Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,500,181 | C→T | 8.3% | H39H (CAC→CAT) ‡ | PP_2193 → | ferric siderophore receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,500,181 | 0 | C | T | 8.3% | 425.3 / 20.6 | 145 | H39H (CAC→CAT) ‡ | PP_2193 | ferric siderophore receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (72/61); new base T (5/7); total (77/68) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.48e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
GAGACTGATCAGCAACCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAGGCGATGTCGCCG > NC_002947/2500032‑2500329 | gagaCTGATCAGCAACCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCAc > 1:2819730/1‑150 (MQ=255) aCTGATCAGCAACCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCa > 1:4162128/1‑150 (MQ=255) tGATCAGCAACCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑gg < 1:2042730/150‑1 (MQ=255) gATCAGCAACCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑ggg < 1:3023677/150‑1 (MQ=255) gATCAGCAACCCATTCTCATTTACGACGTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑ggg < 2:4428513/150‑1 (MQ=255) gATCAGCAACCCATGCACATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCAGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑ggg < 2:5042739/150‑1 (MQ=255) aTCAGCGACCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGG‑CCCCTGCGTGCA‑ggggg < 2:299638/150‑2 (MQ=255) aTCAGCAACCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑gggg > 1:4027624/1‑150 (MQ=255) 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aTTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGaa < 1:718097/150‑1 (MQ=255) ttACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCGTGCA‑g < 1:775765/128‑1 (MQ=255) cGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGAc > 1:5311903/1‑150 (MQ=255) aCTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGAccc < 2:3625087/150‑1 (MQ=255) aCTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGAccc > 1:1455976/1‑150 (MQ=255) 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gCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAggccggcc > 1:3720973/1‑150 (MQ=255) cAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCt > 1:4691574/1‑150 (MQ=255) ccGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCAcc > 1:116351/1‑150 (MQ=255) cGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACct > 1:3661344/1‑150 (MQ=255) tGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACctgc < 2:4651073/150‑1 (MQ=255) tGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACctgc > 2:1226221/1‑150 (MQ=255) ggCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGTCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACctgct < 1:4398993/150‑1 (MQ=255) ggCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACctgct < 2:3164754/150‑1 (MQ=255) ccTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTa > 1:1534772/1‑150 (MQ=255) ccTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTa < 1:2135062/150‑1 (MQ=255) gCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTAcaccac > 1:5263654/1‑150 (MQ=255) tCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAg > 2:1818878/1‑150 (MQ=255) tCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAg > 2:4667047/1‑150 (MQ=255) gccccTGCGTGCAGGGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATCCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGAGCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACCGGCg > 1:169943/2‑150 (MQ=255) cccccTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAGGCGa < 2:541782/150‑1 (MQ=255) ccccTTCACGCA‑GGGGCCGCGACGTCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCTTCCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCTCAGACCATGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAGGCGAt < 1:3952581/150‑1 (MQ=255) ccccTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAGGCGAt < 2:775027/150‑1 (MQ=255) ccccTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAGGCGAt > 1:1637737/1‑150 (MQ=255) ccTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAGGCGATGt < 2:3661344/150‑1 (MQ=255) cTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAGGCGATGTc > 1:3886696/1‑150 (MQ=255) | GAGACTGATCAGCAACCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAGGCGATGTCGCCG > NC_002947/2500032‑2500329 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |