Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,065,184 | G→A | 15.5% | intergenic (+76/‑131) | PP_1838 → / → PP_1839 | membrane protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,065,184 | 0 | G | A | 15.5% | 233.0 / 31.1 | 99 | intergenic (+76/‑131) | PP_1838/PP_1839 | membrane protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/36); new base A (6/9); total (53/46) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.12e-01 |
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
AGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTT‑CCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGGGAAGT > NC_002947/2065036‑2065331 | aGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAgg < 2:4031745/150‑1 (MQ=255) aGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAgg < 1:3258848/150‑1 (MQ=255) gTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCAATCGCGGGCTTGCCCGCGCCCCCCGGCAATGCCCAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGtgc > 2:1053812/1‑148 (MQ=255) atCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCGCACAGGACCTGCACAAGGTCCGAACCCTGTGCAATGCCtgtg < 2:4695404/150‑1 (MQ=21) atCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCGCACAGGACCTGCACAAGGTCCGAACCCTGTGCAATGCCtgtg < 2:1735466/150‑1 (MQ=21) atCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCtgtg < 1:3062543/150‑1 (MQ=255) atCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAAGGTCCGAACCCTGTGCAATGCCtgtg < 2:3513027/150‑1 (MQ=37) tCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCGTTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCtgtgg > 2:4516830/1‑149 (MQ=255) ccAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGc > 2:3446003/1‑149 (MQ=255) ccAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGc < 1:3446003/149‑1 (MQ=255) cAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCGCACAGGACCTGCACAAGGTCCGAACCCTGTGCAATGCCtgtgg < 1:1209699/148‑2 (MQ=18) cAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCGCACAGGACCTGCACAAGGTCCGAACCCTGTGCAATGCCtgtgg > 2:1209699/1‑147 (MQ=18) ggACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGGGTGCCCGCGCCCCCAGGCAGTGGGCACGGTTCGGGCCATTTGCAGGGCCGGGGCggg > 1:1247884/2‑148 (MQ=255) aGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGGGTGGCCGCGCCCCCAGGCCATGGACAGGGTTGGGGCCGTGTGCCGGGCCGGGGCgcg > 1:3458291/1‑148 (MQ=255) gACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCGCACAGGACCTGCACAAGGTCCGAACCCTGTGCAATGCCTGTGGGAGc < 1:3469921/150‑1 (MQ=18) gACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGCGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCGCACAGGACCTGCACAAGGTCCGAACCCTGTGCAATGCCTGTGGGAGc < 2:4729617/150‑1 (MQ=18) ccGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCGCACAGGACCTGCACAAGGTCCGAACCCTGTGCAATGCCTGTGGGAGCgg < 2:4478153/150‑1 (MQ=18) ccGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCGCACAGGACCTGCACAAGGTCCGAACCCTGTGCAATGCCTGTGGGAGCgg < 2:3794759/150‑1 (MQ=18) 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1:2784536/148‑1 (MQ=255) tgCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTT‑CCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGGGaa < 2:4505081/150‑1 (MQ=255) tgCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTT‑CCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGGGaa < 2:4444158/150‑1 (MQ=255) cAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGACTGGGCCCCGCACAATTTT‑CCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGGGAAGt > 2:133156/1‑150 (MQ=255) cAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTT‑CCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGGGGGAAGt > 2:5389758/1‑150 (MQ=255) | AGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTT‑CCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGGGAAGT > NC_002947/2065036‑2065331 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |