| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,996,054 | 0 | C | G | 5.4% | 559.1 / 15.9 | 167 | intergenic (‑257/+28) | PP_mr26/rfbC | C4 ncRNA/dTDP‑4‑dehydrorhamnose 3,5‑epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (79/79); new base G (6/3); total (85/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
GCGCAGGGGTATCTTTGGGAAATGGCCTACAAGGAAGGGGCAAATTCTGATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCGGCGTCAGCCAATGCGACCCCAAGCTGGTCCTTGCCAGACAAGCTTGGTACGGAGTCGATGGGCCATTCGATACCCACTGCCGGATCATTCCAGGCAATGCAGCG > NC_002947/1995905‑1996201 | gcgcAGGGGTATCTTTGGGAAATGGCCTACAAGGAAGGGGCAAATTCTGATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTgcgc < 2:2725165/150‑1 (MQ=255) gcAGGGGTATCTTTGGGAAATGGCCTACAAGGAAGGGGCAAATTCTGATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTCTGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTa > 2:1443967/1‑150 (MQ=255) cAGGGGTATCTTTGGGAAATGGCCTACAAGGAAGGGGCAAATTCTGATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTAc > 2:4901708/1‑150 (MQ=255) 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2:885948/1‑150 (MQ=255) agaCAAGGCTGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCGGCGTCAGCCAATGCGACCCCAAGCTGGTCCTTGCCAGACAAGCTTGGTACGGAGTCGATGGGCCATTCGATACCCACTGCCGGATCATTCCAg < 1:3772968/150‑1 (MQ=255) gaCAAGGCTGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCGGCGTCAGCCAATGCGACCCCAAGCTGGTCCTTGc < 2:3817763/90‑1 (MQ=255) gaCAAGGCTGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCGGCGTCAGCCAATGCGACCCCAAGCTGGTCCTTGCCAGACAAGCTTGGTACGGAGTCGATGGGCCATTCGATACCCACTGCCGGATCATTCCAgg < 2:4760965/150‑1 (MQ=255) gggCTGCGGTAGCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCGGCGTCAGCCAATGCGACCCCAAGCTGGTCCTTGCCAGACAAGCTTGGTACGGAGTCGATGGGCCATTCGATACCCACTGCCGGATCATTCCAGGCAAt > 1:1112540/2‑150 (MQ=255) ggCTGCGGTAGCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCGGCGTCAGCCAATGCGACCCCAAGCTGGTCCTTGCCAGACAAGCTTGGTACGGAGTCGATGGGCCATTCGATACCCACTGCCGGATCATTCCAGGCAATg > 2:906031/1‑150 (MQ=255) gCTGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCGGCGTCGGCCAATGCGACCCCAAGCTGGTCCTTGCCAGACAAGCTTGGTACGGAGTCGATGGGCCATTCGATACCCACTGCCGGATCATTCCAGGCAATGc > 1:5154627/1‑150 (MQ=255) gCTGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCGGCGTCAGCCAATGCGACCCCAAGCTGGTCCTTGCCAGACAAGCTTGGTACGGAGTCGATGGGCCATTCGATACCCACTGCCGGATCATTCCAGGCAATGc > 2:517131/1‑150 (MQ=255) cTGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCGGCGTCAGCCAATGCGACCCCAAGCTGGTCCTTGCCAGACAAGCTTGGTACGGAGTCGATGGGCCATTCGATACCCACTGCCGGATCATTCCAGGCAATGCa < 2:4671106/150‑1 (MQ=255) gcgcTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCGGCGTCAGCCAATGCGACCCCAAGCTGGTCCTTGCCAGACAAGCTTGGTACGGAGTCGATGGGCCATTCGATACCCACTGCCGGATCATTCCAGGCAATGCAgc < 1:4760444/150‑1 (MQ=255) cgcTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCGGCGTCAGCCAATGCGACCCCAAGCTGGTCCTTGCCAGACAAGCTTGGTACGGAGTCGATGGGCCATTCGATACCCACTGCCGGATCATTCCAGGCAATGCAgcg > 2:565104/1‑150 (MQ=255) gcTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCGGCGTCAGCCAATGCGACCCCAAGCTGGTCCTTGCCAGACAAGCTTGGTACGGAGTCGATGGGCCATTCGATa < 1:5382422/117‑1 (MQ=255) | GCGCAGGGGTATCTTTGGGAAATGGCCTACAAGGAAGGGGCAAATTCTGATTATTTGCCAGGCCATGCAGCGGTTGCTTCTTAGTGGCGTGTGAAAAACGCCACTATCGGCAAGACCCGGTATGGCATGTGTTCAGAGACAAGGCTGCGCTACCGCAGCCCTTCTCCGCTAAAACCGTTAGTCGAACAGTTCGGCGTCAGCCAATGCGACCCCAAGCTGGTCCTTGCCAGACAAGCTTGGTACGGAGTCGATGGGCCATTCGATACCCACTGCCGGATCATTCCAGGCAATGCAGCG > NC_002947/1995905‑1996201 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |