| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,584,396 | C→A | 6.6% | F261L (TTC→TTA) ‡ | PP_2263 → | sugar ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,584,396 | 0 | C | A | 6.6% | 655.0 / 23.5 | 197 | F261L (TTC→TTA) ‡ | PP_2263 | sugar ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (94/90); new base A (6/7); total (100/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
GTGAATGCCAAGCCGATTGCCGCGGTGATGACCCGCACGGTGTCGGCATCGGGCATCGACTGGGGTGTGCTGGCGGCGGCGGGGGTGCTGACCATCTTGCCGGGCATGCTGGTGATCTGGTTCGTGCGCAATCATGTGGCCAAGGGCTTCGCCCTGGGCCGGGTGTGAGGAGGGCAGCGCATGGAGTGGATGGCCTGGACCCTGCCGACAGCGCTGTTCTTCGCCGCTGTGGGCCTGTTGCTGCTGGGCATGACCCTGCTTGAACTGCGTCGCCCCTGCGTAGAGCGACGGGGCTTTTT > NC_002947/2584247‑2584545 | gTGAATGCCAAGCCGATTGCCGCGGTGATGACCCGCACGGTGTCGGCATCGGGCATCGACTGGGGTGTGCTGGCGGCGGCGGGGGTGCTGACCATCTTGCCGGGCATGCTGGTGATCTGGTTCGTGCGCAATCATGTGGCCAAGGGCTTc < 1:971173/150‑1 (MQ=255)gTGAATGCCAAGCCGATTGCCGCGGTGATGACCCGCACGGTGTCGGCATCGGGCATCGACTGGGGTGTGCTGGCGGCGGCGGGGGTGCTGACCATCTTGCCGGGCATGCTGGTGATCTGGTTCGTGCGCAATCATGTGGCCAAGGGCTTc < 1:1619051/150‑1 (MQ=255) gCCAAGCCGATTGCCGCGGTGATGACCCGCACGGTGTCGGCATCGGGCATCGACTGGGGTGTGCTGGCGGCGGCGGGGGTGCTGACCATCTTGCCGGGCATGCTGGTGATCTGGTTCGTGCGCAATCATGTGGCCAAGGGCTTCGCCCTg < 1:1125940/150‑1 (MQ=255) gCCAAGCCGATTGCCGCGGTGATGACCCGCACGGTGTCGGCATCGGGCATCGACTGGGGTGTGCTGGCGGCGGCGGGGGTGCTGACCATCTTGCCGGGCATGCTGGTGATCTGGTTCGTGCGCAATCATGTGGCCAAGGGCTTCGCCCTg > 1:3285952/1‑150 (MQ=255) gCCAAGCCGATTGCCGCGGTGATGACCCGCACGGTGTCGGCATCGGGCATCGACTGGGGTGTGCTGGCGGCGGCGGGGGTGCTGACCATCTTGCCGGGCATGCTGGTGATCTGGTTCGTGCGCAATCATGTGGCCAAGGGCTTCGCCCTg < 1:2535566/150‑1 (MQ=255) aaGCCGATTGCCGCGGTGATGACCCGCACGGTGTCGGCATCGGGCATCGACTGGGGTGTGCTGGCGGCGGCGGGGGTGCTGACCATCTTGCCGGGCATGCTGGTGATCTGGTTCGTGCGCAATCATGTGGCCCAGGGCGAAGCCCTTGGc < 2:4778262/150‑1 (MQ=255) aaGCCGATTGCCGCGGTGATGACCCGCACGGTGTCGGCATCGGGCATCGACTGGGGTGTGCTGGCGGCGGCGGGGGTGCTGACCATCTTGCCGGGCATGCTGGTGATCTGGTTCGTGCGCAATCATGTGGCCAAGGGCTTCGCCCTGGGc > 1:67960/1‑150 (MQ=255) aaGCCGATTGCCGCGGTGATGACCCGCACGGTGTCGGCATCGGGCATCGACTGGGGTGTGCTGGCGGCGGCGGGGGTGCTGACCATCTTGCCGGGCATGCTGGTGATCTGGTTCGTGCGCAATCATGTGGCCAAGGGCTTCGCCCTGGGc > 2:1624224/1‑150 (MQ=255) aaGCCGATTGCCGCGGTGATGACCCGCACGGTGTCGGCATCGGGCATCGACTGGGGTGTGCTGGCGGCGGCGGGGGTGCTGACCATCTTGCCGGGCATGCTGGTGATCTGGTTCGTGCGCAATCATGTGGCCAAGGGCTTCGCCCTGGGc > 2:1114357/1‑150 (MQ=255) aaGCCGATTGCCGCGGTGATGACCCGCACGGTGTCGGCATCGGGCATCGACTGGGGTGTGCTGGCGGCGGCGGGGGTGCTGACCATCTTGCCGGGCATGCTGGTGATCTGGTTCGTGCGCAATCATGTGGCCAAGGGCTTCGCCCTGGGc > 1:2020543/1‑150 (MQ=255) aGCCGATTGCCGCGGTGATGACCCGCACGGTGTCGGCATCGGGCATCGACTGGGGTGTGCTGGCGGCGGCGGGGGTGCTGACCATCTTGCCGGGCATGCTGGTGATCTGGTTCGTGCGCAATCATGTGGCCAAGGGCTTCGCCCTGGGcc > 1:4283910/1‑150 (MQ=255) gCCGATTGCCGCGGTGATGACCCGCACGGTGTCGGCATCGGGCATCGACTGGGGTGTGCTGGCGGCGGCGGGGGTGCTGACCATCTTGCCGGGCATGCTGGTGATCTGGTTCGTGCGCAATCATGTGGCCAAGGGCTTc > 1:4229888/1‑139 (MQ=255) gATTGCCGCGGTGATGACCCGCACGGTGTCGGCATCGGGCATCGACTGGGGTGTGCTGGCGGCGGCGGGGGTGCTGACCATCTTGCCGGGCATGCTGGTGATCTGGTTCGTGCGCAATCATGTGGCCAAGGGCTTCGCCCTGGGCCGGgt < 1:1191040/150‑1 (MQ=255) gATTGCCGCGGTGATGACCCGCACGGTGTCGGCATCGGGCATCGACTGGGGTGTGCTGGCGGCGGCGGGGGTGCTGACCATCTTGCCGGGCATGCTGGTGATCTGGTTCGTGCGCAATCATGTGGCCAAGGGCTTCGCCCTGGGCCGGgt < 1:3400365/150‑1 (MQ=255) tGCCGCGGTGATGACCCGCACGGTGTCGGCATCGGGCATCGACTGGGGTGTGCTGGCGGCGGCGGGGGTGCTGACCATCTTGCCGGGCATGCTGGTGATCTGGTTCGTGCGCAATCATGTGGCCAAGGGCTTCGCCCTGGGCCGGGtgtg < 2:1784527/150‑1 (MQ=255) gCCGCGGTGATGACCCGCACGGTGTCGGCATCGGGCATCGACTGGGGTGTGCTGGCGGCGGCGGGGGTGCTGACCATCTTGCCGGGCATGCTGGTGATCTGGTTCGTGCGCAATCATGTGGCCAAGGGCTTCGCCCTGGGCCGGGTGTga < 1:1813798/150‑1 (MQ=255) gCCGCGGTGATGACCCGCACGGTGTCGGCATCGGGCATCGACTGGGGTGTGCTGGCGGCGGCGGGGGTGCTGACCATCTTGCCGGGCATGCTGGTGATCTGGTTCGTGCGCAATCATGTGGCCAAGGGCTTCGCCCTGGGCCGGGTGTga < 1:2203447/150‑1 (MQ=255) ccGCGGTGATGACCCGCACGGTGTCGGCATCGGGCATCGACTGGGGTGTGCTGGCGGCGGCGGGGGTGCTGACCATCTTGCCGGGCATGCTGGTGATCTGGTTCGTGCGCCATCATGTGGCCAAGGGCGTCGCCCTGGGCCGGGTGGgag > 1:5045955/1‑150 (MQ=255) 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cccGCACGGTGTCGGCATCGGGCATCGACTGGGGTGTGCTGGCGGCGGCGGGGGTGCTGACCATCTTGCCGGGCATGCTGGTGATCTGGTTCGTGCGCAATCATGTGGCCAAGGGCTTCGCCCTgg < 1:2704712/126‑1 (MQ=255) ccGCACGGTGTCGGCATCGGGCATCGACTGGGGTGTGCTGGCGGCGGCGGGGGTGCTGACCATCTTGCCGGGCATGCTGGTGATCTGGTTCGTGCGCAATCATGTGGCCAAGGGCTTCGCCCTGGGCCGGGTGTGAGGAGGGCAGCGCAt > 1:467834/1‑150 (MQ=255) cGCACGGTGTCGGCATCGGGCATCGACTGGGGTGTGCTGGCGGCGGCGGGGGTGCTGACCATCTTGCCGGGCATGCTGGTGATCTGGTTCGTGCGCAATCATGTGGCCAAGGGCTTCGCCCTGGGCCGGGTGTGAGGAGGGCAGCGCATg > 2:265793/1‑150 (MQ=255) cACGGTGTCGGCATCGGGCATCGACTGGGGTGTGCTGGCGGCGGCGGGGGTGCTGACCATCTTGCCGGGCATGCTGGTGATCTGGTTCGTGCGCAATCATGTGGCCAAGGGCTTCGCCCTGGGCCGGGTGTGAGGAGGGCAGCGCATGGa > 1:2769229/1‑150 (MQ=255) cGGTGTCGGCATCGGGCATCGACTGGGGTGTGCTGGCGGCGGCGGGGGTGCTGACCATCTTGCCGGGCATGCTGGTGATCTGGTTCGTGCGCAATCATGTGGCCAAGGGCTTCGCCCTGGGCCGGGTGTGAGGAGGGCAGCGCATGGAGt < 1:3001837/150‑1 (MQ=255) 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atcgggcatcgACTGGGGTGTGCTGGCGGCGGCGGGGGTGCTGACCATCTTGCCGGGCATGCTGGTGATCTGGTTCGTGCGCAATCATGTGGCCAAGGGCTTCGCCCTGGGCCGGGTGTGAGGAGGGCAGCGCATGGAGTGGATGGCCTg < 2:1386389/150‑1 (MQ=255) tcgggcatcgACTGGGGTGTGCTGGCGGCGGCGGGGGTGCTGACCATCTTGCCGGGCATGCTGGTGATCTGGTTCGTGCGCAATCATGTGGCCAAGGGCTTCGCCCTGGGCCGGGTGTGAGGAGGGCAGCGCATGGAGTGGATGGCCTgg > 1:769913/1‑150 (MQ=255) cgggcatcgACTGGGGTGTGCTGGCGGCGGCGGGGGTGCTGACCATCTTGCCGGGCATGCTGGTGATCTGGTTCGTGCGCAATCATGTGGCCAAGGGCTTCGCCCTGGGCCGGGTGTGAGGAGGGCAGCGCATGGAGTGGATGGCCTGGa < 1:4882378/150‑1 (MQ=255) gggcatcgACTGGGGTGTGCTGGCGGCGGCGGGGGTGCTGACCATCTTGCCGGGCATGCTGGTGATCTGGTTCGTGCGCAATCATGTGGCCAAGGGCTTCGCCCTGGGCCGGGTGTGAGGAGGGCAGCGCATGGAGTGGATGGCCTGGAc < 2:2020543/150‑1 (MQ=255) gggcatcgACTGGGGTGTGCTGGCGGCGGCGGGGGTGCTGACCATCTTGCCGGGCATGCTGGTGATCTGGTTCGTGCGCAATCATGTGGCCAAGGGCTTCGCCCTGGGCCGGGTGTGAGGAGGGCAGCGCATGGAGTGGATGGCCTGGAc > 1:4042674/1‑150 (MQ=255) 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gcgcAATCATGTGGCCAAGGGCTTCGCCCTGGGCCGGGTGTGAGGAGGGCAGCGCATGGAGTGGATGGCCTGGACCCTGCCGACAGCGCTGTTCTTCGCCGCTGTGGGCCTGTTGCTGCTGGGCATGACCCTGCTTGAACTGCGTCGccc > 1:5370462/1‑150 (MQ=255) tCATGTGGCCAAGGGCTTCGCCCTGGGCCGGGTGTGAGGAGGGCAGCGCATGGAGTGGATGGCCTGGACCCTGCCGACAGCGCTGTTCTTCGCCGCTGTGGGCCTGTTGCTGCTGGGCATGACCCTGCTTGAACTGCGTCGCCCCTGCGt > 1:1491243/1‑150 (MQ=255) acccggCCCAGGGCGAAGCCCTTGGCCGGGTGTGAGGAGGGCAGCGCATGGAGTGGATGGCCTGGACCCTGCCGACAGCGCTGTTCTTCGCCGCTGTGGGCCTGTTGCTGCTGGGCATGACCCTGCTTGAACTGCGTCGCCCCTGCGTag > 2:600718/5‑150 (MQ=255) aTGTGGCCAAGGGCTTCGCCCTGGGCCGGGTGTGAGGAGGGCAGCGCATGGAGTGGATGGCCTGGACCCTGCCGACAGCGCTGTTCTTCGCCGCTGTGGGCCTGTTGCTGCTGGGCATGACCCTGCTTGAACTGCGTCGCCCCTGCGTag > 1:2910657/1‑150 (MQ=255) aTGTGGCCAAGGGCTTCGCCCTGGGCCGGGTGTGAGGAGGGCAGCGCATGGAGTGGATGGCCTGGACACTGCCGACAGCGCTGTTCTTCGCCGCTGTGGGCCTGTTGCTGCTGGGCATGACCCTGCTTGAACTGCGTCGCCCCTGCGTag > 2:4299304/1‑150 (MQ=255) tgtgGCCAAGGGCTTCGCCCTGGGCCGGGTGTGAGGAGGGCAGCGCATGGAGTGGATGGCCTGGACCCTGCCGACAGCGCTGTTCTTCGCCGCTGTGGGCCTGTTGCTGCTGGGCATGACCCTGCTTGAACTGCGTCGCCCCTGCGTaga < 2:4030184/150‑1 (MQ=255) tgtgGCCAAGGGCTTCGCCCTGGGCCGGGTGTGAGGAGGGCAGCGCATGGAGTGGATGGCCTGGACCCTGCCGACAGCGCTGTTCTTCGCCGCTGTGGGCCTGTTGCTGCTGGGCATGACCCTGCTTGAACTGCGTCGCCCCTGCGTaga < 2:810051/150‑1 (MQ=255) ccggCCCAGGGCGAAGCCCTTGGCCGGGTGTGAGGAGGGCAGCGCATGGAGTGGATGGCCTGGACCCTGCCGACAGCGCTGTTCTTCGCCGCTGTGGGCCTGTTGCTGCTGGGCATGACCCTGCTTGAACTGCGTCGCCCCTGc < 2:4198890/142‑1 (MQ=255) cggCCAAGGGCTTCGCCCTGGGCCGGGTGTGAGGAGGGCAGCGCATGGAGTGGATGGCCTGGACCCTGCCGACAGCGCTGTTCTTCGCCGCTGTGGGCCTGTTGCTGCTGGGCATGACCCTGCTTGAACTGCGTCGCCCCTGCGTAGAGc > 2:2816255/2‑150 (MQ=255) gCCAAGGGCTTCGCCCTGGGCCGGGTGTGAGGAGGGCAGCGCATGGAGTGGATGGCCTGGACCCTGCCGACAGCGCTGTTCTTCGCCGCTGTGGGCCTGTTGCTGCTGGGCATGACCCTGCTTGAACTGCGTCGCCCCTGCGTAGAGCGa > 2:5144717/1‑150 (MQ=255) ccAAGGGCTTCGCCCTGGGCCGGGTGTGAGGAGGGCAGCGCATGGAGTGGATGGCCTGGACCCTGCCGACAGCGCTGTTCTTCGCCGCTGTGGGCCTGTTGCTGCTGGGCATGACCCTGCTTGAACTGCGTCGCCCCTGCGTAGAGCGAc < 2:4549942/150‑1 (MQ=255) cAAGGGCTTCGCCCTGGGCCGGGTGTGAGGAGGGCAGCGCATGGAGTGGATGGCCTGGACCCTGCCGACAGCGCTGTTCTTCGCCGCTGTGGGCCTGTTGCTGCTGGGCATGACCCTGCTTGAACTGCGTCGCCCCTGCGTaga > 1:1773024/1‑144 (MQ=255) cAAGGGCTTCGCCCTGGGCCGGGTGTGAGGAGGGCAGCGCATGGAGTGGATGGCCTGGACCCTGCCGACAGCGCTGTTCTTCGCCGCTGTGGGCCTGTTGCTGCTGGGCATGACCCTGCTTGAACTGCGTCGCCCCTGCGTAGAGCGACg > 1:1372236/1‑150 (MQ=255) ttCGCCCTGGGCCGGGTGTGAGGAGGGCAGCGCATGGAGTGGATGGCCTGGACCCTGCCGACAGCGCTGTTCTTCGCCGCTGTGGGCCTGTTGCTGCTGGGCATGACCCTGCTTGAACTGCGTCGCCCCTGCGTAGAGCGACGGGGCttt > 2:505810/1‑150 (MQ=255) ttCGCCCTGGGCCGGGTGTGAGGAGGGCAGCGCATGGAGTGGATGGCCTGGACCCTGCCGACAGCGCTGTTCTTCGCCGCTGTGGGCCTGTTGCTGCTGGGCATGACCCTGCTTGAACTGCGTCGCCCCTGCGTAGAGCGACGGGGCttt > 1:3095929/1‑150 (MQ=255) tCGCCCTGGGCCGGGTGTGAGGAGGGCAGCGCATGGAGTGGATGGCCTGGACCCTGCCGACAGCGCTGTTCTTCGCCGCTGTGGGCCTGTTGCTGCTGGGCATGACCCTGCTTGAACTGCGTCGCCCCTGCGTAGAGCGACGGGGCtttt < 1:1072472/150‑1 (MQ=255) | GTGAATGCCAAGCCGATTGCCGCGGTGATGACCCGCACGGTGTCGGCATCGGGCATCGACTGGGGTGTGCTGGCGGCGGCGGGGGTGCTGACCATCTTGCCGGGCATGCTGGTGATCTGGTTCGTGCGCAATCATGTGGCCAAGGGCTTCGCCCTGGGCCGGGTGTGAGGAGGGCAGCGCATGGAGTGGATGGCCTGGACCCTGCCGACAGCGCTGTTCTTCGCCGCTGTGGGCCTGTTGCTGCTGGGCATGACCCTGCTTGAACTGCGTCGCCCCTGCGTAGAGCGACGGGGCTTTTT > NC_002947/2584247‑2584545 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |