Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,095,999 | A→C | 6.0% | intergenic (+70/+28) | tpm → / ← htpX | thiopurine S‑methyltransferase/protease HtpX |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 2,095,999 | 0 | A | C | 6.0% | 719.9 / 25.9 | 216 | intergenic (+70/+28) | tpm/htpX | thiopurine S‑methyltransferase/protease HtpX |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (105/98); new base C (7/6); total (112/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.70e-01 |
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
TGTGATTGAGGACAGCCCGAAGTTTGTGCAGGCCGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCATGGTGTCCGGCATGT > NC_002947/2095851‑2096148 | tgtgATTGAGGACAGCCCGAAGTTTGTGCAGGCCGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGaa > 2:5055712/1‑150 (MQ=255) gATTGAGGACAGCCCGAAGTTTGTGCAGGCCGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTc > 1:1465677/1‑150 (MQ=255) tGAGGACAGCCCGAAGTTTGTGCAGGCCGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGcc > 2:2977270/1‑150 (MQ=255) aGGACAGCCCGAAGTTTGTGCAGGCCGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCt < 2:2415306/150‑1 (MQ=255) ggACAGCCCGAAGTTTGTGCAGGCCGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCtt < 2:3721227/150‑1 (MQ=255) aCAGCCCGAAGTTTGTGCAGGCCGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGAAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCTACCGAATTCGCCCTTTg > 1:797128/1‑150 (MQ=255) cAGCCCGAAGTTTGTGCAGGCCGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGt < 1:1903188/150‑1 (MQ=255) cccGAAGTTTGTGCAGGCCGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAATGAAGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGtttt > 1:1401969/1‑150 (MQ=255) cccGAAGTTTGTGCAGGCCGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACTTCGGTCGCCCTtttttt > 1:4072894/1‑149 (MQ=255) cccGAAGTTTGTGCAGGCCGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGtttt > 2:3054339/1‑150 (MQ=255) aGTTTGTGCAGGCCGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCa < 1:1049020/150‑1 (MQ=255) gTTTGTGCAGGCCGGGGCGTCGAGATTGTTGGAGCGGGTGTATCAGCTCACCCGATAAGCACGTATCGCAGGCTGACCCCCTCCCACAGAAGCCTGCGTAAGCCCGGCAAAAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCATTGATATTATCAg < 2:4398712/150‑1 (MQ=255) tgCAGGCCGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGtt < 1:4346566/137‑1 (MQ=255) 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tttGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAgg < 2:537023/150‑1 (MQ=255) tttGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAgg < 2:1196114/150‑1 (MQ=255) gttgGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACTTCGGTCGCCCTttttttattccc > 1:3239131/1‑116 (MQ=38) ttgGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCt > 2:192694/1‑150 (MQ=255) ttgGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCt > 2:5299367/1‑150 (MQ=255) tgGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTc < 2:3931454/150‑1 (MQ=255) ggAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCg > 1:4341203/1‑150 (MQ=255) gCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATg < 1:3723374/150‑1 (MQ=255) gggTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCg < 2:3171687/150‑1 (MQ=255) gggTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCg < 2:4622505/150‑1 (MQ=255) 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tCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTcc > 2:713798/1‑150 (MQ=255) cAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCa < 1:554667/150‑1 (MQ=255) cAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCa < 1:554944/150‑1 (MQ=255) gTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCg > 2:1794135/1‑150 (MQ=255) tCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACTTCGGTCGCCCt < 2:3698518/90‑1 (MQ=255) cAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCggt < 1:580740/150‑1 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aaaGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCATgg > 1:4868825/1‑150 (MQ=255) aaaGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCATgg > 2:3258045/1‑150 (MQ=255) aaGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCATGgt < 2:4716805/150‑1 (MQ=255) cGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCATGGTGTCCGGCAt > 2:145706/1‑150 (MQ=255) aaGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCATGGTGTCCGGCAtgt > 1:4926489/1‑150 (MQ=255) aaGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCATGGTGTCCGGCAtgt < 2:328558/150‑1 (MQ=255) | TGTGATTGAGGACAGCCCGAAGTTTGTGCAGGCCGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCATGGTGTCCGGCATGT > NC_002947/2095851‑2096148 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |