| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,500,180 | A→G | 8.3% | H39R (CAC→CGC) ‡ | PP_2193 → | ferric siderophore receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,500,180 | 0 | A | G | 8.3% | 432.7 / 19.7 | 145 | H39R (CAC→CGC) ‡ | PP_2193 | ferric siderophore receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (73/60); new base G (5/7); total (78/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 | |||||||||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
GAGACTGATCAGCAACCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAGGCGATGTCGCCG > NC_002947/2500032‑2500329 | gagaCTGATCAGCAACCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCAc > 1:2819730/1‑150 (MQ=255) aCTGATCAGCAACCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCa > 1:4162128/1‑150 (MQ=255) tGATCAGCAACCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑gg < 1:2042730/150‑1 (MQ=255) 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aTCAGCAACCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGG‑CCCCTGCGTGCA‑ggggg < 2:3512816/150‑2 (MQ=255) aTCAGCAACCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGG‑CCCCTGCGTGCA‑ggggg < 2:299460/150‑2 (MQ=255) tCAGCAACCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGc > 2:4473186/1‑150 (MQ=255) tCAGCAACCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGc < 1:5063304/150‑1 (MQ=255) cAGCAACCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGG‑CCCCTGCGTGCA‑gggggcc < 2:4512098/150‑4 (MQ=255) 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aTTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGaa < 1:718097/150‑1 (MQ=255) ttACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCGTGCA‑g < 1:775765/128‑1 (MQ=255) cGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGAc > 1:5311903/1‑150 (MQ=255) aCTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGAccc < 2:3625087/150‑1 (MQ=255) aCTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGAccc > 1:1455976/1‑150 (MQ=255) 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tGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACctgc > 2:1226221/1‑150 (MQ=255) ggCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGTCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACctgct < 1:4398993/150‑1 (MQ=255) ggCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACctgct < 2:3164754/150‑1 (MQ=255) ccTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTa > 1:1534772/1‑150 (MQ=255) ccTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTa < 1:2135062/150‑1 (MQ=255) gCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTAcaccac > 1:5263654/1‑150 (MQ=255) tCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAg > 2:1818878/1‑150 (MQ=255) tCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAg > 2:4667047/1‑150 (MQ=255) gccccTGCGTGCAGGGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATCCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGAGCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACCGGCg > 1:169943/2‑150 (MQ=255) cccccTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAGGCGa < 2:541782/150‑1 (MQ=255) ccccTTCACGCA‑GGGGCCGCGACGTCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCTTCCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCTCAGACCATGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAGGCGAt < 1:3952581/150‑1 (MQ=255) ccccTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAGGCGAt < 2:775027/150‑1 (MQ=255) ccccTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAGGCGAt > 1:1637737/1‑150 (MQ=255) ccTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAGGCGATGt < 2:3661344/150‑1 (MQ=255) cTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAGGCGATGTc > 1:3886696/1‑150 (MQ=255) | GAGACTGATCAGCAACCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAGGCGATGTCGCCG > NC_002947/2500032‑2500329 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |