| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,492,696 | A→C | 6.4% | T52P (ACC→CCC) | PP_2185 → | formate dehydrogenase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,492,696 | 0 | A | C | 6.4% | 663.5 / 26.1 | 202 | T52P (ACC→CCC) | PP_2185 | formate dehydrogenase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (101/88); new base C (6/7); total (107/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
CAATTTCTTCGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTGCGCACCGAAACCCCG > NC_002947/2492548‑2492845 | cAATTTCTTCGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCAc < 1:5447575/150‑1 (MQ=255) aaTTTCTTCGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCAcc > 2:3738352/1‑150 (MQ=255) aaTTTCTTCGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCAcc > 1:707168/1‑150 (MQ=255) aTTTCTTCGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCa < 2:5337045/150‑1 (MQ=255) aTTTCTTCGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCa > 2:4431013/1‑150 (MQ=255) tttCTTCGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAg > 1:3709309/1‑150 (MQ=255) ttcttcGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGc < 2:1905549/150‑1 (MQ=255) cttcGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCAt > 1:3272684/1‑150 (MQ=255) ttcGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGTGCCCAGCAtg < 1:5414937/150‑2 (MQ=255) tcGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGTGCCCAGCAtgg < 2:3218077/150‑3 (MQ=255) gACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATcccc > 1:2315717/1‑150 (MQ=255) ccccGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCaa > 1:1533778/1‑150 (MQ=255) tCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTgc < 1:629222/150‑1 (MQ=255) 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cccGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCgg < 2:3889352/150‑1 (MQ=255) ccGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGc < 2:4618676/150‑1 (MQ=255) ggCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTc > 2:2479528/1‑150 (MQ=255) cccGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCt > 2:3490598/1‑150 (MQ=255) cccGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCt < 1:4061931/150‑1 (MQ=255) ccGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGTGCCCAGCAtggcgg > 2:814818/1‑105 (MQ=255) gAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGc < 1:4246231/150‑1 (MQ=255) gCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCAtggt < 1:2867230/150‑1 (MQ=255) cAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCAtggtg < 1:3856288/150‑1 (MQ=255) gTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGaa < 1:3193608/150‑1 (MQ=255) tCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGaaa < 2:2197264/150‑1 (MQ=255) 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tCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAg < 1:3997537/150‑1 (MQ=255) gcgcCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCAtgg > 1:2008224/1‑150 (MQ=255) cgccgccgcCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGGCAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCAtggt < 1:3525363/150‑1 (MQ=255) cgccgccgcCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTCCCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCAtggt > 2:2360076/1‑150 (MQ=255) cgccgccATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATggtggt < 2:4476612/150‑1 (MQ=255) ccgccATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCAtggtg > 1:973058/1‑83 (MQ=255) ccgccATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTgc < 2:3609614/150‑1 (MQ=255) cgccATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTCCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCGTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGGGGTgcg > 2:2327313/1‑150 (MQ=255) gaTGCTGGTGCCCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGaa > 1:4893985/2‑82 (MQ=255) gaTGCTGGTGCCCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGaa < 2:4894016/81‑1 (MQ=255) gaTGCTGGTGCCCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGaa < 2:4893985/81‑1 (MQ=255) gaTGCTGGTGCCCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCAGGGTGGaa > 1:4894016/2‑82 (MQ=255) cATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTGCGCAc > 2:3860080/1‑150 (MQ=255) cATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTGCGGCTCCTGTCGCATGTGCATGGTGGACATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTGCGCAc > 2:171238/1‑150 (MQ=255) gCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTGCGCACCGa > 1:4350766/1‑150 (MQ=255) cTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTGCGCACCGaa > 1:401697/1‑150 (MQ=255) cTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTGCGCACCGaa > 1:3175871/1‑150 (MQ=255) tGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTGCGCACCGaaa > 2:257930/1‑150 (MQ=255) tGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTGCGCACCGaaa > 2:4493909/1‑150 (MQ=255) tGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCACCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTGCGCACCGaaa > 1:980568/1‑150 (MQ=255) gCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTGCGCACCGAAAccc > 1:127822/1‑150 (MQ=255) | CAATTTCTTCGACCCCGCTTCTGATAAAAGCAGCGACCTCGGCACCCCGGCCCGCGAAAGCGACGTGCAGGTCAGCCTGAGCATCGACGGCCGCGCCATCAGCGTGCCTGCTGGCACCTCGGTCATGCGCGCCGCCGCCATGCTGGGCACCAGCATCCCCAAACTGTGCGCCACCGACAGCCTCGAAGCCTTCGGCTCCTGCCGCATGTGCATGGTGGAAATCGAAGGCATGCGCGGCTACCCGGCATCCTGCACCACGCCAGTCAGCGAAGGCATGGTGGTGCGCACCGAAACCCCG > NC_002947/2492548‑2492845 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |