| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,899,320 | A→G | 7.0% | intergenic (+348/‑172) | PP_t18 → / → PP_1703 | tRNA‑Asp/assimilatory nitrate reductase/sulfite reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,899,320 | 0 | A | G | 7.0% | 547.9 / 21.2 | 188 | intergenic (+348/‑172) | PP_t18/PP_1703 | tRNA‑Asp/assimilatory nitrate reductase/sulfite reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (70/100); new base G (7/6); total (81/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
ATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGC‑TGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTCACGACAAAGGCGCCGTGTTGCCCCGCTTGCATCAGCATGCCGGGGCAGCCGGCGCCTTTTT > NC_002947/1899173‑1899468 | gggctgtcgacgttgacagcccgggatgaggtagatcagcaatgtatgggcccgctataccggccctttcgcgggcatGCCCGCTCCCCCAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGaaa > 2:5293311‑M1/79‑150 (MQ=255) aTTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCCCGCCCGCTCCCACAGGTACGGCGCCGCCCTCAGGCCGGGCGATATCCCGGTGGGAGCGGGCCTGCCCGCGaaa > 1:268441/1‑150 (MQ=39) aTTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGaaa > 2:1420178/1‑150 (MQ=255) 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aTGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGC‑TGGCCCATAAAtt > 2:1153493/1‑150 (MQ=255) tGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGC‑TGGCCCATAAATTg < 2:4867778/150‑1 (MQ=255) tggTTGCCACCGCATGGTGCTTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGTGCACGCCCGCTCCCAATGTTACTGCGCCGCCATAAGGCCTTGCGATCACCCTGTGTGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGC‑TGGCCCATAAATTGCt < 1:4275184/149‑1 (MQ=37) aGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGC‑TGGCCCATAAATTGCt < 1:1241712/150‑1 (MQ=255) aGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGC‑TGGCCCATAAATTGCt < 1:2212012/150‑1 (MQ=255) 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tCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGC‑TGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCGCACCACGTCACGACAAAGGCGCCGGGTTGCCCCGCGAGCATCAGCATGCCgggg > 1:3006402/1‑150 (MQ=255) tgtgggagcgggcATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGC‑TGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTCACGACAAAGGCGCCgt > 2:825508‑M2/14‑117 (MQ=255) tgtgggagcgggcATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGC‑TGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTCACGACAAAGGCGCCGTGTTGCCCCGCTTGCATCAGCATGCCGGGGCAGc > 2:3769583‑M2/14‑150 (MQ=255) gtgggagcgggcATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGC‑TGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGAcagcccggg > 1:3234837‑M2/13‑90 (MQ=255) tttcgcgggcATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGC‑TGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTCACGACAAAGGCGCCGTGTTGCCCCGCTTGCATCAGCATGCCGGGGCAGCCgg > 2:1336165‑M2/11‑150 (MQ=255) gggagcgggcATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGC‑TGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTCACGACAAAGGCGCCGTGTTGCCCCGCTTGCATCAGCATGCCGGGGCAGCCgg < 2:3970837‑M2/140‑1 (MQ=255) 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cGGGCAtgcccgcgaaagggcctgcacaggttacgcaccatgcggtggcaacctcatgctcccaggcgctttgctggggcaatttccagcatgagcactgccctcccatgtcccaggagatgccggtgatcgaggacgggtttgaggtgc > 2:3110885‑M2/1‑6 (MQ=255) | ATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGC‑TGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTCACGACAAAGGCGCCGTGTTGCCCCGCTTGCATCAGCATGCCGGGGCAGCCGGCGCCTTTTT > NC_002947/1899173‑1899468 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |