| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,967,284 | A→G | 5.2% | intergenic (+111/+8) | PP_1762 → / ← yciK | hypothetical protein/putative oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,967,284 | 0 | A | G | 5.2% | 424.2 / 5.8 | 133 | intergenic (+111/+8) | PP_1762/yciK | hypothetical protein/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (78/48); new base G (5/2); total (83/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
CGGCGTTGGCTGCGGGCTGATCGCTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGATCACCGCAACCCTCAAGGATTGCGCCCTGCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCGATGCAGGTTTATTGGGCGTTGAACGCCTGCCCGTTCACCCCTGTGCTGTCCGGCCCCATCAGGTACAGGTACACCGGCATGATCTCTTCGGGCAGCGGGTTGTTCTGCGGGTTCTCGCCGGGGTAGGCCTGGGCCCGCATCGCCGTGCG > NC_002947/1967154‑1967432 | cGTTGGCTGCGGGCTGATCGCTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGCATTCCCCCACCCCCAGGATGAACCCCACCCAAAAGGCTTTGGCCCGGCCCGGGGGGGCGGGCAAGCCCGCGGACAGGCCCGTGGCGGGGTATTGGGCGGTGac > 2:4577478/1‑149 (MQ=255) CCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGATCACCGCAACCCTCACGGCTGGCGCCCTGCCTGTGGGAGCGGGCACGCCCGCGAAGAGGCCGATGCAGGTTTATTGGGCGTTGAACGCCTGCCCGTTCACCCCTGTGCTGTCCGGcccc > 2:4243916‑M1/1‑150 (MQ=255) CCTCTTCGCGGGCTGGCCCGCTCCCACAGGAACCCCGCAACCCACAAGGATTGCGCCCGGCCTGTGGGTGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCGATGCAGGTTTATTGGGCGTTGAACGCCTGCCCGTTCACCCCTGTGCTGTCCGGcccc > 2:4243972‑M1/1‑150 (MQ=255) tgCGCGGGCGGGCCCGCCCCCACCGGATCACCGCACCCCACACGGATGGCGCCCTGCCTGGGGGCGCGGGCACGCCCGCGAAGAGGCCGATGCAGGTTTATTGGGCGTTGAACGCCTGCCCGTTCACCCCTGTGCTGTCCGGCCCCATca 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |