Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,253,258 | C→T | 6.9% | F208F (TTC→TTT) ‡ | leuC → | 3‑isopropylmalate dehydratase large subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 2,253,258 | 0 | C | T | 6.9% | 578.4 / 22.2 | 189 | F208F (TTC→TTT) ‡ | leuC | 3‑isopropylmalate dehydratase large subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (89/87); new base T (7/6); total (96/93) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
GCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCATGGAATTCGCAGGCAGTGCCATTCGCGAATTGTCGATGGAAGGCCGCATGACCATCTGCAACATGTCCATCGAAGCCGGCGCCCGCGTGGGCCTGGTGGCAACCGATGCCACTACCGTTGCCTACGTCGAAGGGCGCCCGTACGCGCCGAAGGGCGA > NC_002947/2253109‑2253407 | gCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCATGGAATTc > 1:1020721/1‑150 (MQ=255) gCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCATGGAATTc > 2:102707/1‑150 (MQ=255) gCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCATGGAATTc > 2:4915589/1‑150 (MQ=255) 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tCACGCCATGGAATTCGCAGGCAGTGCCATTCGCGAATTGTCGATGGAAGGCCGCATGACCATCTGCAACATGTCCATCGAAGCCGGCGCCCGCGTGGGCCTGGTGGCAACCGATGCCACTACCGTTGCCTACGTCGAAGGGCGCCCGTa > 2:4696836/1‑150 (MQ=255) cGCCATGGAATTCGCAGGCAGTGCCATTCGCGAATTGTCGATGGAAGGCCGCATGACCATCTGCAACATGTCCATCGAAGCCGGCGCCCGCGTGGGCCTGGTGGCAACCGATGCCACTACCGTTGCCTACGTCGAAGGGCGCCCGTAcgc < 1:547095/150‑1 (MQ=255) cGCCATGGAATTCGCAGGCAGTGCCATTCGCGAATTGTCGATGGAAGGCCGCATGACCATCTGCAACATGTCCATCGAAGCCGGCGCCCGCGTGGGCCTGGTGGCAACCGATGCCACTACCGTTGCCTACGTCGAAGGGCGCCCGTAcgc < 1:4518048/150‑1 (MQ=255) gCCATGGAATTCGCAGGCAGTGCCATTCGCGAATTGTCGATGGAAGGCCGCATGACCATCTGCAACATGTCCATCGAAGCCGGCGCCCGCGTGGGCCTGGTGGCAACCGATGCCACTACCGTTGCCTACGTCGAAGGGCGCCCGTAcgcg > 1:668454/1‑150 (MQ=255) cATGGAATTCGCAGGCAGTGCCATTCGCGAATTGTCGATGGAAGGCCGCATGACCATCTGCAACATGTCCATCGAAGCCGGCGCCCGCGTGGGCCTGGTGGCAACCGATGCCACTACCGTTGCCTACGTCGAAGGGCGCCCGTACGCGcc > 2:1050475/1‑150 (MQ=255) 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GCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCATGGAATTCGCAGGCAGTGCCATTCGCGAATTGTCGATGGAAGGCCGCATGACCATCTGCAACATGTCCATCGAAGCCGGCGCCCGCGTGGGCCTGGTGGCAACCGATGCCACTACCGTTGCCTACGTCGAAGGGCGCCCGTACGCGCCGAAGGGCGA > NC_002947/2253109‑2253407 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |