAAGAGGTCGGTGCGCTGATGGAGCT > NC_002947/1788526‑1788817 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |