Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,811,485 | A→T | 9.2% | intergenic (+50/+78) | ispD → / ← PP_1615 | 2‑C‑methyl‑D‑erythritol 4‑phosphate cytidylyltransferase/LysR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,811,485 | 0 | A | T | 9.2% | 381.1 / 5.2 | 152 | intergenic (+50/+78) | ispD/PP_1615 | 2‑C‑methyl‑D‑erythritol 4‑phosphate cytidylyltransferase/LysR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (66/65); new base T (2/15); total (72/80) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.38e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
TCAGGCGCCGCGGCTGGTGGAAGGGCGCAGTGACAACATAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCG > NC_002947/1811336‑1811633 | tCAGGCGCCGCGGCTGGTGGAAGGGCGCAGTGACAACATAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGa < 2:3968383/150‑1 (MQ=255) tCAGGCGCCGCGGCTGGTGGAAGGGCGCAGTGACAACATAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGa < 1:662077/150‑1 (MQ=255) cAGGCGCCGCGGCTGGTGGAAGGGCGCAGTGACAACATAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGAt < 2:2464975/150‑1 (MQ=255) 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1:4651303/1‑105 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTc < 2:4651303/105‑1 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGt > 2:4589487/1‑150 (MQ=255) tAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATcc > 1:3920962/1‑150 (MQ=255) tAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATcc > 2:4332450/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATccacca > 2:1390985/1‑150 (MQ=255) 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gATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCg < 2:4050714/150‑1 (MQ=255) | TCAGGCGCCGCGGCTGGTGGAAGGGCGCAGTGACAACATAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCG > NC_002947/1811336‑1811633 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |