| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,021,531 | G→C | 6.2% | intergenic (+25/‑414) | PP_1798 → / → gmd | outer membrane efflux protein/GDP‑mannose 4,6‑dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,021,531 | 0 | G | C | 6.2% | 528.8 / 19.1 | 160 | intergenic (+25/‑414) | PP_1798/gmd | outer membrane efflux protein/GDP‑mannose 4,6‑dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (84/66); new base C (5/5); total (89/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.48e-01 | |||||||||||
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
TGCTCAACCGTTGGGCGGGTGAGTTGAATCAGGAAAGTGTGGATAACGTCAATGTCTGGTTGAGCCCGGTGCCTGAGACCAGCCTGCCCGGTGGCGAGGTTGCTCGCCTGGGCGCCAGTCGCTGAAAGCGAGGGGGTCTGCGCTTCAGGGGCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCATTGCGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCGGTGGCTGCTATG > NC_002947/2021382‑2021680 | tGCTCAACCGTTGGGCGGGTGAGTTGAATCAGGAAAGTGTGGATAACGTCAATGTCTGGTTGAGCCCGGTGCCTGAGACCAGCCTGCCCGGTGGCGAGGTTGCTCGCCTGGGCGCCAGTCGCTGAAAGCGAGGGGGTCTGCGCTTCAggg < 1:2992822/150‑1 (MQ=255) gCTCAACCGTTGGGCGGGTGAGTTGAATCAGGAAAGTGTGGATAACGTCAATGTCTGGTTGAGCCCGGTGCCTGAGACCAGCCTGCCCGGTGGCGAGGTTGCTCGCCTGGGCGCCAGTCGCTGAAAGCGAGGGGGTCTGCGCTTCAgggg > 1:2954004/1‑150 (MQ=255) cTCAACCGTTGGGCGGGTGAGTTGAATCAGGAAAGTGTGGATAACGTCAATGTCTGGTTGAGCCCGGTGCCTGAGACCAGCCTGCCCGGTGGCGAGGTTGCTCGCCTGGGCGCCAGTCGCTGAAAGCGAGGGGGTCTGCGCTTCAGGGGc > 1:3647707/1‑150 (MQ=255) 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aaGCGAGGGGGTCTGCGCTTCAGGGGCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCATTGCGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAgg < 1:967366/150‑1 (MQ=255) cTGCGCTTCAGGGGCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCATTGCGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCg < 2:2535279/150‑1 (MQ=255) tGCGCTTCAGGGGCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCATTGCGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCgg > 1:3373599/1‑150 (MQ=255) tGCGCTTCAGGGGCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCATTGCGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCgg > 1:1472991/1‑150 (MQ=255) tGCGCTTCAGGGGCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCATTGCGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCgg > 1:3373489/1‑150 (MQ=255) tGCGCTTCAGCCCCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTGCTGTTCCCATTGCGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGttt < 2:4255552/114‑1 (MQ=255) tGCGCTTCAGCCCCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTg < 2:2988228/79‑1 (MQ=38) tGCGCTTCAGCCCCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCATTGCGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCgg > 1:1445320/1‑150 (MQ=255) gcgcTTCAGGGGCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCATTGCGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCGGt < 1:1767840/150‑1 (MQ=255) cgcTTCAGGGGCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCATTGCGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCGGTg < 1:3988205/150‑1 (MQ=255) cgcTTCAGGGGCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCATTGCGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCGGTg < 1:4862441/150‑1 (MQ=255) gcTTCAGGGGCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCATTGCGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCGGTgg > 2:1101853/1‑150 (MQ=255) ttCAGGGGCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCATTGCGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCGGTGgct > 1:2677311/1‑150 (MQ=255) cAGGGGCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCATTGCGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCGGTGgctgc < 2:3616868/150‑1 (MQ=255) aGGGGCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCATTGCGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCGGTGgctgct > 2:2612890/1‑150 (MQ=255) ggggCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCATTGCGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCGTAGCGCAGGCCGACCCGGGCGGTGGCTGCTa > 1:376632/1‑150 (MQ=255) gggCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCATTGCGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCGGTGGCTGCTAt > 2:1490900/1‑150 (MQ=255) ggCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCATTGCGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCGGTGGCTGCTATg < 2:1995024/150‑1 (MQ=255) | TGCTCAACCGTTGGGCGGGTGAGTTGAATCAGGAAAGTGTGGATAACGTCAATGTCTGGTTGAGCCCGGTGCCTGAGACCAGCCTGCCCGGTGGCGAGGTTGCTCGCCTGGGCGCCAGTCGCTGAAAGCGAGGGGGTCTGCGCTTCAGGGGCTGAAGCGCAGCGCCAACCAGTGAAGCGCACAGTATCAATTTAGCCCCGGTCCCTTTTGCGTCCTGTTCCCATTGCGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCGGTGGCTGCTATG > NC_002947/2021382‑2021680 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |