Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,065,193 | C→G | 12.4% | intergenic (+85/‑122) | PP_1838 → / → PP_1839 | membrane protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,065,193 | 0 | C | G | 12.4% | 254.6 / 23.3 | 95 | intergenic (+85/‑122) | PP_1838/PP_1839 | membrane protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (46/37); new base G (7/5); total (53/42) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.08e-01 |
CCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTT‑CCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGGGAAGTCATTTTTGC > NC_002947/2065045‑2065340 | ccAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGc < 1:3446003/149‑1 (MQ=255) ccAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGc > 2:3446003/1‑149 (MQ=255) ggACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGG‑GTGCCCGCGCCCCCAGGCAGTGGGCACGGTTCGGGCCATTTGCAGGGCCGGGGCggg > 1:1247884/2‑148 (MQ=255) aGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGG‑GTGGCCGCGCCCCCAGGCCATGGACAGGGTTGGGGCCGTGTGCCGGGCCGGGGCgcg > 1:3458291/1‑148 (MQ=255) gACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCGCACAGGACCTGCACAAGGTCCGAACCCTGTGCAATGCCTGTGGGAGc < 1:3469921/150‑1 (MQ=18) gACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGCGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCGCACAGGACCTGCACAAGGTCCGAACCCTGTGCAATGCCTGTGGGAGc < 2:4729617/150‑1 (MQ=18) ccGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCGCACAGGACCTGCACAAGGTCCGAACCCTGTGCAATGCCTGTGGGAGCgg < 2:3794759/150‑1 (MQ=18) ccGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCGCACAGGACCTGCACAAGGTCCGAACCCTGTGCAATGCCTGTGGGAGCgg < 2:4478153/150‑1 (MQ=18) ccGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCgg < 2:4174862/150‑1 (MQ=255) ccGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCgg < 1:1034005/150‑1 (MQ=255) gACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGGTCGGACCGTGTGCAGGGACGGGGCGAGCGGGccc > 1:3104254/1‑148 (MQ=39) aaGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑GTTCCCGCTCCCACAGGCCTTGGACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTGCAGTGCGAGCGGGCCAGccc > 2:1427903/1‑150 (MQ=255) gagCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGA‑TTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCcgc < 1:2677264/150‑1 (MQ=255) agCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCGTTGCCC‑CGCCCACAGGCAGTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGGGGGCGGGCCAGCCcgcg > 2:941383/1‑150 (MQ=255) gctgGATAACACCGCCGGCGTGGTGCCCGGCACACCTAATTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGGGGGC‑TTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCTGGTCGTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATgg < 2:1448560/150‑1 (MQ=38) gctgGATAACACCGCCGGCGTGGTGCAGGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACGTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGGGGGCAAGCCCGCGAATgg < 2:1448591/150‑1 (MQ=255) tgGATAACACCGCCGGCGTGGTGCATGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTAGCGGGG‑TTTGCCGCTCCCAAAGGGATTTGACATGGTTTGGTACTTTTTGAGGTGCTGTGGGAGCGGGGAATCCCGCGTATGGGc > 2:1510131/1‑150 (MQ=255) acCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCCAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATACGCGGGC‑TTTACCCCACCCCAAGCCCAAGCACAGCGGTCGGACCATGTGCAGGTACTGAGCGGGCGGGCAAACCCCAGCCTTGGCCCCGcaca > 2:2784536/1‑150 (MQ=255) 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gCCCTTCCGCGGGC‑TGGCCCGCCCCCACCGCCTTTGCCCCGGTTTCGGACCTTGGCCTGGGCCGGTGCGAGCGGCCAACCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTT‑CCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCa < 1:3893690/150‑1 (MQ=255) gCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCCCAACGGCCTTGCCCAGGGGTCCGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAATCCCGCGAAAGGGCCCCCCACAAATTT‑CCCCGACTGAACAATAAACCCGCCCCACCGTCACTTATTCAGGCa > 2:4571565/1‑150 (MQ=25) cccATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTT‑CCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCAt < 2:3049676/150‑1 (MQ=255) cccATGGGCGGGC‑TGGCCCGCCCCCCCCGGCTGTGCCGGGGGTTGGGCCCTTGTGCCGGCCGTGGGCGCGGGGGCACGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTT‑CCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCAt < 1:3411198/150‑1 (MQ=255) ccATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCCCCCAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTT‑CCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATc < 2:4820741/150‑1 (MQ=255) 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aGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTT‑CCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTgaga > 2:740484/1‑150 (MQ=255) ggcttggCACTGGGTTGGGACCTTGTCCCGCTCGTGTGCGCGGGGGCACGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTT‑CCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGagag < 1:1344939/144‑1 (MQ=255) gctttGCCCCGGGTCCGGCCCTGGGGCCGGTCCGGGGCGCGCGGGCACGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTT‑CCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAgg < 1:2549648/147‑1 (MQ=255) gacctGCACAAGGTCCGAACCCTGTGCAATGCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTT‑CCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAgg > 1:4507160/5‑150 (MQ=25) gCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTT‑CCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAgg < 2:3390125/150‑1 (MQ=255) 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ggTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTT‑CCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAAt > 1:351084/1‑150 (MQ=255) ggTCCGAACCCTGTGCAATGCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTT‑CCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAAt < 2:4068295/150‑1 (MQ=37) ttCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTT‑CCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGa > 2:4528805/1‑150 (MQ=255) cGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTT‑CCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGaaa < 1:3656386/150‑1 (MQ=255) cGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTT‑CCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGaaa < 1:4490103/150‑1 (MQ=255) 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1:2784536/148‑1 (MQ=255) tgCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTT‑CCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGGGaa < 2:4505081/150‑1 (MQ=255) tgCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTT‑CCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGGGaa < 2:4444158/150‑1 (MQ=255) cAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGACTGGGCCCCGCACAATTTT‑CCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGGGAAGt > 2:133156/1‑150 (MQ=255) cAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTT‑CCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGGGGGAAGt > 2:5389758/1‑150 (MQ=255) gTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTT‑CCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGGGAAGTCAt > 2:96857/1‑150 (MQ=255) 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tgCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTT‑CCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGGGAAGTCATTTTTGc > 1:3276146/1‑150 (MQ=255) | CCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGC‑TTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTT‑CCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGGGAAGTCATTTTTGC > NC_002947/2065045‑2065340 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |