Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,953,449 | G→C | 6.4% | T45T (ACC→ACG) ‡ | mnmC ← | methyltransferase/FAD‑dependent oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 1,953,449 | 0 | G | C | 6.4% | 613.8 / 24.1 | 187 | T45T (ACC→ACG) ‡ | mnmC | methyltransferase/FAD‑dependent oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (84/90); new base C (3/9); total (87/100) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.43e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.14e-01 |
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
GCTGACGAAGTGCAGGCGCGCGTCGCTGTGTGCGTGCTGGTCGAACAGCTGCCAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAAACGCTCGGCCAGGCGGGTCTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCGATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGCCCTGGTCGTCCCAGTCGATCTGGGCGTGCTGGAGGAGGGTGGGCATGGTGGGCTCGGTT > NC_002947/1953302‑1953596 | gCTGACGAAGTGCAGGCGCGCGTCGCTGTGTGCGTGCTGGTCGAACAGCTGCCAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAAACGCTCGGCCAGGCGGGt > 1:2408600/1‑150 (MQ=255) gCTGACGAAGTGCAGGCGCGCGTCGCTGTGTGCGTGCTGGTCGAACAGCTGCCAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAAACGCTCGGCCAGGCGGGt > 2:582968/1‑150 (MQ=255) tGACGAAGTGCAGGCGCGCGTCGCTGTGTGCGTGCTGGTCGAACAGCTGCCAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAAACGCTCGGCCAGGCGGGTCt > 1:2902046/1‑150 (MQ=255) 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1:4407943/150‑1 (MQ=255) ggCCAGGCGGGTCTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCGATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGCCCTGGTCGTCCCAGTCGATCTGGGCGTGCTGGAGGAGGGTGGGCATGGTggg > 1:1165220/1‑150 (MQ=255) cAGGCGGTACTGGCCGAGGAACACGTGCTGGGTTTCTTCGATGCCTTCCTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGACGCGAATGGGGGAGGCCCTGTTCGTCCCAGTCGATCTGGGCGAGCTGGAGGAGGGTGGGCATGGTGGGATc > 2:1963359/1‑150 (MQ=255) cAGGCGGGTCTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCGATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGCCCTGgtcgt > 1:4750846/1‑104 (MQ=255) aGGCGGGTCTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCGATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGCCCTGGTCGTCCCAGTCGATCTGGGCGTGCTGGAGGAGGGTGGGCATGGTGGGCTCg > 1:321893/1‑150 (MQ=255) aGGCGGGTCTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCGATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGCCCTGGTCGTCCCAGTCGATCTGGGCGTGCTGGAGGAGGGTGGGCATGGTGGGCTCg > 1:4952532/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |