| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,004,613 | 0 | G | A | 5.8% | 479.2 / 12.8 | 154 | intergenic (+60/+90) | PP_1787/PP_1788 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (69/76); new base A (4/5); total (73/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
TTGCGCCCGTATTTTCAAGGTTTCAAAGTTCGCGGTCGAAATTTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATGGTGCCATCTTTTTT > NC_002947/2004465‑2004762 | ttGCGCCCGTATTTTCAAGGTTTCAAAGTTCGCGGTCGAAATTTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGa < 2:4832728/150‑1 (MQ=255) tGCGCCCGTATTTTCAAGGTTTCAAAGTTCGCGGTCGAAATTTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAAAt < 1:5253524/150‑1 (MQ=255) cgcCCGTATTTTCAAGGTTTCAAAGTTCGCGGTCGAAATTTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGAttt < 1:3135503/150‑1 (MQ=255) 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aaTAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATg < 1:3109614/150‑1 (MQ=255) tAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATGGt < 2:4235307/150‑1 (MQ=255) tAGCTTATTGCAAATCTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATGGt > 1:565401/1‑150 (MQ=255) ttATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTa > 1:3577863/1‑101 (MQ=255) ttATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATGGTGCCa > 2:1967289/1‑150 (MQ=255) ttATTGCAAATCTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGc > 1:3455427/1‑77 (MQ=255) tATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATGGTGCCAt > 1:4364458/1‑150 (MQ=255) ttGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGAt < 2:1707139/89‑1 (MQ=255) ttGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATGGTGCCATCt > 2:3203779/1‑150 (MQ=255) gCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATGGTGCCATCttt < 1:1187738/150‑1 (MQ=255) cAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGAt < 1:1342760/86‑1 (MQ=255) cAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGAt > 2:1342760/1‑86 (MQ=255) cAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATGGTGCCATCtttt > 2:1474358/1‑150 (MQ=255) aGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATGGTGCCATCttttt < 2:2142964/150‑1 (MQ=255) aGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATGGTGCCATCttttt < 2:4568635/150‑1 (MQ=255) gATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGTTGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATGGTGCCATCtttttt < 1:5041798/150‑1 (MQ=255) | TTGCGCCCGTATTTTCAAGGTTTCAAAGTTCGCGGTCGAAATTTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATGGTGCCATCTTTTTT > NC_002947/2004465‑2004762 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |