Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,819,833 | T→A | 5.7% | intergenic (+28/‑447) | rpoS → / → PP_1624 | RNA polymerase sigma S factor/group II intron‑encoding maturase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,819,833 | 0 | T | A | 5.7% | 768.1 / 24.2 | 228 | intergenic (+28/‑447) | rpoS/PP_1624 | RNA polymerase sigma S factor/group II intron‑encoding maturase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (104/110); new base A (9/4); total (113/115) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.53e-01 |
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
TTGGGCTGGAGATCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAGGGTG > NC_002947/1819687‑1819978 | ttGGGCTGGAGATCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGAt > 1:2811052/1‑150 (MQ=255) ggCTGGAGATCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGAtc‑t‑c > 1:1670438/1‑150 (MQ=255) gCTGGAGATCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGGGGAAGGGCTCCAGCGCTTGCGCGAGAGCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCCGCGAGTCCGTGTGCCAGTAGCTCGCGCGGTAACACAACACGCCCCGGTGAGC‑T‑Cg > 2:3954832/1‑150 (MQ=255) cTGGAGATCGGCCTTCCCCGTGAACGGGTGCGGAAAATCCAGGTGGACGGGCAAAAGCGCTTGCGCTAGATCCTTTAAAATATTGGTCTGTCCAGCGAGTCATTTTTCCAGTAGCTCGCGCTTTAAAAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑Cgg < 1:607505/150‑1 (MQ=255) cTGGAGATCGGCCTTACCCGTGAAGGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCACGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCTGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑Cgg < 2:247844/150‑1 (MQ=255) cTGGAGAGCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCTGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑Cgg < 2:3785907/150‑1 (MQ=255) gagaTCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCACGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGCGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGc < 1:2171391/150‑1 (MQ=255) tCGTCCTTACCCGTGAACGGGTGCGTCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGATATCATTGAAAAGATTGGTCTGTCCAGCGATTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCC‑GAGATCAC‑CGGGGCG‑ttt < 1:822258/150‑1 (MQ=255) ggCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑ttttt > 1:4560837/1‑150 (MQ=255) ggCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑ttttt < 1:5446281/150‑1 (MQ=255) gCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCTGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑ttttt < 1:4401432/149‑1 (MQ=255) gCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑ttttt > 2:4401432/1‑149 (MQ=255) gCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑ttgttg > 2:4821426/1‑150 (MQ=255) cTTACCGGTGAACGGGTGCGGCATATCCTGGTGGAAGTGCTGAAGCGCTTGCGCTAGATCCTTGAAAAGATTGGTCTGTCCTTCTTTTCATTGTTCCAGTAGCTAGCTCTTTAAAAAAACACGCCCC‑GAGATCAC‑CGGGGCG‑ttttttgt < 2:3720494/150‑4 (MQ=255) tACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTtgtgtg > 1:3259830/1‑150 (MQ=255) ccGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTgcgc > 1:1110886/1‑150 (MQ=255) ccGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTgcgc > 2:1900507/1‑150 (MQ=255) caCGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGc < 2:2542182/149‑1 (MQ=255) gggTGCGGCAAATCCCGGTGGAAGGGCTAAAGCGCTTGCGCGAGTTCCTTGAAAATAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTTTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATg < 1:189524/150‑1 (MQ=255) gTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGgc < 2:1177541/150‑1 (MQ=255) ggCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCATGCCTGgcgcac < 1:3984811/150‑3 (MQ=255) gCAAATCCTGTTGGAAGGGATCAGGGGCTTGCGCGATATCCTTGAAAATATTGGTCTGTCCAGCTAGTATTTTTTCCTGTAGCTAGCGCTTTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGtt < 1:3354302/150‑1 (MQ=255) gCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAATCGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGtt > 1:4791968/1‑150 (MQ=255) aaaTCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTgc < 2:3307684/150‑1 (MQ=255) aTCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTGGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTgcgc < 2:4225843/150‑1 (MQ=255) tCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGcgcg > 1:1791563/1‑150 (MQ=255) tCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGcgcg > 2:3207003/1‑150 (MQ=255) cAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTa < 2:5022731/150‑1 (MQ=255) 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cgctAGATCCTTTAAAAGAATGGTCTGGCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTgtggtg < 1:1460739/150‑1 (MQ=255) gcgAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCATTATCTAGGGCTGTAAAAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGtggtgg < 1:997827/150‑1 (MQ=255) gcgAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGtggtgg > 2:4108329/1‑150 (MQ=255) gcgAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGtggtgg > 1:4912453/1‑150 (MQ=255) tCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCTGTAGCTAGCGCTTTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGt < 2:4273365/150‑1 (MQ=255) ccTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTg < 1:3542936/150‑1 (MQ=255) ccTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTg < 2:4157626/150‑1 (MQ=255) ttGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTggg > 1:4508849/1‑150 (MQ=255) ttGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTggg > 1:1267473/1‑150 (MQ=255) gAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTg > 2:1484303/1‑150 (MQ=255) 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gAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGaaa > 2:2249932/1‑143 (MQ=255) gTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCACCCCGCGTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTac > 2:3112538/1‑150 (MQ=255) tCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGAGTTGGAGGTGAAAGTCCTCTaca > 1:658550/1‑150 (MQ=255) tCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAAAAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTaca < 1:2535452/150‑1 (MQ=255) aTTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTacaca > 1:2580868/1‑150 (MQ=255) 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tGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTa < 1:1197518/150‑1 (MQ=255) tAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAg < 2:2019378/110‑1 (MQ=255) acacaaaaaCGCCCC‑GAGATCAC‑CGGGGCGTTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCGTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGACGTGTTAGc > 1:3928348/5‑150 (MQ=11) acacaaaaaCGCCCC‑GAGATCAC‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTAAACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGcc > 1:81915/5‑150 (MQ=11) aCAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAgtgt < 1:3190103/144‑1 (MQ=255) 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aaaaaaCGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGa > 1:4040724/1‑150 (MQ=255) aaaaaCGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGGATGCGCAACCCGCGTGGGGGTGGTGGCCAACTGGGTGACTTGGAGGGGAAAGTCCTCTACACACCCGGCACGGGGAAGGGTTAGCCGGAg > 1:2303013/1‑150 (MQ=17) aaaaCGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTGGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCACGGGGACGTGGTAGCCGGAgg > 2:4637120/1‑150 (MQ=255) aaaCGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTgtgg < 2:2925906/81‑1 (MQ=255) aaaCGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTgtgg > 1:2925906/1‑81 (MQ=255) aaaCGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGc > 1:2864425/1‑150 (MQ=255) 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2:4096481/1‑150 (MQ=40) | TTGGGCTGGAGATCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAGGGTG > NC_002947/1819687‑1819978 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |