| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 2,253,200 | T→C | 6.6% | V189A (GTG→GCG) ‡ | leuC → | 3‑isopropylmalate dehydratase large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 2,253,200 | 0 | T | C | 6.6% | 619.4 / 20.9 | 197 | V189A (GTG→GCG) ‡ | leuC | 3‑isopropylmalate dehydratase large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (100/84); new base C (7/6); total (107/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.31e-01 | |||||||||||
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
GGCGCCTTCGGTGCCTTGGCCCATGGCATCGGCACTTCCGAGGTCGAGCACGTGCTCGCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCATGGAATTCGCAGGCAGTGCCATTCGCGAATTGTCGATGGAAGGCCGCATGACCATCTGCAACATGTCCATCGAAGCCGGCGCCCGCGTGGGCCTGGTGG > NC_002947/2253052‑2253349 | ggCGCCTTCGGTGCCTTGGCCCATGGCATCGGCACTTCCGAGGTCGAGCACGTGCTCGCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTg > 1:1492310/1‑150 (MQ=255)ggCGCCTTCGGTGCCTTGGCCCATGGCATCGGCACTTCCGAGGTCGAGCACGTGCTCGCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTg < 1:2141409/150‑1 (MQ=255) gcgcCTTCGGTGCCTTGGCCCATGGCATCGGAACTTCCGAGGTCGAGCACGTGCTCGCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAATATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCAGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGc < 1:416269/150‑1 (MQ=255) 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GGCGCCTTCGGTGCCTTGGCCCATGGCATCGGCACTTCCGAGGTCGAGCACGTGCTCGCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCATGGAATTCGCAGGCAGTGCCATTCGCGAATTGTCGATGGAAGGCCGCATGACCATCTGCAACATGTCCATCGAAGCCGGCGCCCGCGTGGGCCTGGTGG > NC_002947/2253052‑2253349 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |