Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 2,240,109 | 0 | A | T | 6.4% | 519.0 / 18.1 | 157 | M147K (ATG→AAG) ‡ | PP_1975 | EmrB/QacA family drug resistance transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (68/78); new base T (5/5); total (73/84) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.42e-01 |
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
TTCTCAAGCCCGTATAACAAGCCGGCGATCATTAGCAGGCCCGGTGGGATATTGATGTAGAAGATGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACGGAACAGGATCATGCTCTCCAGGTTCCAGGCCATCGAGCACAGC > NC_002947/2239962‑2240252 | ttctCAAGCCCGTATAACAAGCCGGCGATCATTAGCAGGCCCGGTGGGATATTGATGTAGAAGATGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATc > 2:10786/1‑150 (MQ=255) tctcAAGCCCGTATAACAAGCCGGCGATCATTAGCAGGCCCGGTGGGATATTGATGTAGAAGATGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCg > 2:3366673/1‑150 (MQ=255) aaGCCCGTATAACAAGCCGGCGATCATTAGCAGGCCCGGTGGGATATTGATGTAGAAGATGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCAt > 2:152411/1‑150 (MQ=255) 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ggCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACGGAACAGGATCATGCTCTCCAGGTTCCAGGCCAt < 1:1250097/150‑1 (MQ=255) ggCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACGGAACAGGATCATGCTCTCCAGGTTCCAGGCCAt < 1:5376340/150‑1 (MQ=255) gCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACGGAACAGGATCATGCTCTCCAGGTTCCAGGCCATc < 2:1899200/150‑1 (MQ=255) gCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACGGAACAGGATCATGCTCTCCAGGTTCCAGGCCATc > 2:3831696/1‑150 (MQ=255) gCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACGGAACAGGATCATGCTCTCCAGGTTCCAGGCCATc < 1:2842540/150‑1 (MQ=255) aaggcATGGCGATGTTCGCCATGACTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACGGAACAGGATCATGCTCTCCAGGTTCCAGGCCATCg > 2:1760945/5‑150 (MQ=255) ggcATGGCGATGTTCGCCATGACTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACGGAACAGGATCATGCTCTCCAGGTTCCAGGCCATCGAg > 1:1039381/3‑150 (MQ=255) gTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACGGAACAGGATCATGCTCTCCAGGTTCCAGGCCATCGAg < 2:4407720/150‑1 (MQ=255) gcATGGCGATGTTCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACg > 1:5305391/2‑112 (MQ=255) gcATGGCGATGTTCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACg < 2:5305391/111‑1 (MQ=255) gcATGGCGATGTTCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACGGAACAGGATCATGCTCTCCAGGTTCCAGGCCATCGAGc > 1:823578/2‑150 (MQ=255) 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TTCTCAAGCCCGTATAACAAGCCGGCGATCATTAGCAGGCCCGGTGGGATATTGATGTAGAAGATGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACGGAACAGGATCATGCTCTCCAGGTTCCAGGCCATCGAGCACAGC > NC_002947/2239962‑2240252 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |