| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,253,261 | A→T | 7.3% | A209A (GCA→GCT) | leuC → | 3‑isopropylmalate dehydratase large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,253,261 | 0 | A | T | 7.3% | 574.9 / 25.9 | 177 | A209A (GCA→GCT) | leuC | 3‑isopropylmalate dehydratase large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (82/82); new base T (7/6); total (89/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
ACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCATGGAATTCGCAGGCAGTGCCATTCGCGAATTGTCGATGGAAGGCCGCATGACCATCTGCAACATGTCCATCGAAGCCGGCGCCCGCGTGGGCCTGGTGGCAACCGATGCCACTACCGTTGCCTACGTCGAAGGGCGCCCGTACGCGCCGAAGGGCGAGCA > NC_002947/2253112‑2253410 | aCCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCATGGAATTCgca < 2:172980/150‑1 (MQ=255) cccAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCATGGAATTCgcag < 2:2417318/150‑1 (MQ=255) cAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCATGGAATTCgcaggc > 1:212127/1‑150 (MQ=255) 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gaTGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCATGGAATTCGCAGGCAGTGCCATTCGCGAATTGTc > 2:715292/1‑150 (MQ=255) gaTGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCATGGAATTCGCAGGCAGTGCCATTCGCGAATTGTc < 1:272890/150‑1 (MQ=255) aagaaCATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCATGGAATTCGCAGGCAGTGCCATTCGCGAATTGTCGATg < 1:1937616/150‑1 (MQ=255) aagaaCATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAAGTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCATGGAATTCGCAGGCAGTGCCATTCGCGAATTGTCGATg < 2:2577752/150‑1 (MQ=255) gaaCATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCATGGAATTCGCAGGCAGTGCCATTCGCGAATTGTCGATGGa < 1:3209109/150‑1 (MQ=255) 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ACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCATGGAATTCGCAGGCAGTGCCATTCGCGAATTGTCGATGGAAGGCCGCATGACCATCTGCAACATGTCCATCGAAGCCGGCGCCCGCGTGGGCCTGGTGGCAACCGATGCCACTACCGTTGCCTACGTCGAAGGGCGCCCGTACGCGCCGAAGGGCGAGCA > NC_002947/2253112‑2253410 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |