| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,021,530 | G→C | 6.2% | intergenic (+24/‑415) | PP_1798 → / → gmd | outer membrane efflux protein/GDP‑mannose 4,6‑dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,021,530 | 0 | G | C | 6.2% | 532.1 / 19.1 | 160 | intergenic (+24/‑415) | PP_1798/gmd | outer membrane efflux protein/GDP‑mannose 4,6‑dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (84/66); new base C (5/5); total (89/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.48e-01 | |||||||||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
CTGCTCAACCGTTGGGCGGGTGAGTTGAATCAGGAAAGTGTGGATAACGTCAATGTCTGGTTGAGCCCGGTGCCTGAGACCAGCCTGCCCGGTGGCGAGGTTGCTCGCCTGGGCGCCAGTCGCTGAAAGCGAGGGGGTCTGCGCTTCAGGGGCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCATTGCGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCGGTGGCTGCTAT > NC_002947/2021381‑2021679 | cTGCTCAACCGTTGGGCGGGTGAGTTGAATCAGGAAAGTGTGGATAACGTCAATGTCTGGTTGAGCCCGGTGCCTGAGACCAGCCTGCCCGGTGGCGAGGTTGCTCGCCTGGGCGCCAGTCGCTGAAAGCGAGGGGGTCTGCGCTTCAgg > 2:1009416/1‑150 (MQ=255)cTGCTCAACCGTTGGGCGGGTGAGTTGAATCAGGAAAGTGTGGATAACGTCAATGTCTGGTTGAGCCCGGTGCCTGAGACCAGCCTGCCCGGTGGCGAGGTTGCTCGCCTGGGCGCCAGTCGCTGAAAGCGAGGGGGTCTGCGCTTCAgg > 2:4862441/1‑150 (MQ=255)cTGCTCAACCGTTGGGCGGGTGAGTTGAATCAGGAAAGTGTGGATAACGTCAATGTCTGGTTGAGCCCGGTGCCTGAGACCAGCCTGCCCGGTGGCGAGGTTGCTCGCCTGGGCGCCAGTCGCTGAAAGCGAGGGGGTCTGCGCTTCAgg < 1:2034742/150‑1 (MQ=255)cTGCTCAACCGTTGGGCGGGTGAGTTGAATCAGGAAAGTGTGGATAACGTCAATGTCTGGTTGAGCCCGGTGCCTGAGACCAGCCTGCCCGGTGGCGAGGTTGCTCGCCTGGGCGCCAGTCGCTGAAAGCGAGGGGGTCTGCGCTTCAgg < 2:3968184/150‑1 (MQ=255) tGCTCAACCGTTGGGCGGGTGAGTTGAATCAGGAAAGTGTGGATAACGTCAATGTCTGGTTGAGCCCGGTGCCTGAGACCAGCCTGCCCGGTGGCGAGGTTGCTCGCCTGGGCGCCAGTCGCTGAAAGCGAGGGGGTCTGCGCTTCAggg > 2:2665181/1‑150 (MQ=255) cTCAACCGTTGGGCGGGTGAGTTGAATCAGGAAAGTGTGGATAACGTCAATGTCTGGTTGAGCCCGGTGCCTGAGACCAGCCTGCCCGGTGGCGAGGTTGCTCGCCTGGGCGCCAGTCGCTGAAAGCGAGGGGGTCTGCGCTTCAGGGGc > 1:3647707/1‑150 (MQ=255) tCAACCGTTGGGCGGGTGAGTTGAATCAGGAAAGTGTGGATAACGTCAATGTCTGGTTGAGCCCGGTGCCTGAGACCAGCCTGCCCGGTGGCGAGGTTGCTCGCCTGGGCGCCAGTCGCTGAAAGCGAGGGGGTCTGCGCTTCAGGGGCt < 2:5412108/150‑1 (MQ=255) tCAACCGTTGGGCGGGTGAGTTGAATCAGGAAAGTGTGGATAACGTCAATGTCTGGTTGAGCCCGGTGCCTGAGACCAGCCTGCCCGGTGGCGAGGTTGCTCGCCTGGGCGCCAGTCGCTGAAAGCGAGGGGGTCTGCGCTTCAGGGGCt > 1:778574/1‑150 (MQ=255) 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ggATAACGTCAATGTCTGGTTGAGCCCGGTGCCTGAGACCAGCCTGCCCGGTGGCGTGGTTGCTCGCCTGGGCGCCAGTCGCTGAAAGCGAGGGGGTCTGCGCTTCAGGGGCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCaa < 1:2866251/150‑1 (MQ=255) ggATAACGTCAATGTCTGGTTGAGCCCGGTGCCTGAGACCAGCCTGCCCGGTGGCGAGGTTGCTCGCCTGGGCGCCAGTCGCTGAAAGCGAGGGGGTCTGCGCTTCAGGGGCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCaa < 2:2940915/150‑1 (MQ=255) gATAACGTCAATGTCTGGTTGAGCCCGGTGCCTGAGACCAGCCTGCCCGGTGGCGAGGTTGCTCGCCTGGGCGCCAGTCGCTGAAAGCGAGGGGGTCTGCGCTTCAGGGGCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAAt > 2:803148/1‑150 (MQ=255) gATAACGTCAATGTCTGGTTGAGCCCGGTGCCTGAGACCAGCCTGCCCGGTGGCGAGGTTGCTCGCCTGGGCGCCAGTCGCTGAAAGCGAGGGGGTCTGCGCTTCAGGGGCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAAt > 2:3579747/1‑150 (MQ=255) aaaCGTCAATGTCAGGTTGAGCCCGCTGCCTGAGACCAGCCTGCCCGGTGGCGAGGTTGCTCGCCTGGGCGCCAGTCGCTGAAAGCGAGGGGGTCTGCGCTTCAGGGGCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAAttt < 2:3511162/149‑1 (MQ=255) 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ccTGAGACCAGCCTGCCCGGTGGCGAGGTTGCTCGCCTGGGCGCCAGTCGCTGAAAGCGAGGGGGTCTGCGCTTCAGGGGCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTcc > 2:4990737/1‑150 (MQ=255) tGAGACCAGCCTGCCCGGTGGCGAGGTTGCTCGCCTGGGCGCCAGTCGCTGAAAGCGAGGGGGTCTGCGCTTCAGGGGCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCa > 1:4771506/1‑150 (MQ=255) tGAGACCAGCCTGCCCGGTGGCGAGGTTGCTCGCCTGGGCGCCAGTCGCTGAAAGCGAGGGGGTCTGCGCTTCAGGGGCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCa > 2:1340689/1‑150 (MQ=255) tGAGACCAGCCTGCCCGGTGGCGAGGTTGCTCGCCTGGGCGCCAGTCGCTGAAAGCGAGGGGGTCTGCGCTTCAGGGGCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCa > 1:2831851/1‑150 (MQ=255) tGAGACCAGCCTGCCCGGTGGCGAGGTTGCTCGCCTGGGCGCCAGTCGCTGAAAGCGAGGGGGTCTGCGCTTCAGGGGCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCa > 1:1171204/1‑150 (MQ=255) 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cTGCGCTTCAGGGGCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCATTGCGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCg < 2:2535279/150‑1 (MQ=255) tGCGCTTCAGGGGCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCATTGCGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCgg > 1:1472991/1‑150 (MQ=255) tGCGCTTCAGGGGCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCATTGCGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCgg > 1:3373599/1‑150 (MQ=255) tGCGCTTCAGCCCCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTg > 1:2988228/1‑79 (MQ=38) tGCGCTTCAGCCCCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCATTGCGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCgg > 2:2711486/1‑150 (MQ=255) tGCGCTTCAGCCCCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCATTGCGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCgg > 1:1445320/1‑150 (MQ=255) 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aGGGGCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCATTGCGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCGGTGgctgct > 2:2612890/1‑150 (MQ=255) ggggCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCATTGCGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCGTAGCGCAGGCCGACCCGGGCGGTGGCTGCTa > 1:376632/1‑150 (MQ=255) gggCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCATTGCGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCGGTGGCTGCTAt > 2:1490900/1‑150 (MQ=255) | CTGCTCAACCGTTGGGCGGGTGAGTTGAATCAGGAAAGTGTGGATAACGTCAATGTCTGGTTGAGCCCGGTGCCTGAGACCAGCCTGCCCGGTGGCGAGGTTGCTCGCCTGGGCGCCAGTCGCTGAAAGCGAGGGGGTCTGCGCTTCAGGGGCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCATTGCGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCGGTGGCTGCTAT > NC_002947/2021381‑2021679 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |