| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,942,418 | T→A | 6.4% | intergenic (+53/‑152) | betX → / → yjcH | choline/betaine/carnitine ABC transporter substrate‑binding protein BetX/inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,942,418 | 0 | T | A | 6.4% | 322.5 / 9.2 | 105 | intergenic (+53/‑152) | betX/yjcH | choline/betaine/carnitine ABC transporter substrate‑binding protein BetX/inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (61/34); new base A (2/5); total (63/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
TGCTGGCGATCCAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCTGTGCTGCTAGGACAAAAA > NC_002947/1942271‑1942567 | tGCTGGCGATCCAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGc > 1:4343161/1‑150 (MQ=255) cTGGCGATCCAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCgg < 1:4845479/150‑1 (MQ=255) tGGCGATCCAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCggg < 2:1996052/150‑1 (MQ=255) ggCGATCCAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGt < 1:3597121/150‑1 (MQ=255) ggCGATCCAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGt < 1:1375062/150‑1 (MQ=255) cGATCCAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCACCCGTAGGAGCGGGttt < 1:5184537/150‑1 (MQ=255) cGATCCAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCACCCGTAGGAGCGGGttt < 1:3249212/150‑1 (MQ=255) aTCCAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTAc < 1:1250311/150‑1 (MQ=255) aTCCAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTAc < 1:3198333/150‑1 (MQ=255) aTCCAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCACCCGTAGGAGCGGGTTTAc < 1:2640646/150‑1 (MQ=39) cAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCACCCGTAGGAGCGGGTTTACCcg > 2:3555151/1‑150 (MQ=39) cggccggggCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCcgc < 1:3897450/145‑1 (MQ=255) aGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCTCGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCACCCGTAGGAGCGGGTTTACCcgc < 1:3176239/150‑1 (MQ=38) aGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCcgc > 1:431255/1‑150 (MQ=255) aGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCcgc < 1:2025221/150‑1 (MQ=255) aGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCcgc > 1:4306402/1‑150 (MQ=255) aGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCcgc < 1:4187873/150‑1 (MQ=255) aGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCcgc > 1:3967360/1‑150 (MQ=255) gAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGa > 1:1361069/1‑150 (MQ=255) aaGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGaa < 2:1176322/150‑1 (MQ=255) gggCCACGCCTGATGCGGCCGCCATGGACGGGGTCGCCAAGCACCCTGTTGGTGTGACGGTGTGGACGGGCAAGTAAACGCCTTCCCGGGCCATTGTTGTTTCTTCGGGGGTAAA‑CCCGCGCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACgg < 1:3539918/150‑1 (MQ=255) gggCCAAGCCTTACGCGGCCGCCCTGGACGGGGTCGCAACGCACCCTGTTCGTGTGATGGTTTGGACTGGAAAGTAAACGCCTACCCGGGCAAATTTTTTTTCTCCGGGGGTAAC‑CCGGCTCCTAGGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACgg < 2:1968637/150‑1 (MQ=255) gCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGt > 1:1269381/1‑150 (MQ=255) cAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGtca > 2:1139133/1‑150 (MQ=255) aaGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGtcat > 1:2401938/1‑150 (MQ=255) gCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGtcatca > 1:4206588/1‑150 (MQ=255) cTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGAGAACGGGTCATCACt > 2:5362986/1‑150 (MQ=255) acggagggggTCGCCAAGCACCCTGATGGTGTGACGGAGTGGACTGGCAAGTAAACGCCTTCCCGGGCATATGTTGTTTCTTGGCGGTTAAA‑CCCGCTCCTCGGGGTGGGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCg < 2:2309433/143‑1 (MQ=255) acggACTGGTTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTTAAGGTGTGCACTGGCAATTAAACGCCTTCCAGGGCCATTGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGGGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCg < 2:4343161/148‑1 (MQ=38) agtGGGTCGCCACGCACCCTGTTGTTGTGATGGAGTGGACTGGCAAGTAAACGCCTCCCTGGGCAAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTAGGGTTGGGGTTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTaa < 2:1362650/148‑1 (MQ=255) aCTGGGTCGCCATGCACCCTGTTCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTaa < 2:5425994/150‑1 (MQ=255) tgtgTCGCCAAGCACCCTTAACTGGTGAAGGAGGGTACTGGCAAGTAAAAGCATTCCCGGCCAATTTTTGTTTCTTCGCGTTAAAA‑CCCGCTCCTACGTGTGCGGTTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTaaaa < 2:170156/147‑1 (MQ=255) ccAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGtt > 1:4583338/1‑150 (MQ=255) aaGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGc < 2:1774255/150‑1 (MQ=255) gCACCCTGCTCGGGTGACGGTGGGGAGGGGCAAGTAAACGCGTCCCTGGGCCATTGTTGTTTCTTGGGGGTTAAC‑CCGGCTCCTCCGGGTGGGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCAt < 1:5388681/150‑1 (MQ=255) cccTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATAACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTa > 2:617750/1‑150 (MQ=255) ccTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTaa > 1:4619193/1‑150 (MQ=255) ccTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTaa < 2:3267934/150‑1 (MQ=255) cGTGTGAAGGTGTGGACTGGCATGTAAACGCCTTCCAGGGCCATTTTTTTTTCTTCGGGGTTAAA‑CCCGCTCCTAGGGGTGGGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTaa < 1:4455627/150‑1 (MQ=255) gtgtgtTGGTGTGGAGTGCAAATTAAACGCGTGCCGGGGCCTTTTTTGTTTCTGGGGGGTTAAC‑CCCGCTCCTCGGGGTGGGGTTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAg < 1:297245/150‑1 (MQ=255) gAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGgtcg > 2:474792/1‑150 (MQ=255) aaGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGgtcgt > 2:5253549/1‑150 (MQ=255) gAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTg > 1:1509576/1‑150 (MQ=255) gTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGt > 1:3069645/1‑150 (MQ=255) gACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTgg > 2:2357432/1‑150 (MQ=255) gACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAAACGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTgg > 1:1952123/1‑150 (MQ=255) tGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCACTCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGt > 2:3291203/1‑150 (MQ=255) tGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGt > 1:4999652/1‑150 (MQ=255) gCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTcc > 1:1343505/1‑150 (MQ=255) gCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGGCATCACTTTGGTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTcc > 1:2312207/1‑150 (MQ=255) gCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑ACCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCAACACTTTGTTACGCAAAAGGTAAAAAACCGTTGCAACTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTcc > 1:259087/1‑150 (MQ=255) aaaGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGgca > 1:2834041/1‑150 (MQ=255) aaaGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACGTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGGCGTCTGGTTGGCGTCCATCGgca > 1:107631/1‑150 (MQ=255) aaGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGgcag > 2:2268811/1‑150 (MQ=255) cTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATa > 1:891906/1‑150 (MQ=255) cTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATa > 1:892004/1‑150 (MQ=255) cTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGGCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATa > 1:1866597/1‑150 (MQ=255) ttCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACAGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATaa > 2:3448797/1‑150 (MQ=255) cccggggCCTTTGTTGTTTCTTCGCGGTTAAC‑CCCGCTCCTCGGGGTGGGGTTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATaaa < 1:4657337/146‑1 (MQ=255) ggCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAg > 2:5323589/1‑150 (MQ=255) gCCATTGTTGTTTCTTCGGGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTTGCGGTTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAgg < 2:1052365/150‑1 (MQ=255) gCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAgg > 2:3176402/1‑150 (MQ=255) gCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCAAAAAGTAAgg > 1:585392/1‑150 (MQ=255) aaTGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGgtg > 2:679245/1‑150 (MQ=255) aaTGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGgtg > 2:3178103/1‑150 (MQ=255) ttgtggtTGCTTGGGGGGTAAC‑CCCGCGCCGCGGGGGGGGGGTTTCCCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGGTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGgtgt < 2:1378823/149‑1 (MQ=255) ggcgcgGGTAAC‑CCCGCGCCGCGGGGGGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATc < 2:612487/148‑1 (MQ=255) tcGGGGGTAAA‑CCCGCTCCTCGGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATcc < 2:35248/150‑1 (MQ=255) gcggggttAAC‑CCCGCTCCTCGGGGTGGGGTTTAACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATcc < 1:4192465/143‑1 (MQ=255) ccgttggTAAA‑CCCGCACCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATcc < 1:1019786/145‑1 (MQ=38) gggTAAA‑CCCGCACCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCACTCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTACATCCCGTa > 2:4135143/1‑150 (MQ=38) ggTAAACCCCGCTCCTACGGGGGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTa < 1:311625/150‑1 (MQ=255) ggTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTAt > 1:99167/1‑150 (MQ=255) gTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCg < 2:3643489/106‑1 (MQ=255) gTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCg > 1:3643489/1‑106 (MQ=255) tAAA‑CCCGCTCCTCCGGGTGCGGTTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCt < 1:321467/150‑1 (MQ=255) tAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCt > 2:4350421/1‑150 (MQ=255) tAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTGTGTTACGCACTCGGTAAAACACCGTTGCAGCTCAGACTAAGGTCGGCTGGTTGGCGTCCATCGGCCGCATAACGGACGGGTGTGGGTTCCATCCCggcgct > 2:4072492/1‑145 (MQ=255) aaa‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGtt > 2:3924980/1‑100 (MQ=255) aaa‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGtt < 1:3924980/100‑1 (MQ=255) a‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCtgtg > 2:3913763/1‑150 (MQ=255) a‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCtgtg > 2:3913907/1‑150 (MQ=255) a‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCtgtg > 2:437529/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCTGtgc > 2:2043981/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTCAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCTGtgct > 2:3723529/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCTGtgct > 1:1151911/1‑150 (MQ=255) gCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCTGtgctgc > 2:4112378/1‑150 (MQ=255) gCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCTGtgctgc > 2:5448532/1‑150 (MQ=255) gCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACGTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGGTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTGCCATCCCGTATCTGtgctgc > 2:4112362/1‑150 (MQ=255) cTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGgca < 1:536531/107‑1 (MQ=255) cTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGgca > 2:536531/1‑107 (MQ=255) cTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGTGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCTGTGCTGCTAgg > 1:3496708/1‑150 (MQ=255) cTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCTGTGCTGCTAgg < 2:5441952/150‑1 (MQ=255) tACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCTGTGCTGCTAGGa > 1:3296670/1‑150 (MQ=255) tACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCTGTGCTGCTAGGa > 1:3296810/1‑150 (MQ=255) cccGGTTGCGGTTTTACCCGCGAACGGGTCATCTCTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCTGTGCTGCTAGGa < 2:550811/148‑1 (MQ=255) aCGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGgtc > 2:3227136/1‑80 (MQ=255) aCGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGgtc < 1:3227136/80‑1 (MQ=255) gggTGCGGGTTTACCCGCGTACGGGTCATCAGTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCTGTGCTGCTAGGACaa > 2:63413/1‑150 (MQ=255) tGCGTGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCTGTGCTGCTAGGACaaaaa < 2:2401938/150‑1 (MQ=255) | TGCTGGCGATCCAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCTGTGCTGCTAGGACAAAAA > NC_002947/1942271‑1942567 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |