Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,637,407 | C→G | 7.7% | intergenic (+32/+85) | PP_2304 → / ← PP_2305 | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase D/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,637,407 | 0 | C | G | 7.7% | 466.7 / 21.6 | 143 | intergenic (+32/+85) | PP_2304/PP_2305 | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase D/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (73/59); new base G (6/5); total (79/64) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
CGCCACCGACGAAGAGAAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTCACAGTGCCTTCAGGGGTGGCGCTAACCAGGTGCTACCGCTTCACCCCTTCATAACTGTCCAGCGTATCGCGTGCAATCTCTCGCCCCAGGGCGAT > NC_002947/2637258‑2637554 | cgccACCGACGAAGAGAAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTc > 2:850234/1‑150 (MQ=255) cgacgaAGAGAAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCgg > 1:201046/1‑150 (MQ=255) cgacgaAGAGAAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCgg < 1:803134/150‑1 (MQ=255) gacgaAGAGAAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGc > 1:2875672/1‑150 (MQ=255) gaAGAGAAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACAAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTg > 1:5335287/1‑150 (MQ=255) gaAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCg < 2:4771566/150‑1 (MQ=255) gaAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCg < 2:4771562/150‑1 (MQ=255) cagcagATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCACGAGGCGGCCTGTTTcttcat < 1:1347514/150‑6 (MQ=255) agcagATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTc < 2:3630335/150‑1 (MQ=255) agcagATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTc < 2:2492060/150‑1 (MQ=255) agcagATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAAACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTc > 2:5237109/1‑150 (MQ=255) gcagATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCg > 2:4558921/1‑150 (MQ=255) gcagATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCg > 1:4354982/1‑150 (MQ=255) gATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCa < 2:1009392/150‑1 (MQ=255) gccgcTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCcgc > 1:1533739/1‑150 (MQ=255) ccTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACg < 2:4701349/150‑1 (MQ=255) cgcgTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTc < 1:4558921/150‑1 (MQ=255) cgcgTCACGTGCTGACCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTc < 1:439722/150‑1 (MQ=255) 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tGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGaa < 1:2700203/150‑1 (MQ=255) tGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGaa < 2:366601/150‑1 (MQ=255) tGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGt > 1:3334409/1‑150 (MQ=255) tGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAAAAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGt > 1:5022654/1‑150 (MQ=255) cagcagGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTcaca > 1:1097574/1‑150 (MQ=255) cagcagGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTcaca > 1:3838281/1‑150 (MQ=255) gcagGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAATAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTCACAGt < 1:4895642/150‑1 (MQ=255) cagGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTCACAGTg > 1:517490/1‑150 (MQ=255) gACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTCACAGTGCCt > 2:5236319/1‑150 (MQ=255) gACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCACGAGGCGGCCTGTTTcttc < 2:640153/106‑4 (MQ=38) gACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCACGAGGCGGCCTGTTTcttc < 2:640021/106‑4 (MQ=38) 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cTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTCACAGTGCCTTCAGGGGTGGCGCTAACCAGGTGCTACCGCTTCACCCCTTCATAACTGTCCAGCGTATCGCGTGCAATCTCTCGCCCCAGGGCGAt < 1:548526/150‑1 (MQ=255) | CGCCACCGACGAAGAGAAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTCACAGTGCCTTCAGGGGTGGCGCTAACCAGGTGCTACCGCTTCACCCCTTCATAACTGTCCAGCGTATCGCGTGCAATCTCTCGCCCCAGGGCGAT > NC_002947/2637258‑2637554 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |