| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 2,240,107 | 0 | A | T | 6.4% | 516.1 / 18.1 | 157 | F148I (TTC→ATC) | PP_1975 | EmrB/QacA family drug resistance transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (68/78); new base T (5/5); total (73/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
CTTCTTCTCAAGCCCGTATAACAAGCCGGCGATCATTAGCAGGCCCGGTGGGATATTGATGTAGAAGATGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACGGAACAGGATCATGCTCTCCAGGTTCCAGGCCATCGAGCACAGC > NC_002947/2239958‑2240252 | cttcttCTCAAGCCCGTATAACAAGCCGGCGATCATTAGCAGGCCCGGTGGGATATTGATGTAGAAGATGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCATGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGaa < 1:466474/150‑1 (MQ=255) tctcAAGCCCGTATAACAAGCCGGCGATCATTAGCAGGCCCGGTGGGATATTGATGTAGAAGATGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCg > 2:3366673/1‑150 (MQ=255) ctcAAGCCCGTATAACAAGCCGGCGATCATTAGCAGGCCCGGTGGGATATTGATGTAGAAGATGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGc < 1:2978439/150‑1 (MQ=255) 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gCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACGGAACAGGATCATGCTCTCCAGGTTCCAGGCCATc < 2:1899200/150‑1 (MQ=255) gCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACGGAACAGGATCATGCTCTCCAGGTTCCAGGCCATc > 2:3831696/1‑150 (MQ=255) ggcATGGCGATGTTCGCCATGACTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACGGAACAGGATCATGCTCTCCAGGTTCCAGGCCATCGAg > 1:1039381/3‑150 (MQ=255) gTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACGGAACAGGATCATGCTCTCCAGGTTCCAGGCCATCGAg < 2:4407720/150‑1 (MQ=255) gTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACGGAACAGGATCATGCTCTCCAGGTTCCAGGCCATCGAg < 1:5402213/150‑1 (MQ=255) 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< 1:5072263/150‑1 (MQ=255) | CTTCTTCTCAAGCCCGTATAACAAGCCGGCGATCATTAGCAGGCCCGGTGGGATATTGATGTAGAAGATGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACGGAACAGGATCATGCTCTCCAGGTTCCAGGCCATCGAGCACAGC > NC_002947/2239958‑2240252 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |