Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 2,492,694 | G→T | 6.5% | G51V (GGC→GTC) ‡ | PP_2185 → | formate dehydrogenase subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,492,694 | 0 | G | T | 6.5% | 662.8 / 25.6 | 200 | G51V (GGC→GTC) ‡ | PP_2185 | formate dehydrogenase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (100/87); new base T (6/7); total (106/94) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
GATCAATTTCTTCGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTGCGCACCGAAACCC > NC_002947/2492545‑2492843 | gATCAATTTCTTCGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTggg < 2:546619/150‑1 (MQ=255) aTCAATTTCTTCGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGc > 2:3687558/1‑150 (MQ=255) aaTTTCTTCGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCAcc > 2:3738352/1‑150 (MQ=255) aTTTCTTCGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCa > 1:4271417/1‑150 (MQ=255) aTTTCTTCGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCa > 2:4431022/1‑150 (MQ=255) tttCTTCGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAg > 1:3709309/1‑150 (MQ=255) ttcGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATc > 2:2849513/1‑150 (MQ=255) tcGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATcc < 2:1496146/150‑1 (MQ=255) 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cGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCt > 2:2999675/1‑150 (MQ=255) ggCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTc > 2:2479528/1‑150 (MQ=255) cccGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCt < 1:4061931/150‑1 (MQ=255) ccGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGTGCCCAGCAtggcgg < 1:814818/110‑6 (MQ=255) ccGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGTGCCCAGCAtggcgg > 2:814818/1‑105 (MQ=255) gTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCAtg < 2:1638552/150‑1 (MQ=255) 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cgccgccgcCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGGCAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCAtggt < 1:3525363/150‑1 (MQ=255) cgccgccgcCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTCCCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCAtggt > 2:2360076/1‑150 (MQ=255) gccgccgccATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCAtggtg < 1:3340206/150‑1 (MQ=255) ccgccgccATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCAtggtgg > 1:310707/1‑150 (MQ=255) cgccATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTCCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCGTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGGGGTgcg > 2:2327313/1‑150 (MQ=255) gggaTGCTGGTGCCCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGGCAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTgcgc > 2:3263149/4‑150 (MQ=255) gaTGCTGGTGCCCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGaa < 2:4894012/81‑1 (MQ=255) gaTGCTGGTGCCCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGaa > 1:4893985/2‑82 (MQ=255) gaTGCTGGTGCCCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTGCGCAc > 1:523190/2‑150 (MQ=255) gaTGCTGGTGCCCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCAGGGTGGaa > 1:4894016/2‑82 (MQ=255) cATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTGCGCAc > 2:3860080/1‑150 (MQ=255) cggCTGGGCACCAGCATCCCCCCCCGGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTGCGCAcc < 2:1533778/148‑1 (MQ=255) cTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTGCGCACCGaa > 1:3175878/1‑150 (MQ=255) cTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTGCGCACCGaa > 1:401697/1‑150 (MQ=255) tGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCTAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGTCATGCGCGGCTACCCGGCATCCGGCACCACGCCAGACAGAGAAGGCATGGTGGTGCGCACCGaaa > 1:281350/1‑150 (MQ=255) tGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTGCGCACCGaaa > 2:257930/1‑150 (MQ=255) ggCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTGCGCACCGAAAcc < 1:994799/150‑1 (MQ=255) gCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTGCGCACCGAAAccc > 1:127822/1‑150 (MQ=255) | GATCAATTTCTTCGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTGCGCACCGAAACCC > NC_002947/2492545‑2492843 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |